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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 8xpn | ||||||
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Title | The Crystal Structure of USP8 from Biortus. | ||||||
![]() | Ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 8 | ||||||
![]() | ![]() ![]() ![]() | ||||||
Function / homology | ![]() regulation of protein catabolic process at postsynapse, modulating synaptic transmission / negative regulation of lysosomal protein catabolic process / protein K48-linked deubiquitination / endosome organization / protein K63-linked deubiquitination / K48-linked deubiquitinase activity / K63-linked deubiquitinase activity / positive regulation of amyloid fibril formation / ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() Similarity search - Function | ||||||
Biological species | ![]() ![]() | ||||||
Method | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Wang, F. / Cheng, W. / Yuan, Z. / Lin, D. / Wang, J. | ||||||
Funding support | 1items
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![]() | ![]() Title: The Crystal Structure of USP8 from Biortus. Authors: Wang, F. / Cheng, W. / Yuan, Z. / Lin, D. / Wang, J. | ||||||
History |
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Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
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Downloads & links
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Download
PDBx/mmCIF format | ![]() | 235 KB | Display | ![]() |
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PDB format | ![]() | 178.5 KB | Display | ![]() |
PDBx/mmJSON format | ![]() | Tree view | ![]() | |
Others | ![]() |
-Validation report
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Related structure data | ![]() 8y9aC C: citing same article ( |
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Similar structure data | Similarity search - Function & homology ![]() |
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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3 | ![]()
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Unit cell |
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Components
#1: Protein | Mass: 43385.250 Da / Num. of mol.: 3 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() #2: Chemical | #3: Chemical | ![]() #4: Chemical | ChemComp-PEG / | ![]() #5: Water | ChemComp-HOH / | ![]() Has ligand of interest | N | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.2 Å3/Da / Density % sol: 44.05 % |
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Crystal grow![]() | Temperature: 293 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / Details: 15% PEG 2000 MME, 0.1M Bis-Tris propane pH6.9 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() |
Detector | Type: DECTRIS EIGER X 9M / Detector: PIXEL / Date: Nov 9, 2023 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength![]() |
Reflection | Resolution: 2.1→48.777 Å / Num. obs: 67580 / % possible obs: 99.5 % / Redundancy: 9 % / Rmerge(I) obs: 0.149 / Net I/σ(I): 11.7 |
Reflection shell | Resolution: 2.1→2.15 Å / Rmerge(I) obs: 0.973 / Num. unique obs: 4460 |
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Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure![]() ![]() Details: Hydrogens have been added in their riding positions
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Solvent computation | Ion probe radii: 0.8 Å / Shrinkage radii: 0.8 Å / VDW probe radii: 1.2 Å / Solvent model: MASK BULK SOLVENT | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 35.216 Å2
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Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.1→48.777 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20
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