+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 8wwv | |||||||||
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Title | 1-naphthylamine GS in complex with ADP and MetSox-P | |||||||||
Components | Glutamine synthetase | |||||||||
Keywords | LIGASE / glutamine synthetase / 1-naphthylamine glutamine synthetase | |||||||||
Function / homology | Function and homology information | |||||||||
Biological species | Pseudomonas lactis (bacteria) | |||||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 2.3 Å | |||||||||
Authors | Zhang, S.T. / Zhou, N.Y. | |||||||||
Funding support | China, 2items
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Citation | Journal: To Be Published Title: Discovery of the 1-naphthylamine biodegradation pathway reveals a glutamine synthetase-like protein that catalyzes 1-naphthylamine glutamylation Authors: Zhang, S.T. / Zhou, N.Y. | |||||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 8wwv.cif.gz | 1.6 MB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb8wwv.ent.gz | Display | PDB format | |
PDBx/mmJSON format | 8wwv.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ww/8wwv ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ww/8wwv | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Related structure data | 8wwuC C: citing same article (ref.) |
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Similar structure data | Similarity search - Function & homologyF&H Search |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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Unit cell |
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-Components
-Protein , 1 types, 6 molecules ABCDEF
#1: Protein | Mass: 56933.402 Da / Num. of mol.: 6 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Pseudomonas lactis (bacteria) / Gene: HBO18_29070 / Production host: Escherichia coli (E. coli) / References: UniProt: A0A7Y1Q2L1 |
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-Non-polymers , 5 types, 687 molecules
#2: Chemical | ChemComp-ADP / #3: Chemical | ChemComp-P3S / #4: Chemical | ChemComp-MN / #5: Chemical | ChemComp-MG / #6: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Details
Has ligand of interest | Y |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.84 Å3/Da / Density % sol: 56.62 % |
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Crystal grow | Temperature: 298 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 7 Details: 0.1 M magnesium chloride hexahydrate, 0.1 M rubidium chloride, 0.1 M PIPES 7.0 and 20 % v/v PEG smear low. |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 110 K / Serial crystal experiment: N |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: SSRF / Beamline: BL19U1 / Wavelength: 0.97853 Å |
Detector | Type: DECTRIS PILATUS 6M / Detector: PIXEL / Date: Sep 10, 2022 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.97853 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 2.3→46.84 Å / Num. obs: 166648 / % possible obs: 100 % / Redundancy: 13.5 % / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.153 / Rpim(I) all: 0.043 / Rrim(I) all: 0.159 / Net I/σ(I): 13.4 |
Reflection shell | Resolution: 2.3→2.34 Å / Rmerge(I) obs: 1.286 / Mean I/σ(I) obs: 2.4 / Num. unique obs: 8158 / CC1/2: 0.905 / Rpim(I) all: 0.356 / % possible all: 99.9 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 2.3→43.77 Å / SU ML: 0.28 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / Phase error: 27.3 / Stereochemistry target values: ML
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.1 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.3→43.77 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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