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万見
- PDB-8x5d: The cryo-EM structure of the Mycobacterium tuberculosis CRISPR-Cs... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8x5d
タイトルThe cryo-EM structure of the Mycobacterium tuberculosis CRISPR-Csm complex
要素
  • CRISPR system Cms endoribonuclease Csm3
  • CRISPR system Cms protein Csm5
  • Csm2
  • RNA (47-MER)
キーワードRNA BINDING PROTEIN (RNA結合タンパク質) / Mycobacteria CRISPR-Csm complexes
機能・相同性
機能・相同性情報


endonuclease activity / defense response to virus / RNA binding
類似検索 - 分子機能
CRISPR-associated protein Csm5 / CRISPR-associated RAMP Csm3 / CRISPR type III-associated protein / RAMP superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
リボ核酸 / RNA (> 10) / RNA (> 100) / CRISPR system Cms endoribonuclease Csm3 / CRISPR system Cms protein Csm5
類似検索 - 構成要素
生物種Mycobacterium tuberculosis (結核菌)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.1 Å
データ登録者Liu, M.X. / Li, Z.K.
資金援助 中国, 1件
組織認可番号国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)82225028 中国
引用
ジャーナル: To Be Published
タイトル: The cryo-EM structure of the Mycobacterium tuberculosis CRISPR-Csm complex
著者: Liu, M.X. / Li, Z.K.
#1: ジャーナル: FASEB J / 年: 2019
タイトル: Mycobacterium tuberculosis type III-A CRISPR/Cas system crRNA and its maturation have atypical features.
著者: Wenjing Wei / Shuai Zhang / Joy Fleming / Ying Chen / Zihui Li / Shanghua Fan / Yi Liu / Wei Wang / Ting Wang / Ying Liu / Baiguang Ren / Ming Wang / Jianjian Jiao / Yuanyuan Chen / Ying Zhou ...著者: Wenjing Wei / Shuai Zhang / Joy Fleming / Ying Chen / Zihui Li / Shanghua Fan / Yi Liu / Wei Wang / Ting Wang / Ying Liu / Baiguang Ren / Ming Wang / Jianjian Jiao / Yuanyuan Chen / Ying Zhou / Yafeng Zhou / Shoujin Gu / Xiaoli Zhang / Li Wan / Tao Chen / Lin Zhou / Yong Chen / Xian-En Zhang / Chuanyou Li / Hongtai Zhang / Lijun Bi /
要旨: Clustered regularly interspaced short palindromic repeat (CRISPR)/CRISPR-associated protein (Cas) systems are prokaryotic adaptive immune systems against invading nucleic acids. CRISPR locus ...Clustered regularly interspaced short palindromic repeat (CRISPR)/CRISPR-associated protein (Cas) systems are prokaryotic adaptive immune systems against invading nucleic acids. CRISPR locus variability has been exploited in evolutionary and epidemiological studies of Mycobacterium tuberculosis, the causative agent of tuberculosis, for over 20 yr, yet the biological function of this type III-A system is largely unexplored. Here, using cell biology and biochemical, mutagenic, and RNA-seq approaches, we show it is active in invader defense and has features atypical of type III-A systems: mature CRISPR RNA (crRNA) in its crRNA-CRISPR/Cas protein complex are of uniform length (∼71 nt) and appear not to be subject to 3'-end processing after Cas6 cleavage of repeat RNA 8 nt from its 3' end. crRNAs generated resemble mature crRNA in type I systems, having both 5' (8 nt) and 3' (28 nt) repeat tags. Cas6 cleavage of repeat RNA is ion dependent, and accurate cleavage depends on the presence of a 3' hairpin in the repeat RNA and the sequence of its stem base nucleotides. This study unveils further diversity among CRISPR/Cas systems and provides insight into the crRNA recognition mechanism in M. tuberculosis, providing a foundation for investigating the potential of a type III-A-based genome editing system.-Wei, W., Zhang, S., Fleming, J., Chen, Y., Li, Z., Fan, S., Liu, Y., Wang, W., Wang, T., Liu, Y., Ren, B., Wang, M., Jiao, J., Chen, Y., Zhou, Y., Zhou, Y., Gu, S., Zhang, X., Wan, L., Chen, T., Zhou, L., Chen, Y., Zhang, X.-E., Li, C., Zhang, H., Bi, L. Mycobacterium tuberculosis type III-A CRISPR/Cas system crRNA and its maturation have atypical features.
履歴
登録2023年11月17日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02024年3月6日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
K: CRISPR system Cms endoribonuclease Csm3
G: CRISPR system Cms endoribonuclease Csm3
N: CRISPR system Cms protein Csm5
L: CRISPR system Cms endoribonuclease Csm3
O: RNA (47-MER)
J: CRISPR system Cms endoribonuclease Csm3
I: CRISPR system Cms endoribonuclease Csm3
H: CRISPR system Cms endoribonuclease Csm3
F: Csm2
E: Csm2
D: Csm2
C: Csm2
B: Csm2


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)335,73213
ポリマ－335,73213
非ポリマー00
水0
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: 電子顕微鏡法, not applicable
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551

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要素

#1: タンパク質
CRISPR system Cms endoribonuclease Csm3


分子量: 26147.736 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Mycobacterium tuberculosis (結核菌)
遺伝子: CAB90_03150 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A045JG98
#2: タンパク質 CRISPR system Cms protein Csm5


分子量: 42752.129 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Mycobacterium tuberculosis (結核菌)
遺伝子: csm5 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A0T5YG06
#3: RNA鎖 RNA (47-MER)


分子量: 59360.578 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Mycobacterium tuberculosis (結核菌)
発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
#4: タンパク質
Csm2


分子量: 15346.579 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Mycobacterium tuberculosis (結核菌)
発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: Mycobacteria CRISPR-Csm complexes / タイプ: COMPLEX / Entity ID: all / 由来: RECOMBINANT
由来(天然)生物種: Mycobacterium tuberculosis (結核菌)
由来(組換発現)生物種: Escherichia coli (大腸菌)
緩衝液pH: 7.5
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
急速凍結凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 %

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / 最大 デフォーカス（公称値）: 1500 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1000 nm
撮影電子線照射量: 50 e/Å2
フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)

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解析

CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
3次元再構成解像度: 3.1 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 119066 / 対称性のタイプ: POINT
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
ELECTRON MICROSCOPYf_bond_d0.00318863
ELECTRON MICROSCOPYf_angle_d0.61925652
ELECTRON MICROSCOPYf_dihedral_angle_d14.80111440
ELECTRON MICROSCOPYf_chiral_restr0.0442946
ELECTRON MICROSCOPYf_plane_restr0.0063158

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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