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- EMDB-1452: Human T-lymphotropic virus-1 visualized at the virological synaps... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-1452
タイトルHuman T-lymphotropic virus-1 visualized at the virological synapse by electron tomography.
マップデータThe tomogram shows a virological synapse between an HTVL-1 infected CD4+ T lymphocyte (bottom) and a target cell (top). Electron dense (anti-gag labeled) HTLV-1 particles can be seen in the synaptic cleft.
試料
  • 試料: HTLV-1 virological snapse formed between CD4 T lymphocytes of an HTLV-1 infected individual
  • 細胞器官・細胞要素: virological synapse
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法電子線トモグラフィー法 / ネガティブ染色法 / 解像度: 50.0 Å
データ登録者Majorovits E / Nejmeddine M / Tanaka Y / Taylor GP / Fuller SD / Bangham CRM
引用ジャーナル: PLoS One / 年: 2008
タイトル: Human T-lymphotropic virus-1 visualized at the virological synapse by electron tomography.
著者: Endre Majorovits / Mohamed Nejmeddine / Yuetsu Tanaka / Graham P Taylor / Stephen D Fuller / Charles R M Bangham /
要旨: Human T-lymphotropic virus 1 (HTLV-1) is transmitted directly between cells via an organized cell-cell contact called a virological synapse (VS). The VS has been studied by light microscopy, but the ...Human T-lymphotropic virus 1 (HTLV-1) is transmitted directly between cells via an organized cell-cell contact called a virological synapse (VS). The VS has been studied by light microscopy, but the ultrastructure of the VS and the nature of the transmitted viral particle have remained unknown. Cell-free enveloped virions of HTLV-1 are undetectable in the serum of individuals infected with the human T-lymphotropic virus 1 (HTLV-1) and during in vitro culture of naturally infected lymphocytes. However, the viral envelope protein is required for infectivity of HTLV-1, suggesting that complete, enveloped HTLV-1 virions are transferred across the synapse. Here, we use electron tomography combined with immunostaining of viral protein to demonstrate the presence of enveloped HTLV-1 particles within the VS formed between naturally infected lymphocytes. We show in 3D that HTLV-1 particles can be detected in multiple synaptic clefts at different locations simultaneously within the same VS. The synaptic clefts are surrounded by the tightly apposed plasma membranes of the two cells. HTLV-1 virions can contact the recipient cell membrane before detaching from the infected cell. The results show that the HTLV-1 virological synapse that forms spontaneously between lymphocytes of HTLV-1 infected individuals allows direct cell-cell transmission of the virus by triggered, directional release of enveloped HTLV-1 particles into confined intercellular spaces.
履歴
登録2007年11月4日-
ヘッダ(付随情報) 公開2007年11月6日-
マップ公開2008年6月6日-
更新2011年5月26日-
現状2011年5月26日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • ソリッド表示（ボリュームレンダリング）
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • ソリッド表示（ボリュームレンダリング）
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 単純化した表面モデル
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

1452.gif

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_1452.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 81.1 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈The tomogram shows a virological synapse between an HTVL-1 infected CD4+ T lymphocyte (bottom) and a target cell (top). Electron dense (anti-gag labeled) HTLV-1 particles can be seen in the synaptic cleft.
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
25.9 Å/pix.
x 208 pix.
= 5387.2 Å		33.6 Å/pix.
x 607 pix.
= 23183.998 Å		33.6 Å/pix.
x 690 pix.
= 20395.199 Å

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

これらの図は立方格子座標系で作成されたものです

ボクセルのサイズX: 33.6 Å / Y: 33.6 Å / Z: 25.9 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
最小 - 最大-128.0 - 127.0
平均 (標準偏差)46.423499999999997 (±6.83511)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ607690208
Spacing607690208
セルA: 20395.2 Å / B: 23184 Å / C: 5387.2 Å
α=β=γ: 90 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeenvelope stored as signed bytes (from -128 lowest to 127 highest)
Å/pix. X/Y/Z33.59999835255433.59999710144925.9
M x/y/z607690208
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z20395.19923183.9985387.200
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ-60-60-59
NX/NY/NZ120120120
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS690607208
D min/max/mean-128.000127.00046.424

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : HTLV-1 virological snapse formed between CD4 T lymphocytes of an ...

全体名称: HTLV-1 virological snapse formed between CD4 T lymphocytes of an HTLV-1 infected individual
要素
  • 試料: HTLV-1 virological snapse formed between CD4 T lymphocytes of an HTLV-1 infected individual
  • 細胞器官・細胞要素: virological synapse

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超分子 #1000: HTLV-1 virological snapse formed between CD4 T lymphocytes of an ...

超分子名称: HTLV-1 virological snapse formed between CD4 T lymphocytes of an HTLV-1 infected individual
タイプ: sample / ID: 1000 / Number unique components: 1

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超分子 #1: virological synapse

超分子名称: virological synapse / タイプ: organelle_or_cellular_component / ID: 1 / コピー数: 1 / 組換発現: No / データベース: NCBI
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト) / 別称: human being / 細胞: CD4 T lymphocyte / Organelle: plasma membrane / 細胞中の位置: plasma membrane

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実験情報

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構造解析

手法ネガティブ染色法
解析電子線トモグラフィー法

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試料調製

緩衝液pH: 7.2 / 詳細: sodium cacodylate buffer 0.1M
染色タイプ: NEGATIVE / 詳細: 1% OsO4 staining
グリッド詳細: Formvar coated 2x1mm Cu slot grid
凍結凍結剤: NONE

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TECNAI F30
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系倍率（補正後）: 10800 / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / Cs: 2.2 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 5.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 5.0 µm / 倍率（公称値）: 9300
特殊光学系エネルギーフィルター - 名称: GIF
エネルギーフィルター - エネルギー下限: 0.0 eV
エネルギーフィルター - エネルギー上限: 25.0 eV
試料ステージ試料ホルダー: Gatan flip-flop holder / 試料ホルダーモデル: OTHER / Tilt series - Axis1 - Min angle: 65 ° / Tilt series - Axis1 - Max angle: 65 ° / Tilt series - Axis1 - Angle increment: 1 °
温度平均: 290 K
日付2007年2月27日
撮影カテゴリ: CCD
フィルム・検出器のモデル: GENERIC GATAN (2k x 2k)
実験機器
モデル: Tecnai F30 / 画像提供: FEI Company

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画像解析

最終 再構成アルゴリズム: OTHER / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 50.0 Å / ソフトウェア - 名称: IMOD / 使用した粒子像数: 130

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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