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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8wwv | |||||||||
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タイトル | 1-naphthylamine GS in complex with ADP and MetSox-P | |||||||||
要素 | Glutamine synthetaseグルタミンシンテターゼ | |||||||||
キーワード | LIGASE (リガーゼ) / glutamine synthetase (グルタミンシンテターゼ) / 1-naphthylamine glutamine synthetase | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 | |||||||||
生物種 | Pseudomonas lactis (バクテリア) | |||||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.3 Å | |||||||||
データ登録者 | Zhang, S.T. / Zhou, N.Y. | |||||||||
資金援助 | 中国, 2件
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引用 | ジャーナル: To Be Published タイトル: Discovery of the 1-naphthylamine biodegradation pathway reveals a glutamine synthetase-like protein that catalyzes 1-naphthylamine glutamylation 著者: Zhang, S.T. / Zhou, N.Y. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 8wwv.cif.gz | 1.6 MB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb8wwv.ent.gz | 表示 | PDB形式 | |
PDBx/mmJSON形式 | 8wwv.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ww/8wwv ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ww/8wwv | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | 8wwuC C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
-タンパク質 , 1種, 6分子 ABCDEF
#1: タンパク質 | 分子量: 56933.402 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Pseudomonas lactis (バクテリア) / 遺伝子: HBO18_29070 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A7Y1Q2L1 |
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-非ポリマー , 5種, 687分子
#2: 化合物 | ChemComp-ADP / #3: 化合物 | ChemComp-P3S / #4: 化合物 | ChemComp-MN / #5: 化合物 | ChemComp-MG / #6: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-詳細
研究の焦点であるリガンドがあるか | Y |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.84 Å3/Da / 溶媒含有率: 56.62 % |
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結晶化 | 温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7 詳細: 0.1 M magnesium chloride hexahydrate, 0.1 M rubidium chloride, 0.1 M PIPES 7.0 and 20 % v/v PEG smear low. |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 110 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL19U1 / 波長: 0.97853 Å |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年9月10日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.97853 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.3→46.84 Å / Num. obs: 166648 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 13.5 % / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.153 / Rpim(I) all: 0.043 / Rrim(I) all: 0.159 / Net I/σ(I): 13.4 |
反射 シェル | 解像度: 2.3→2.34 Å / Rmerge(I) obs: 1.286 / Mean I/σ(I) obs: 2.4 / Num. unique obs: 8158 / CC1/2: 0.905 / Rpim(I) all: 0.356 / % possible all: 99.9 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.3→43.77 Å / SU ML: 0.28 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 27.3 / 立体化学のターゲット値: ML
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.3→43.77 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ |
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