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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8v83 | ||||||||||||
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タイトル | 60S ribosome biogenesis intermediate (Dbp10 pre-catalytic structure - Overall map) | ||||||||||||
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機能・相同性 | ![]() 25S rRNA (cytosine2870-C5)-methyltransferase / snoRNA release from pre-rRNA / ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() 類似検索 - 分子機能 | ||||||||||||
生物種 | ![]() ![]() ![]() | ||||||||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||||||||
![]() | Cruz, V.E. / Weirich, C.S. / Peddada, N. / Erzberger, J.P. | ||||||||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: The DEAD-box ATPase Dbp10/DDX54 initiates peptidyl transferase center formation during 60S ribosome biogenesis. 著者: Victor E Cruz / Christine S Weirich / Nagesh Peddada / Jan P Erzberger / ![]() 要旨: DEAD-box ATPases play crucial roles in guiding rRNA restructuring events during the biogenesis of large (60S) ribosomal subunits, but their precise molecular functions are currently unknown. In this ...DEAD-box ATPases play crucial roles in guiding rRNA restructuring events during the biogenesis of large (60S) ribosomal subunits, but their precise molecular functions are currently unknown. In this study, we present cryo-EM reconstructions of nucleolar pre-60S intermediates that reveal an unexpected, alternate secondary structure within the nascent peptidyl-transferase-center (PTC). Our analysis of three sequential nucleolar pre-60S intermediates reveals that the DEAD-box ATPase Dbp10/DDX54 remodels this alternate base pairing and enables the formation of the rRNA junction that anchors the mature form of the universally conserved PTC A-loop. Post-catalysis, Dbp10 captures rRNA helix H61, initiating the concerted exchange of biogenesis factors during late nucleolar 60S maturation. Our findings show that Dbp10 activity is essential for the formation of the ribosome active site and reveal how this function is integrated with subsequent assembly steps to drive the biogenesis of the large ribosomal subunit. | ||||||||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 3.2 MB | 表示 | ![]() |
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PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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要素
-Saccharomyces cerevisiae S288C ... , 2種, 2分子 12
#1: RNA鎖 | 分子量: 1097493.875 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() ![]() ![]() 参照: GenBank: 2211412803 |
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#2: RNA鎖 | 分子量: 50682.922 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() ![]() ![]() 参照: GenBank: 1772891209 |
-タンパク質 , 13種, 13分子 7DJKRWblnqvxy
#4: タンパク質 | ![]() 分子量: 23652.645 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() ![]() ![]() 参照: UniProt: P43586 |
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#9: タンパク質 | 分子量: 56798.348 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() ![]() ![]() 参照: UniProt: Q03532, ![]() |
#15: タンパク質 | 分子量: 49842.613 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() ![]() ![]() 参照: UniProt: P36049 |
#16: タンパク質 | 分子量: 42596.691 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() ![]() ![]() 参照: UniProt: P38779 |
#23: タンパク質 | 分子量: 35754.605 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() ![]() ![]() 参照: UniProt: P10962 |
#27: タンパク質 | 分子量: 27098.012 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() ![]() ![]() 参照: UniProt: P33201 |
#31: タンパク質 | 分子量: 74531.227 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() ![]() ![]() 参照: UniProt: Q02892 |
#37: タンパク質 | 分子量: 20411.699 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() ![]() ![]() 参照: UniProt: Q08962 |
#39: タンパク質 | 分子量: 69984.148 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() ![]() ![]() 参照: UniProt: P53261 |
#41: タンパク質 | 分子量: 69912.164 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() ![]() ![]() 参照: UniProt: P40991, 25S rRNA (cytosine2870-C5)-methyltransferase |
#45: タンパク質 | ![]() 分子量: 26954.447 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() ![]() ![]() 参照: UniProt: P40007 |
#47: タンパク質 | 分子量: 35184.387 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() ![]() ![]() 参照: UniProt: P38805 |
#48: タンパク質 | 分子量: 26476.605 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() ![]() ![]() 参照: UniProt: Q12522 |
-Ribosomal RNA-processing protein ... , 3種, 3分子 8Tw
#5: タンパク質 | 分子量: 50599.875 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() ![]() ![]() 参照: UniProt: P36080 |
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#25: タンパク質 | 分子量: 28268.479 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() ![]() ![]() 参照: UniProt: Q06511 |
#46: タンパク質 | 分子量: 33250.531 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() ![]() ![]() 参照: UniProt: P35178 |
-Ribosome biogenesis protein ... , 8種, 8分子 AIZmortu
#6: タンパク質 | ![]() 分子量: 33585.414 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() ![]() ![]() 参照: UniProt: Q08235 |
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#14: タンパク質 | ![]() 分子量: 51982.457 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() ![]() ![]() 参照: UniProt: P53136 |
