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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8xcs | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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タイトル | Cryo-EM structure of Glutamate dehydrogenase from Thermococcus profundus in complex with NADPH, AKG and NH4 in the initial stage of reaction | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
要素 | Glutamate dehydrogenaseグルタミン酸デヒドロゲナーゼ | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
キーワード | OXIDOREDUCTASE (酸化還元酵素) / Complex / Coenzyme (補因子) / NADPH (ニコチンアミドアデニンジヌクレオチドリン酸) / 2-oxoglutarate (Α-ケトグルタル酸) / ammonium ion (アンモニウム) | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 glutamate dehydrogenase [NAD(P)+] / glutamate dehydrogenase (NADP+) activity / glutamate dehydrogenase (NAD+) activity / amino acid metabolic process 類似検索 - 分子機能 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
生物種 | Thermococcus profundus (古細菌) | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.63 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
データ登録者 | Wakabayashi, T. / Oide, M. / Nakasako, M. | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
資金援助 | 日本, 14件
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引用 | ジャーナル: To Be Published タイトル: CryoEM-sampling of metastable conformations appearing in cofactor-ligand association and catalysis of glutamate dehydrogenase 著者: Wakabayashi, T. / Oide, M. / Nakasako, M. | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 8xcs.cif.gz | 86.5 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb8xcs.ent.gz | 63.9 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 8xcs.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xc/8xcs ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xc/8xcs | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | 38253MC 8xcoC 8xcpC 8xcqC 8xcrC 8xctC 8xcuC 8xcvC 8xcwC 8xcxC 8xcyC 8xczC 8xd0C 8xd1C 8xd2C 8xd3C 8xd4C 8xd5C 8xd6C M: このデータのモデリングに利用したマップデータ C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 46758.477 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Thermococcus profundus (古細菌) / 遺伝子: gdhA / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: O74024, glutamate dehydrogenase [NAD(P)+] |
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#2: 化合物 | ChemComp-NDP / |
#3: 化合物 | ChemComp-AKG / |
#4: 化合物 | ChemComp-NH4 / |
#5: 水 | ChemComp-HOH / |
研究の焦点であるリガンドがあるか | Y |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-試料調製
構成要素 | 名称: Hexamer of glutamate dehydrogenase in the presence of NADP and glutamate タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1 / 由来: RECOMBINANT | ||||||||||||||||||||
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分子量 | 値: 0.280 MDa / 実験値: YES | ||||||||||||||||||||
由来(天然) | 生物種: Thermococcus profundus (古細菌) | ||||||||||||||||||||
由来(組換発現) | 生物種: Escherichia coli (大腸菌) | ||||||||||||||||||||
緩衝液 | pH: 7.5 | ||||||||||||||||||||
緩衝液成分 |
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試料 | 濃度: 4.8 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES | ||||||||||||||||||||
急速凍結 | 装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 281 K 詳細: The sample solution kept at 277 K was flash-frozen 15-s after mixing GDH, NADP and glutamate solutions. |
-電子顕微鏡撮影
顕微鏡 | モデル: JEOL CRYO ARM 300 |
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電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: OTHER |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / 最大 デフォーカス(公称値): 47000 nm / 最小 デフォーカス(公称値): 400 nm |
試料ホルダ | 凍結剤: NITROGEN |
撮影 | 電子線照射量: 1 e/Å2 / フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 実像数: 7750 |
-解析
EMソフトウェア |
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CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
粒子像の選択 | 選択した粒子像数: 5267415 / 詳細: auto-picking with LoG-fiter inplemented in Relion | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 2.63 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 160759 / クラス平均像の数: 1 / 対称性のタイプ: POINT | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子モデル構築 | プロトコル: RIGID BODY FIT |