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- EMDB-1157: ATPase-dependent cooperative binding of ORC and Cdc6 to origin DNA. -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-1157
タイトルATPase-dependent cooperative binding of ORC and Cdc6 to origin DNA.
マップデータ3D map of the yeast (Saccharomyces cerevisiae)DNA origin recognition complex (ORC) bound with initiation factor Cdc6p.
試料
  • 試料: Yeast Origin Recognition complex and Cdc6p
  • タンパク質・ペプチド: Orc1p
  • タンパク質・ペプチド: Orc2p
  • タンパク質・ペプチド: Orc3p
  • タンパク質・ペプチド: Orc4p
  • タンパク質・ペプチド: Orc5p
  • タンパク質・ペプチド: Orc6p
  • タンパク質・ペプチド: Cdc6p
機能・相同性Origin recognition complex, subunit 2 / nuclear origin of replication recognition complex / nuclear pre-replicative complex / AAA+ ATPase domain
機能・相同性情報
生物種Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / ネガティブ染色法 / 解像度: 20.0 Å
データ登録者Speck C / Chen Z / Li H / Stillman B
引用ジャーナル: Nat Struct Mol Biol / 年: 2005
タイトル: ATPase-dependent cooperative binding of ORC and Cdc6 to origin DNA.
著者: Christian Speck / Zhiqiang Chen / Huilin Li / Bruce Stillman /
要旨: Binding of Cdc6 to the origin recognition complex (ORC) is a key step in the assembly of a pre-replication complex (pre-RC) at origins of DNA replication. ORC recognizes specific origin DNA sequences ...Binding of Cdc6 to the origin recognition complex (ORC) is a key step in the assembly of a pre-replication complex (pre-RC) at origins of DNA replication. ORC recognizes specific origin DNA sequences in an ATP-dependent manner. Here we demonstrate cooperative binding of Saccharomyces cerevisiae Cdc6 to ORC on DNA in an ATP-dependent manner, which induces a change in the pattern of origin binding that requires the Orc1 ATPase. The reaction is blocked by specific origin mutations that do not interfere with the interaction between ORC and DNA. Single-particle reconstruction of electron microscopic images shows that the ORC-Cdc6 complex forms a ring-shaped structure with dimensions similar to those of the ring-shaped MCM helicase. The ORC-Cdc6 structure is predicted to contain six AAA+ subunits, analogous to other ATP-dependent protein machines. We suggest that Cdc6 and origin DNA activate a molecular switch in ORC that contributes to pre-RC assembly.
履歴
登録2005年9月7日-
ヘッダ(付随情報) 公開2005年9月7日-
マップ公開2007年9月7日-
更新2011年5月26日-
現状2011年5月26日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.946640809
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（半径に従い着色）
  • 表面レベル: 0.946640809
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

1157.gif

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_1157.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 3.7 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈3D map of the yeast (Saccharomyces cerevisiae)DNA origin recognition complex (ORC) bound with initiation factor Cdc6p.
ボクセルのサイズX=Y=Z: 2.54 Å
密度
表面レベル1: 0.359 / ムービー #1: 0.9466408
最小 - 最大0.00192997 - 5.82841
平均 (標準偏差)0.101892 (±0.462275)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ100100100
Spacing100100100
セルA=B=C: 254 Å
α=β=γ: 90 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z2.542.542.54
M x/y/z100100100
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z254.000254.000254.000
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ-70-70-69
NX/NY/NZ140140140
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS100100100
D min/max/mean0.0025.8280.102

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : Yeast Origin Recognition complex and Cdc6p

全体名称: Yeast Origin Recognition complex and Cdc6p
要素
  • 試料: Yeast Origin Recognition complex and Cdc6p
  • タンパク質・ペプチド: Orc1p
  • タンパク質・ペプチド: Orc2p
  • タンパク質・ペプチド: Orc3p
  • タンパク質・ペプチド: Orc4p
  • タンパク質・ペプチド: Orc5p
  • タンパク質・ペプチド: Orc6p
  • タンパク質・ペプチド: Cdc6p

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超分子 #1000: Yeast Origin Recognition complex and Cdc6p

超分子名称: Yeast Origin Recognition complex and Cdc6p / タイプ: sample / ID: 1000 / 詳細: highly purified, monodisperse / 集合状態: hetero-heptamer / Number unique components: 7
分子量実験値: 500 KDa / 理論値: 500 KDa / 手法: sedimentation

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分子 #1: Orc1p

分子名称: Orc1p / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / Name.synonym: ORC subunit 1 / 詳細: largest subunit, ATPase / コピー数: 1 / 集合状態: monomer / 組換発現: Yes
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 別称: baker's yeast / 細胞: yeast / Organelle: Nucleus / 細胞中の位置: Nucleus
分子量実験値: 120 KDa / 理論値: 120 KDa
組換発現生物種: Hi-5 cell / 組換プラスミド: baculovirus bvORC1:6
配列GO: nuclear origin of replication recognition complex / InterPro: AAA+ ATPase domain