#29: タンパク質 | ![]() 分子量: 51861.156 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() ![]() ![]() 参照: UniProt: P38789 |
#38: タンパク質 | ![]() 分子量: 91830.609 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() ![]() ![]() 参照: UniProt: Q04660 |
#40: タンパク質 | ![]() 分子量: 25499.186 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() ![]() ![]() 参照: UniProt: P53927 |
#42: タンパク質 | ![]() 分子量: 29786.783 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() ![]() ![]() 参照: UniProt: P40078 |
#43: タンパク質 | ![]() 分子量: 36621.074 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() ![]() ![]() 参照: UniProt: P40693 |
#44: タンパク質 | ![]() 分子量: 24027.650 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() ![]() ![]() 参照: UniProt: Q07915 |
-60S ribosomal protein ... , 15種, 15分子 BCEFLMPQVYefhij
#7: タンパク質 | ![]() 分子量: 43850.793 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() ![]() ![]() 参照: UniProt: P14126 |
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#8: タンパク質 | ![]() 分子量: 39159.125 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() ![]() ![]() 参照: UniProt: P10664 |
#10: タンパク質 | ![]() 分子量: 20000.564 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() ![]() ![]() 参照: UniProt: Q02326 |
#11: タンパク質 | ![]() 分子量: 27686.281 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() ![]() ![]() 参照: UniProt: P05737 |
#17: タンパク質 | ![]() 分子量: 22604.164 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() ![]() ![]() 参照: UniProt: Q12690 |
#18: タンパク質 | ![]() 分子量: 15195.066 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() ![]() ![]() 参照: UniProt: P36105 |
#21: タンパク質 | ![]() 分子量: 20589.518 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() ![]() ![]() 参照: UniProt: P05740 |
#22: タンパク質 | ![]() 分子量: 20609.252 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() ![]() ![]() 参照: UniProt: P0CX49 |
#26: タンパク質 | ![]() 分子量: 14493.950 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() ![]() ![]() 参照: UniProt: P0CX41 |
#28: タンパク質 | ![]() 分子量: 14265.784 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() ![]() ![]() 参照: UniProt: P05743 |
#32: タンパク質 | ![]() 分子量: 14809.441 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() ![]() ![]() 参照: UniProt: P38061 |
#33: タンパク質 | ![]() 分子量: 12177.130 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() ![]() ![]() 参照: UniProt: P05744 |
#34: タンパク質 | ![]() 分子量: 13942.640 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() ![]() ![]() 参照: UniProt: P0CX84 |
#35: タンパク質 | ![]() 分子量: 11151.259 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() ![]() ![]() 参照: UniProt: P05745 |
#36: タンパク質 | ![]() 分子量: 9877.395 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() ![]() ![]() 参照: UniProt: P49166 |
-Large ribosomal subunit protein ... , 6種, 6分子 GHNOSa
#12: タンパク質 | 分子量: 28175.820 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() ![]() ![]() 参照: UniProt: P17076 |
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#13: タンパク質 | 分子量: 21605.061 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() ![]() ![]() 参照: UniProt: P05738 |
#19: タンパク質 | 分子量: 24482.357 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() ![]() ![]() 参照: UniProt: P05748 |
#20: タンパク質 | 分子量: 22247.227 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() ![]() ![]() 参照: UniProt: P26784 |
#24: タンパク質 | 分子量: 20478.852 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() ![]() ![]() 参照: UniProt: P0CX23 |
#30: タンパク質 | 分子量: 24524.799 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() ![]() ![]() 参照: UniProt: P0CX43 |
-RNA鎖 / 非ポリマー , 2種, 3分子 6![](data/chem/img/ZN.gif)
![](data/chem/img/ZN.gif)
#3: RNA鎖 | 分子量: 74308.391 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() ![]() ![]() |
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#49: 化合物 |
-詳細
研究の焦点であるリガンドがあるか | Y |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: ![]() |
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試料調製
構成要素 | 名称: 60S ribosome biogenesis intermediate / タイプ: RIBOSOME / Entity ID: #1-#48 / 由来: NATURAL | |||||||||||||||||||||||||
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分子量 | 実験値: NO | |||||||||||||||||||||||||
由来(天然) | 生物種: ![]() ![]() ![]() | |||||||||||||||||||||||||
緩衝液 | pH: 8 | |||||||||||||||||||||||||
緩衝液成分 |
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試料 | 濃度: 0.5 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色![]() ![]() | |||||||||||||||||||||||||
急速凍結![]() | 装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 277 K |
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電子顕微鏡撮影
実験機器 | ![]() モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源![]() ![]() |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD![]() |
撮影 | 電子線照射量: 39.3 e/Å2 / フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) |
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解析
EMソフトウェア |
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CTF補正![]() | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION | ||||||||||||||||||||||||||||||||
3次元再構成![]() | 解像度: 2.53 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 374572 / 対称性のタイプ: POINT | ||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 | 交差検証法: NONE |