PDB-8wf7: The Crystal Structure of integrase from Biortus

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8wf7

タイトル

The Crystal Structure of integrase from Biortus

要素

Integrase

インテグラーゼ

キーワード

TRANSFERASE (転移酵素) /

Endonuclease (エンドヌクレアーゼ) / DNA integration / Metal-binding

機能・相同性

機能・相同性情報

DNA integration / viral genome integration into host DNA / establishment of integrated proviral latency /

RNA-directed DNA polymerase activity /

endonuclease activity / DNA recombination / symbiont entry into host cell /

DNA binding / zinc ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.55 Å

データ登録者

Wang, F. / Cheng, W. / Yuan, Z. / Qi, J. / Li, J.

資金援助

1件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: The Crystal Structure of integrase from Biortus
著者: Wang, F. / Cheng, W. / Yuan, Z. / Qi, J. / Li, J.

履歴

登録	2023年9月19日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2023年10月4日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8wf7.cif.gz	51.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8wf7.ent.gz	32.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8wf7.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/wf/8wf7 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/wf/8wf7	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Integrase

ヘテロ分子

17.8 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	71.027, 71.027, 66.849
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number	152
Space group name H-M	P3₁21

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-428- HOH

#1: タンパク質	Integrase / インテグラーゼ分子量: 17204.553 Da / 分子数: 1 / 変異: C56S,F139D,F185H / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス) 遺伝子: pol / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: F2WR39
#2: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン / 硫酸塩分子量: 96.063 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#3: 化合物	ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン / 酢酸塩分子量: 59.044 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₃O₂
#4: 水	ChemComp-HOH / water / 水分子量: 18.015 Da / 分子数: 137 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.83 Å³/Da / 溶媒含有率: 56.53 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 100mM sodium acetate at pH 5.3, 1.9M ammonium

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: CLSI / ビームライン: 08ID-1 / 波長: 0.953743 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER X 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年12月21日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.953743 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.55→45.306 Å / Num. obs: 28716 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 15.1 % / R_merge(I) obs: 0.08 / Net I/σ(I): 19.1
反射シェル	解像度: 1.55→1.58 Å / R_merge(I) obs: 0.853 / Mean I/σ(I) obs: 3.2 / Num. unique obs: 2019 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0352	精密化
XDS		データ削減
Aimless		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.55→45.306 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.964 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.956 / SU B: 1.062 / SU ML: 0.039 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.07 / ESU R Free: 0.071 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1986	1449	5.046 %
R_work	0.1761	27267	-
all	0.177	-	-
obs	-	28716	99.979 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 25.388 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.086 Å²	0.043 Å²	0 Å²
2-	-	0.086 Å²	-0 Å²
3-	-	-	-0.278 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.55→45.306 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1179	0	34	137	1350

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.005	0.012	1273
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.016	1178
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.219	1.643	1737
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.419	1.572	2756
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.803	5	164
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	6.15	5	4
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	11.426	10	225
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_6_deg	15.672	10	53
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.057	0.2	200
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.007	0.02	1401
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	231
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.235	0.2	249
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.173	0.2	1006
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.18	0.2	605
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.073	0.2	652
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.165	0.2	92
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_other	0.036	0.2	1
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.17	0.2	29
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.209	0.2	107
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.159	0.2	29
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.907	2.531	621
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	1.908	2.529	620
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	3.057	3.77	775
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	3.055	3.779	776
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.766	2.968	652
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	2.764	2.969	653
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	4.329	4.298	955
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	4.326	4.3	956
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	6.611	43.319	1499
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	6.395	38.657	1455

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	R_factor all	Num. reflection all	Fsc free	Fsc work	% reflection obs (%)	WR_factor R_work
1.55-1.59	0.272	85	0.251	2019	0.251	2106	0.96	0.97	99.905	0.251
1.59-1.634	0.218	116	0.216	1933	0.216	2049	0.971	0.976	100	0.216
1.634-1.681	0.184	112	0.206	1857	0.205	1969	0.982	0.977	100	0.206
1.681-1.733	0.261	97	0.197	1838	0.199	1935	0.963	0.977	100	0.197
1.733-1.79	0.227	88	0.184	1763	0.186	1851	0.967	0.98	100	0.184
1.79-1.852	0.197	99	0.173	1723	0.174	1822	0.976	0.981	100	0.173
1.852-1.922	0.19	103	0.173	1675	0.174	1778	0.978	0.982	100	0.173
1.922-2	0.188	80	0.164	1581	0.165	1661	0.977	0.984	100	0.164
2-2.089	0.197	99	0.165	1537	0.166	1638	0.976	0.984	99.8779	0.165
2.089-2.191	0.187	92	0.166	1447	0.167	1539	0.98	0.984	100	0.166
2.191-2.309	0.186	78	0.16	1417	0.161	1495	0.98	0.985	100	0.16
2.309-2.449	0.177	71	0.169	1339	0.17	1410	0.982	0.983	100	0.169
2.449-2.617	0.192	77	0.15	1250	0.152	1327	0.981	0.986	100	0.15
2.617-2.826	0.139	56	0.158	1159	0.157	1215	0.988	0.984	100	0.158
2.826-3.095	0.159	35	0.159	1110	0.159	1145	0.988	0.984	100	0.159
3.095-3.458	0.2	33	0.171	1009	0.172	1042	0.972	0.982	100	0.171
3.458-3.989	0.208	45	0.155	887	0.158	933	0.975	0.984	99.8928	0.155
3.989-4.876	0.221	43	0.166	752	0.169	795	0.97	0.983	100	0.166
4.876-6.856	0.253	34	0.25	596	0.25	630	0.971	0.966	100	0.25
6.856-45.306	0.231	6	0.239	375	0.239	381	0.977	0.969	100	0.239

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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