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- SASDBU3: RNF8 (L451D mutant) complexed with Ubc13 (C87K, K92A mutant) and ... -

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基本情報

登録情報
データベース: SASBDB / ID: SASDBU3
試料RNF8 (L451D mutant) complexed with Ubc13 (C87K, K92A mutant) and Mms2: conjugated to Ubiquitin
  • Ubiquitin-conjugating enzyme E2 N double mutant (C87K, K92A) (protein), Ubc13 - C87K, K92A, Homo sapiens
  • Polyubiquitin-C (protein), UBC, Homo sapiens
  • Ubiquitin-conjugating enzyme E2 variant 2 (protein), Mms2 (UBE2V2), Homo sapiens
  • E3 ubiquitin-protein ligase RNF8 mutant (L451D) (protein), RNF8 L451D, Homo sapiens
機能・相同性
機能・相同性情報


error-free postreplication DNA repair / : / UBC13-MMS2 complex / ubiquitin conjugating enzyme complex / sperm DNA condensation / ubiquitin-protein transferase activator activity / positive regulation of protein K63-linked ubiquitination / DNA double-strand break processing / protein K6-linked ubiquitination / クラススイッチ ...error-free postreplication DNA repair / : / UBC13-MMS2 complex / ubiquitin conjugating enzyme complex / sperm DNA condensation / ubiquitin-protein transferase activator activity / positive regulation of protein K63-linked ubiquitination / DNA double-strand break processing / protein K6-linked ubiquitination / クラススイッチ / postreplication repair / positive regulation of double-strand break repair / DNA repair-dependent chromatin remodeling / positive regulation of intracellular signal transduction / ユビキチン結合酵素 / response to ionizing radiation / cell division site / negative regulation of transcription elongation by RNA polymerase II / ubiquitin conjugating enzyme activity / protein K63-linked ubiquitination / antiviral innate immune response / positive regulation of double-strand break repair via homologous recombination / signal transduction in response to DNA damage / protein autoubiquitination / protein K48-linked ubiquitination / regulation of DNA repair / interstrand cross-link repair / epigenetic regulation of gene expression / ubiquitin ligase complex / Maturation of protein E / Maturation of protein E / ER Quality Control Compartment (ERQC) / Myoclonic epilepsy of Lafora / FLT3 signaling by CBL mutants / Prevention of phagosomal-lysosomal fusion / IRAK2 mediated activation of TAK1 complex / Alpha-protein kinase 1 signaling pathway / グリコーゲン合成 / negative regulation of TORC1 signaling / IRAK1 recruits IKK complex / IRAK1 recruits IKK complex upon TLR7/8 or 9 stimulation / Membrane binding and targetting of GAG proteins / Endosomal Sorting Complex Required For Transport (ESCRT) / IRAK2 mediated activation of TAK1 complex upon TLR7/8 or 9 stimulation / PTK6 Regulates RTKs and Their Effectors AKT1 and DOK1 / Negative regulation of FLT3 / Constitutive Signaling by NOTCH1 HD Domain Mutants / Regulation of FZD by ubiquitination / TICAM1,TRAF6-dependent induction of TAK1 complex / NOTCH2 Activation and Transmission of Signal to the Nucleus / TICAM1-dependent activation of IRF3/IRF7 / APC/C:Cdc20 mediated degradation of Cyclin B / p75NTR recruits signalling complexes / positive regulation of DNA repair / Downregulation of ERBB4 signaling / TRAF6 mediated IRF7 activation in TLR7/8 or 9 signaling / APC-Cdc20 mediated degradation of Nek2A / PINK1-PRKN Mediated Mitophagy / TRAF6-mediated induction of TAK1 complex within TLR4 complex / Pexophagy / Regulation of innate immune responses to cytosolic DNA / VLDLR internalisation and degradation / InlA-mediated entry of Listeria monocytogenes into host cells / Downregulation of ERBB2:ERBB3 signaling / NF-kB is activated and signals survival / NRIF signals cell death from the nucleus / Regulation of PTEN localization / Activated NOTCH1 Transmits Signal to the Nucleus / Regulation of BACH1 activity / Translesion synthesis by REV1 / Synthesis of active ubiquitin: roles of E1 and E2 enzymes / Translesion synthesis by POLK / MAP3K8 (TPL2)-dependent MAPK1/3 activation / TICAM1, RIP1-mediated IKK complex recruitment / Downregulation of TGF-beta receptor signaling / Activation of IRF3, IRF7 mediated by TBK1, IKKε (IKBKE) / Translesion synthesis by POLI / Gap-filling DNA repair synthesis and ligation in GG-NER / Josephin domain DUBs / Regulation of activated PAK-2p34 by proteasome mediated degradation / InlB-mediated entry of Listeria monocytogenes