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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8xxm | ||||||
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タイトル | Cryo-EM structure of the human 40S ribosome with PDCD4 and eIF3G | ||||||
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機能・相同性 | ![]() epithelial to mesenchymal transition involved in cardiac fibroblast development / negative regulation of myofibroblast differentiation / negative regulation of vascular associated smooth muscle cell differentiation / viral translational termination-reinitiation / eukaryotic translation initiation factor 3 complex / eukaryotic 43S preinitiation complex / formation of cytoplasmic translation initiation complex / negative regulation of JUN kinase activity / positive regulation of cysteine-type endopeptidase activity involved in execution phase of apoptosis / negative regulation of endoplasmic reticulum unfolded protein response ...epithelial to mesenchymal transition involved in cardiac fibroblast development / negative regulation of myofibroblast differentiation / negative regulation of vascular associated smooth muscle cell differentiation / viral translational termination-reinitiation / eukaryotic translation initiation factor 3 complex / eukaryotic 43S preinitiation complex / formation of cytoplasmic translation initiation complex / negative regulation of JUN kinase activity / positive regulation of cysteine-type endopeptidase activity involved in execution phase of apoptosis / negative regulation of endoplasmic reticulum unfolded protein response / oxidized pyrimidine DNA binding / response to TNF agonist / positive regulation of base-excision repair / protein tyrosine kinase inhibitor activity / eukaryotic 48S preinitiation complex / positive regulation of respiratory burst involved in inflammatory response / positive regulation of intrinsic apoptotic signaling pathway in response to DNA damage / positive regulation of gastrulation / nucleolus organization / IRE1-RACK1-PP2A complex / : / positive regulation of endodeoxyribonuclease activity / positive regulation of Golgi to plasma membrane protein transport / TNFR1-mediated ceramide production / laminin receptor activity / negative regulation of DNA repair / negative regulation of RNA splicing / response to alkaloid / positive regulation of endothelial cell apoptotic process / negative regulation of intrinsic apoptotic signaling pathway in response to hydrogen peroxide / oxidized purine DNA binding / ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Ye, X. / Huang, Z. / Li, Y. / Wang, M. / Cheng, J. | ||||||
資金援助 | 1件
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![]() | ![]() タイトル: Human tumor suppressor PDCD4 directly interacts with ribosomes to repress translation. 著者: Xianwen Ye / Zixuan Huang / Yi Li / Mengjiao Wang / Wanyu Meng / Maojian Miao / Jingdong Cheng / ![]() | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 1.7 MB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 表示 | ![]() | |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 38753MC ![]() 8xxlC ![]() 8xxnC M: このデータのモデリングに利用したマップデータ C: 同じ文献を引用 ( |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性 ![]() |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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要素
+40S ribosomal protein ... , 31種, 31分子 SASBSDSESFSHSISKSLSPSQSRSSSTSUSVSXSaScSdSCSGSJSMSNSOSWSYSZSbSe
-タンパク質 , 4種, 4分子 SgSfCD3G
#23: タンパク質 | 分子量: 35115.652 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() |
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#35: タンパク質 | 分子量: 18004.041 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() |
#36: タンパク質 | ![]() 分子量: 51802.168 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() |
#37: タンパク質 | ![]() 分子量: 35662.016 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() |
-タンパク質・ペプチド / RNA鎖 , 2種, 2分子 LnS2
#1: タンパク質・ペプチド | ![]() 分子量: 3473.451 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() |
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#2: RNA鎖 | ![]() 分子量: 602776.875 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() ![]() |
-非ポリマー , 2種, 26分子 ![](data/chem/img/MG.gif)
![](data/chem/img/ZN.gif)
![](data/chem/img/ZN.gif)
#38: 化合物 | ChemComp-MG / #39: 化合物 | |
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-詳細
研究の焦点であるリガンドがあるか | N |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: ![]() |
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試料調製
構成要素 | 名称: 40S ribosome with PDCD4 and eIF4G / タイプ: RIBOSOME / Entity ID: #1-#37 / 由来: NATURAL |
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分子量 | 実験値: NO |
由来(天然) | 生物種: ![]() ![]() |
緩衝液 | pH: 7.4 |
試料 | 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色![]() ![]() |
試料支持 | グリッドの材料: COPPER / グリッドのサイズ: 300 divisions/in. / グリッドのタイプ: Quantifoil R1.2/1.3 |
急速凍結![]() | 凍結剤: ETHANE |
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電子顕微鏡撮影
実験機器 | ![]() モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源![]() ![]() |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD![]() |
試料ホルダ | 凍結剤: NITROGEN |
撮影 | 電子線照射量: 58 e/Å2 / フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) |
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解析
EMソフトウェア |
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CTF補正![]() | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION | ||||||||||||||||||||||||||||||
粒子像の選択 | 選択した粒子像数: 2878720 | ||||||||||||||||||||||||||||||
対称性 | 点対称性![]() | ||||||||||||||||||||||||||||||
3次元再構成![]() | 解像度: 3.2 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 68929 / 対称性のタイプ: POINT | ||||||||||||||||||||||||||||||
原子モデル構築 | 空間: REAL | ||||||||||||||||||||||||||||||
原子モデル構築 | PDB-ID: 6ZVJ Accession code: 6ZVJ / Source name: PDB / タイプ: experimental model |