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Yorodumi- PDB-8v5y: Crystal structure of Tyr p 36.0101 in complex with a poly(L-proli... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 8v5y | ||||||
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Title | Crystal structure of Tyr p 36.0101 in complex with a poly(L-proline) peptide | ||||||
Components |
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Keywords | ALLERGEN / mite profilin / storage mite / allergy / poly(L-proline) peptide | ||||||
Function / homology | Function and homology information sequestering of actin monomers / actin monomer binding / cell cortex / cytoskeleton Similarity search - Function | ||||||
Biological species | Tyrophagus putrescentiae (arthropod) synthetic construct (others) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 2.059 Å | ||||||
Authors | O'Malley, A. / Chruszcz, M. | ||||||
Funding support | United States, 1items
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Citation | Journal: Biol.Chem. / Year: 2024 Title: Structural homology of mite profilins to plant profilins is not indicative of allergic cross-reactivity. Authors: O'Malley, A. / Sankaran, S. / Carriuolo, A. / Khatri, K. / Kowal, K. / Chruszcz, M. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 8v5y.cif.gz | 153.1 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb8v5y.ent.gz | 91.7 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 8v5y.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/v5/8v5y ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/v5/8v5y | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Related structure data | 8ti5C 8ti6C 8ti7C C: citing same article (ref.) |
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Similar structure data | Similarity search - Function & homologyF&H Search |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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Unit cell |
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Noncrystallographic symmetry (NCS) | NCS domain:
NCS domain segments: Component-ID: 1 / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: GLY / Beg label comp-ID: GLY / End auth comp-ID: ASN / End label comp-ID: ASN / Auth asym-ID: B / Label asym-ID: A / Auth seq-ID: 1 - 130 / Label seq-ID: 25 - 154
NCS ensembles : (Details: Local NCS retraints between domains: 1 2) |
-Components
#1: Protein | Mass: 16881.910 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Tyrophagus putrescentiae (arthropod) / Production host: Escherichia coli (E. coli) / References: UniProt: A0A1B2YLJ4 #2: Protein/peptide | | Mass: 600.704 Da / Num. of mol.: 1 / Source method: obtained synthetically / Source: (synth.) synthetic construct (others) #3: Chemical | ChemComp-SO4 / #4: Water | ChemComp-HOH / | Has ligand of interest | N | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.15 Å3/Da / Density % sol: 42 % |
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Crystal grow | Temperature: 298 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 3.5 Details: 0.1 M lithium citrate pH 3.5, 2.0 M ammonium sulfate |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: NSLS-II / Beamline: 17-ID-2 / Wavelength: 0.979 Å |
Detector | Type: DECTRIS EIGER X 16M / Detector: PIXEL / Date: Oct 27, 2023 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.979 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 2.05→40 Å / Num. obs: 13911 / % possible obs: 91.4 % / Redundancy: 5.4 % / CC1/2: 0.989 / Rmerge(I) obs: 0.075 / Rpim(I) all: 0.033 / Rrim(I) all: 0.082 / Rsym value: 0.075 / Net I/σ(I): 16.6 |
Reflection shell | Resolution: 2.05→2.09 Å / Redundancy: 2.3 % / Rmerge(I) obs: 0.214 / Mean I/σ(I) obs: 2.5 / Num. unique obs: 501 / CC1/2: 0.932 / Rpim(I) all: 0.157 / Rrim(I) all: 0.267 / Rsym value: 0.214 / % possible all: 65.1 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 2.059→37.768 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.955 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.925 / SU B: 9.803 / SU ML: 0.135 / Cross valid method: FREE R-VALUE / ESU R: 0.276 / ESU R Free: 0.194 Details: Hydrogens have been added in their riding positions
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Solvent computation | Ion probe radii: 0.8 Å / Shrinkage radii: 0.8 Å / VDW probe radii: 1.2 Å / Solvent model: MASK BULK SOLVENT | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 21.047 Å2
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Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.059→37.768 Å
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Refine LS restraints |
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Refine LS restraints NCS |
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LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group | Selection: ALL |