into host cell / IKK complex recruitment mediated by RIP1 / JNK (c-Jun kinases) phosphorylation and activation mediated by activated human TAK1 / TGF-beta receptor signaling in EMT (epithelial to mesenchymal transition) / N-glycan trimming in the ER and Calnexin/Calreticulin cycle / Autodegradation of Cdh1 by Cdh1:APC/C / TNFR1-induced NF-kappa-B signaling pathway / APC/C:Cdc20 mediated degradation of Securin / ubiquitin binding / Asymmetric localization of PCP proteins / SCF-beta-TrCP mediated degradation of Emi1 / TCF dependent signaling in response to WNT / NIK-->noncanonical NF-kB signaling / Regulation of NF-kappa B signaling / Ubiquitin-dependent degradation of Cyclin D / AUF1 (hnRNP D0) binds and destabilizes mRNA / TNFR2 non-canonical NF-kB pathway / activated TAK1 mediates p38 MAPK activation / Assembly of the pre-replicative complex / Vpu mediated degradation of CD4
類似検索 - 分子機能
E3 ubiquitin-protein ligase RNF8 / Forkhead associated domain / Forkhead-associated (FHA) domain profile. / FHA domain / Forkhead-associated (FHA) domain / Zinc finger, C3HC4 type (RING finger) / Ubiquitin-conjugating enzyme, active site / Ubiquitin-conjugating (UBC) active site signature. / SMAD/FHA domain superfamily / Ubiquitin-conjugating enzyme E2, catalytic domain homologues ...E3 ubiquitin-protein ligase RNF8 / Forkhead associated domain / Forkhead-associated (FHA) domain profile. / FHA domain / Forkhead-associated (FHA) domain / Zinc finger, C3HC4 type (RING finger) / Ubiquitin-conjugating enzyme, active site / Ubiquitin-conjugating (UBC) active site signature. / SMAD/FHA domain superfamily / Ubiquitin-conjugating enzyme E2, catalytic domain homologues / Ubiquitin-conjugating enzyme E2 / ユビキチン結合酵素 / Ubiquitin-conjugating (UBC) core domain profile. / Ubiquitin-conjugating enzyme/RWD-like / Zinc finger, RING-type, conserved site / Zinc finger RING-type signature. / 薬指 / Zinc finger RING-type profile. / Zinc finger, RING-type / Ubiquitin domain signature. / Ubiquitin conserved site / Ubiquitin domain / Ubiquitin family / Ubiquitin homologues / Ubiquitin domain profile. / ユビキチン様タンパク質 / Zinc finger, RING/FYVE/PHD-type / Ubiquitin-like domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
E3 ubiquitin-protein ligase RNF8 / Polyubiquitin-C / Ubiquitin-conjugating enzyme E2 N / Ubiquitin-conjugating enzyme E2 variant 2
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
引用ジャーナル: J Biol Chem / 年: 2016
タイトル: RNF8 E3 Ubiquitin Ligase Stimulates Ubc13 E2 Conjugating Activity That Is Essential for DNA Double Strand Break Signaling and BRCA1 Tumor Suppressor Recruitment.
著者: Curtis D Hodge / Ismail H Ismail / Ross A Edwards / Greg L Hura / Andrew T Xiao / John A Tainer / Michael J Hendzel / J N Mark Glover /
要旨: DNA double strand break (DSB) responses depend on the sequential actions of the E3 ubiquitin ligases RNF8 and RNF168 plus E2 ubiquitin-conjugating enzyme Ubc13 to specifically generate histone Lys-63- ...DNA double strand break (DSB) responses depend on the sequential actions of the E3 ubiquitin ligases RNF8 and RNF168 plus E2 ubiquitin-conjugating enzyme Ubc13 to specifically generate histone Lys-63-linked ubiquitin chains in DSB signaling. Here, we defined the activated RNF8-Ubc13∼ubiquitin complex by x-ray crystallography and its functional solution conformations by x-ray scattering, as tested by separation-of-function mutations imaged in cells by immunofluorescence. The collective results show that the RING E3 RNF8 targets E2 Ubc13 to DSB sites and plays a critical role in damage signaling by stimulating polyubiquitination through modulating conformations of ubiquitin covalently linked to the Ubc13 active site. Structure-guided separation-of-function mutations show that the RNF8 E2 stimulating activity is essential for DSB signaling in mammalian cells and is necessary for downstream recruitment of 53BP1 and BRCA1. Chromatin-targeted RNF168 rescues 53BP1 recruitment involved in non-homologous end joining but not BRCA1 recruitment for homologous recombination. These findings suggest an allosteric approach to targeting the ubiquitin-docking cleft at the E2-E3 interface for possible interventions in cancer and chronic inflammation, and moreover, they establish an independent RNF8 role in BRCA1 recruitment.
登録者
  • Curtis Hodge
  • Ross Edwards
  • Mark Glover

