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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 9f1s | ||||||
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タイトル | Structure of UP1 S4ES6E phosphomimetic mutant | ||||||
要素 | Heterogeneous nuclear ribonucleoprotein A1, N-terminally processed | ||||||
キーワード | RNA BINDING PROTEIN (RNA結合タンパク質) / hnRNP A1 (HNRNPA1) / RNA/DNA BINDING PROTEIN / RNA-DNA BINDING PROTEIN phosphomimetic mutant / RRM | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 cellular response to sodium arsenite / SARS-CoV-1-host interactions / import into nucleus / telomeric repeat-containing RNA binding / pre-mRNA binding / G-rich strand telomeric DNA binding / 核外搬出シグナル / RNA export from nucleus / miRNA binding / FGFR2 alternative splicing ...cellular response to sodium arsenite / SARS-CoV-1-host interactions / import into nucleus / telomeric repeat-containing RNA binding / pre-mRNA binding / G-rich strand telomeric DNA binding / 核外搬出シグナル / RNA export from nucleus / miRNA binding / FGFR2 alternative splicing / intracellular non-membrane-bounded organelle / regulation of alternative mRNA splicing, via spliceosome / SARS-CoV-1 modulates host translation machinery / regulation of RNA splicing / Processing of Capped Intron-Containing Pre-mRNA / negative regulation of telomere maintenance via telomerase / mRNA transport / cellular response to glucose starvation / localization / positive regulation of telomere maintenance via telomerase / catalytic step 2 spliceosome / mRNA Splicing - Major Pathway / molecular condensate scaffold activity / mRNA 3'-UTR binding / spliceosomal complex / mRNA splicing, via spliceosome / single-stranded DNA binding / amyloid fibril formation / single-stranded RNA binding / ribonucleoprotein complex / protein domain specific binding / DNA binding / RNA binding / extracellular exosome / 核質 / 生体膜 / identical protein binding / 細胞核 / 細胞質基質 / 細胞質 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.5 Å | ||||||
データ登録者 | Dunnett, L. / Prischi, F. | ||||||
資金援助 | 1件
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引用 | ジャーナル: To Be Published タイトル: Structure of UP1 S4ES6E phosphomimetic mutant 著者: Dunnett, L. / Prischi, F. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 9f1s.cif.gz | 59.6 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb9f1s.ent.gz | 37.1 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 9f1s.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/f1/9f1s ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/f1/9f1s | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
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-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 22441.182 Da / 分子数: 1 / 変異: S4E, S6E / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: HNRNPA1, HNRPA1 / プラスミド: pETM-14 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: P09651 |
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#2: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.1 Å3/Da / 溶媒含有率: 41.5 % |
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結晶化 | 温度: 289.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 詳細: 0.1 M Tris, 25 % PEG-4000, 20 % 2-Methyl-2,4-pentanediol PH範囲: 7.5 - 8.5 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I02 / 波長: 0.9795 Å |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年7月22日 |
放射 | モノクロメーター: M / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9795 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.5→55.99 Å / Num. obs: 29879 / % possible obs: 99.5 % / 冗長度: 1.9 % / Biso Wilson estimate: 11.13 Å2 / CC1/2: 0.999 / Net I/σ(I): 23.2 |
反射 シェル | 解像度: 1.5→1.53 Å / 冗長度: 1.8 % / Mean I/σ(I) obs: 7.4 / Num. unique obs: 1460 / CC1/2: 0.948 / % possible all: 96.5 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.5→55.99 Å / SU ML: 0.1376 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 18.3093 立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 15.36 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.5→55.99 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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