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分子 #2: Orc2p

分子名称: Orc2p / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / Name.synonym: ORC subunit 2 / 詳細: The second subunit / コピー数: 1 / 集合状態: monomer / 組換発現: Yes
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 別称: baker's yeast / 細胞: yeast / Organelle: Nucleus / 細胞中の位置: Nucleus
分子量実験値: 73 KDa / 理論値: 73 KDa
組換発現生物種: Hi-5 cell / 組換プラスミド: baculoviruse bvORC2:5
配列GO: nuclear origin of replication recognition complex / InterPro: Origin recognition complex, subunit 2

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分子 #3: Orc3p

分子名称: Orc3p / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / Name.synonym: ORC subunit 3 / 詳細: The third subunit / コピー数: 1 / 集合状態: monomer / 組換発現: Yes
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 別称: baker's yeast / 細胞: yeast / Organelle: Nucleus / 細胞中の位置: Nucleus
分子量実験値: 72 KDa / 理論値: 72 KDa
組換発現生物種: Hi-5 cell / 組換プラスミド: baculoviruse bvORC3:4
配列GO: nuclear origin of replication recognition complex

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分子 #4: Orc4p

分子名称: Orc4p / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / Name.synonym: ORC subunit 4 / 詳細: The forth subunit / コピー数: 1 / 集合状態: monomer / 組換発現: Yes
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 別称: baker's yeast / 細胞: yeast / Organelle: Nucleus / 細胞中の位置: Nucleus
分子量実験値: 61 KDa / 理論値: 61 KDa
組換発現生物種: Hi-5 cell / 組換プラスミド: baculoviruse bvORC3:4
配列GO: nuclear origin of replication recognition complex

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分子 #5: Orc5p

分子名称: Orc5p / タイプ: protein_or_peptide / ID: 5 / Name.synonym: ORC subunit 5 / 詳細: The fifth subunit / コピー数: 1 / 集合状態: monomer / 組換発現: Yes
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 別称: baker's yeast / 細胞: yeast / Organelle: Nucleus / 細胞中の位置: Nucleus
分子量実験値: 53 KDa / 理論値: 53 KDa
組換発現生物種: Hi-5 cell / 組換プラスミド: baculoviruse bvORC2:5
配列GO: nuclear origin of replication recognition complex

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分子 #6: Orc6p

分子名称: Orc6p / タイプ: protein_or_peptide / ID: 6 / Name.synonym: ORC subunit 6 / 詳細: The sixth subunit / コピー数: 1 / 集合状態: monomer / 組換発現: Yes
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 別称: baker's yeast / 細胞: yeast / Organelle: Nucleus / 細胞中の位置: Nucleus
分子量実験値: 50 KDa / 理論値: 50 KDa
組換発現生物種: Hi-5 cell / 組換プラスミド: baculovirus bvORC1:6
配列GO: nuclear origin of replication recognition complex

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分子 #7: Cdc6p

分子名称: Cdc6p / タイプ: protein_or_peptide / ID: 7 / Name.synonym: Cdc6 / 詳細: initiation factor / コピー数: 1 / 集合状態: 1 / 組換発現: Yes
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 別称: baker's yeast / 細胞: yeast / Organelle: Nucleus / 細胞中の位置: Nucleus
分子量実験値: 56 KDa / 理論値: 56 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 組換プラスミド: pGex-6P1-CDC6
配列GO: nuclear pre-replicative complex

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実験情報

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構造解析

手法ネガティブ染色法, クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度0.02 mg/mL
緩衝液pH: 7.5 / 詳細: 50mM HEPES-KOH, 100mM KCl, 1mM EDTA, 1mM EGTA
染色タイプ: NEGATIVE
詳細: Grids with adsorbed protein floated on 2% w/v uranyl acetate for 30 seconds.
グリッド詳細: 300 mesh copper grid
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡JEOL 1200EX
電子線加速電圧: 120 kV / 電子線源: LAB6
電子光学系倍率（補正後）: 50000 / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / Cs: 5.6 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.0 µm / 倍率（公称値）: 50000
試料ステージ試料ホルダー: Eucentric / 試料ホルダーモデル: OTHER / Tilt angle max: 45
アライメント法Legacy - 非点収差: corrected at 250,000 X
日付2004年10月1日
撮影カテゴリ: FILM / フィルム・検出器のモデル: KODAK SO-163 FILM / デジタル化 - スキャナー: OTHER / デジタル化 - サンプリング間隔: 12.7 µm / 実像数: 50 / 平均電子線量: 10 e/Å2 / Od range: 1.5 / ビット/ピクセル: 14
Tilt angle min0

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画像解析

CTF補正詳細: each film
最終 2次元分類クラス数: 50
最終 再構成想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / アルゴリズム: OTHER / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 20.0 Å / 解像度の算出法: FSC 0.5 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: SPIDER, EMAN / 使用した粒子像数: 12000

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原子モデル構築 1

詳細manual fit using program O
精密化プロトコル: RIGID BODY FIT

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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