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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モデル

モデル #476
タイプ: mix / ソフトウェア: MES-FoXS / ダミー原子の半径: 1.90 A
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モデル #477
タイプ: mix / ソフトウェア: MES-FoXS / ダミー原子の半径: 1.90 A
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モデル #478
タイプ: mix / ソフトウェア: MES-FoXS / ダミー原子の半径: 1.90 A
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モデル #479
タイプ: mix / ソフトウェア: MES-FoXS / ダミー原子の半径: 1.90 A
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モデル #480
タイプ: mix / ソフトウェア: MES-FoXS / ダミー原子の半径: 1.90 A
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試料

試料名称: RNF8 (L451D mutant) complexed with Ubc13 (C87K, K92A mutant) and Mms2: conjugated to Ubiquitin
Entity id: 305 / 306 / 307 / 308
バッファ名称: HEPES / 濃度: 20.00 mM / pH: 6.8 / 組成: 200 mM NaCl, 0.01 mM, ZnSO4, and 1 mM DTT
要素 #305名称: Ubc13 - C87K, K92A / タイプ: protein
記述: Ubiquitin-conjugating enzyme E2 N double mutant (C87K, K92A)
分子量: 17.89 / 分子数: 2 / 由来: Homo sapiens / 参照: UniProt: P61088
配列:
GPLGSPEFMA GLPRRIIKET QRLLAEPVPG IKAEPDESNA RYFHVVIAGP QDSPFEGGTF KLELFLPEEY PMAAPKVRFM TKIYHPNVDK LGRIKLDILA DKWSPALQIR TVLLSIQALL SAPNPDDPLA NDVAEQWKTN EAQAIETARA WTRLYAMNNI
要素 #306名称: UBC / タイプ: protein / 記述: Polyubiquitin-C / 分子量: 8.565 / 分子数: 2 / 由来: Homo sapiens / 参照: UniProt: P0CG48
配列:
MQIFVKTLTG KTITLEVEPS DTIENVKAKI QDKEGIPPDQ QRLIFAGKQL EDGRTLSDYN IQKESTLHLV LRLRGG
要素 #307名称: Mms2 (UBE2V2) / タイプ: protein / 記述: Ubiquitin-conjugating enzyme E2 variant 2 / 分子量: 17.147 / 分子数: 2 / 由来: Homo sapiens / 参照: UniProt: Q15819
配列:
GPLGSPEFMA VSTGVKVPRN FRLLEELEEG QKGVGDGTVS WGLEDDEDMT LTRWTGMIIG PPRTNYENRI YSLKVECGPK YPEAPPSVRF VTKINMNGIN NSSGMVDARS IPVLAKWQNS YSIKVVLQEL RRLMMSKENM KLPQPPEGQT YNN
要素 #308名称: RNF8 L451D / タイプ: protein / 記述: E3 ubiquitin-protein ligase RNF8 mutant (L451D) / 分子量: 17.62 / 分子数: 2 / 由来: Homo sapiens / 参照: UniProt: O76064
配列:
GPLGSPEFQE HWALMEELNR SKKDFEAIIQ AKNKELEQTK EEKEKMQAQK EEVLSHMNDV LENELQCIIC SEYFIEAVTL NCAHSFCSYC INEWMKRKIE CPICRKDIKS KTYSDVLDNC INKMVNNLSS EVKERRIVLI RERKAKRLF

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実験情報

ビーム設備名称: Advanced Light Source (ALS) 12.3.1 (SIBYLS) / 地域: Berkeley, CA / 国: USA / 線源: X-ray synchrotronシンクロトロン / 波長: 0.103 Å
検出器名称: Pilatus 2M
スキャン
タイトル: RNF8(L451D)/Ubc13(C87K K92A)/Mms2Ubiquitin complex
測定日: 2015年9月8日 / 単位: 1/nm /
MinMax
Q0.1242 4.0961
距離分布関数 P(R)
ソフトウェア P(R): GNOM 5.0 / ポイント数: 196 /
MinMax
Q-0.98566
P(R) point1 196
R0 23.8
結果
カーブのタイプ: extrapolated /
実験値Porod
分子量102 kDa-
体積-192.3 nm3

P(R)Guinier
前方散乱 I0769.9 760.36
慣性半径, Rg 5.48 nm5.19 nm

MinMax
D-23.8
Guinier point1 14

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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