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万見
- EMDB-1394: Snapshots of nuclear pore complexes in action captured by cryo-el... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-1394
タイトルSnapshots of nuclear pore complexes in action captured by cryo-electron tomography.
マップデータasymmetric unit of Dictyostelium discoideum nuclear pore complex
試料
  • 試料: nuclear pore complex核膜孔
  • 細胞器官・細胞要素: nuclear pore核膜孔
生物種Dictyostelium discoideum (キイロタマホコリカビ)
手法サブトモグラム平均法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 58.0 Å
データ登録者Beck M / Lucic V / Forster F / Baumeister W / Medalia O
引用ジャーナル: Nature / 年: 2007
タイトル: Snapshots of nuclear pore complexes in action captured by cryo-electron tomography.
著者: Martin Beck / Vladan Lucić / Friedrich Förster / Wolfgang Baumeister / Ohad Medalia /
要旨: Nuclear pore complexes reside in the nuclear envelope of eukaryotic cells and mediate the nucleocytoplasmic exchange of macromolecules. Traffic is regulated by mobile transport receptors that target ...Nuclear pore complexes reside in the nuclear envelope of eukaryotic cells and mediate the nucleocytoplasmic exchange of macromolecules. Traffic is regulated by mobile transport receptors that target their cargo to the central translocation channel, where phenylalanine-glycine-rich repeats serve as binding sites. The structural analysis of the nuclear pore is a formidable challenge given its size, its location in a membranous environment and its dynamic nature. Here we have used cryo-electron tomography to study the structure of nuclear pore complexes in their functional environment, that is, in intact nuclei of Dictyostelium discoideum. A new image-processing strategy compensating for deviations of the asymmetric units (protomers) from a perfect eight-fold symmetry enabled us to refine the structure and to identify new features. Furthermore, the superposition of a large number of tomograms taken in the presence of cargo, which was rendered visible by gold nanoparticles, has yielded a map outlining the trajectories of import cargo. Finally, we have performed single-molecule Monte Carlo simulations of nuclear import to interpret the experimentally observed cargo distribution in the light of existing models for nuclear import.
履歴
登録2007年7月25日-
ヘッダ(付随情報) 公開2007年7月25日-
マップ公開2011年8月5日-
更新2011年8月5日-
現状2011年8月5日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 165.731958763
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（高さに従い着色）
  • 表面レベル: 165.731958763
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

EMD-1394.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_1394.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 7.8 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈asymmetric unit of Dictyostelium discoideum nuclear pore complex
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
16.4 Å/pix.
x 128 pix.
= 2099.2 Å		16.4 Å/pix.
x 128 pix.
= 2099.2 Å		16.4 Å/pix.
x 128 pix.
= 2099.2 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 16.4 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベルBy EMDB: 200.0 / ムービー #1: 165.7319588
最小 - 最大0.0 - 255.0
平均 (標準偏差)127.192999999999998 (±35.792499999999997)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ128128128
Spacing128128128
セルA=B=C: 2099.2 Å
α=β=γ: 90 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z16.416.416.4
M x/y/z128128128
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z2099.2002099.2002099.200
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ-64-64-64
NX/NY/NZ128128128
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS128128128
D min/max/mean0.000255.000127.193

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : nuclear pore complex

全体名称: nuclear pore complex核膜孔
要素
  • 試料: nuclear pore complex核膜孔
  • 細胞器官・細胞要素: nuclear pore核膜孔

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超分子 #1000: nuclear pore complex

超分子名称: nuclear pore complex / タイプ: sample / ID: 1000
集合状態: octamer (actual refined structure represents an asymmetric unit of the NPC)
Number unique components: 1

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超分子 #1: nuclear pore

超分子名称: nuclear pore / タイプ: organelle_or_cellular_component / ID: 1 / Name.synonym: nuclear pore / 集合状態: octamer / 組換発現: No / データベース: NCBI
由来(天然)生物種: Dictyostelium discoideum (キイロタマホコリカビ)
株: AX2 / Organelle: Nucleus / 細胞中の位置: nuclear enveope

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析サブトモグラム平均法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.6
詳細: 50 mM Tris pH 7.6, 25 mM KCl, 5mM MgCl2, 50 mM sucrose
グリッド詳細: 200 mesh copper grid
凍結凍結剤: ETHANE / 装置: HOMEMADE PLUNGER / 詳細: Vitrification instrument: Rudolf Gatz plunger

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TECNAI F30
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / Cs: 2.0 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 1.5 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.2 µm / 倍率（公称値）: 27500
特殊光学系エネルギーフィルター - 名称: GIF2002
エネルギーフィルター - エネルギー下限: 0.0 eV
エネルギーフィルター - エネルギー上限: 20.0 eV
試料ステージ試料ホルダー: Eucentric / 試料ホルダーモデル: OTHER / Tilt series - Axis1 - Min angle: -63 ° / Tilt series - Axis1 - Max angle: 63 °
温度平均: 90 K
撮影カテゴリ: CCD / フィルム・検出器のモデル: GENERIC CCD
実験機器
モデル: Tecnai F30 / 画像提供: FEI Company

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画像解析

最終 再構成アルゴリズム: OTHER / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 58.0 Å / 解像度の算出法: FSC 0.5 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: TOM
詳細Average number of projections used in the 3D reconstructions: 4184.

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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