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万見
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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-1399
タイトルCryo-electron microscopy of hepatitis B virions reveals variability in envelope capsid interactions.
マップデータ3d MAP OF SUB-SET OF HEPATITIS B VIRUS Particles (COMPACT PARTICLES; grouped in the same class)
試料
  • 試料: Hepatitis B virusB型肝炎ウイルス
  • ウイルス: Hepatitis B virus (B 型肝炎ウイルス)
生物種Hepatitis B virus (B 型肝炎ウイルス)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法
データ登録者Seitz S / Urban S / Antoni C / Bottcher B
引用ジャーナル: EMBO J / 年: 2007
タイトル: Cryo-electron microscopy of hepatitis B virions reveals variability in envelope capsid interactions.
著者: Stefan Seitz / Stephan Urban / Christoph Antoni / Bettina Böttcher /
要旨: Hepatitis B virus (HBV) is a major human pathogen causing about 750,000 deaths per year. The virion consists of a nucleocapsid and an envelope formed by lipids, and three integral membrane proteins. ...Hepatitis B virus (HBV) is a major human pathogen causing about 750,000 deaths per year. The virion consists of a nucleocapsid and an envelope formed by lipids, and three integral membrane proteins. Although we have detailed structural insights into the organization of the HBV core, the arrangement of the envelope in virions and its interaction with the nucleocapsid is elusive. Here we show the ultrastructure of hepatitis B virions purified from patient serum. We identified two morphological phenotypes, which appear as compact and gapped particles with nucleocapsids in distinguishable conformations. The overall structures of these nucleocapsids resemble recombinant cores with two alpha-helical spikes per asymmetric unit. At the charged tips the spikes are contacted by defined protrusions of the envelope proteins, probably via electrostatic interactions. The HBV envelope in the two morphotypes is to some extent variable, but the surface proteins follow a general packing scheme with up to three surface protein dimers per asymmetric unit. The variability in the structure of the envelope indicates that the nucleocapsid does not firmly constrain the arrangement of the surface proteins, but provides a general template for the packing.
履歴
登録2007年8月6日-
ヘッダ(付随情報) 公開2007年8月6日-
マップ公開2007年12月6日-
更新2011年5月26日-
現状2011年5月26日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 3.5
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（半径に従い着色）
  • 表面レベル: 3.5
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

1399.gif

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_1399.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 955.1 KB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈3d MAP OF SUB-SET OF HEPATITIS B VIRUS Particles (COMPACT PARTICLES; grouped in the same class)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
8.4 Å/pix.
x 63 pix.
= 529.2 Å		8.4 Å/pix.
x 63 pix.
= 529.2 Å		8.4 Å/pix.
x 63 pix.
= 529.2 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 8.4 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル1: 13.0 / ムービー #1: 3.5
最小 - 最大-63.503700000000002 - 129.885999999999996
平均 (標準偏差)0.0131066 (±7.65082)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ636363
Spacing636363
セルA=B=C: 529.2 Å
α=β=γ: 90 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z8.48.48.4
M x/y/z636363
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z529.200529.200529.200
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ-50-50-50
NX/NY/NZ100100100
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS636363
D min/max/mean-63.504129.8860.013

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : Hepatitis B virus

全体名称: Hepatitis B virus (B 型肝炎ウイルス)
要素
  • 試料: Hepatitis B virusB型肝炎ウイルス
  • ウイルス: Hepatitis B virus (B 型肝炎ウイルス)

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超分子 #1000: Hepatitis B virus

超分子名称: Hepatitis B virus / タイプ: sample / ID: 1000 / 詳細: virus purified from patients serum / Number unique components: 1

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超分子 #1: Hepatitis B virus

超分子名称: Hepatitis B virus / タイプ: virus / ID: 1 / Name.synonym: HBV / NCBI-ID: 10407 / 生物種: Hepatitis B virus / ウイルスタイプ: VIRION / ウイルス・単離状態: SPECIES / ウイルス・エンベロープ: Yes / ウイルス・中空状態: No / Syn species name: HBV
宿主生物種: Homo sapiens (ヒト) / 別称: VERTEBRATES

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.4
グリッド詳細: 400 mesh copper rhodium grids (Maxtaform),
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 90 % / チャンバー内温度: 93 K / 装置: HOMEMADE PLUNGER / 詳細: Vitrification instrument: self made
手法: automatic blot for 1-2 seconds from both sides before plunging

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI/PHILIPS CM120T
電子線加速電圧: 100 kV / 電子線源: LAB6
電子光学系倍率（補正後）: 50000 / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / Cs: 6.3 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.6 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.9 µm / 倍率（公称値）: 52000
試料ステージ試料ホルダー: Side entry liquid nitrogen-cooled cryo specimen holder
試料ホルダーモデル: GATAN LIQUID NITROGEN
温度平均: 178 K
アライメント法Legacy - 非点収差: corrected at 200,000 times magnification
撮影カテゴリ: FILM / フィルム・検出器のモデル: KODAK SO-163 FILM / デジタル化 - スキャナー: ZEISS SCAI / デジタル化 - サンプリング間隔: 21 µm / 実像数: 74 / 平均電子線量: 15 e/Å2 / ビット/ピクセル: 8

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画像解析

CTF補正詳細: Each Particle
最終 再構成想定した対称性 - 点群: I (正20面体型対称) / アルゴリズム: OTHER / ソフトウェア - 名称: MRC / 使用した粒子像数: 15
詳細particles were selected manually

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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