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- PDB-8uu5: Cryo-EM structure of the Listeria innocua 70S ribosome (head-swiv... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8uu5
タイトルCryo-EM structure of the Listeria innocua 70S ribosome (head-swiveled) in complex with pe/E-tRNA (structure I-B)
要素
  • (Large ribosomal subunit protein ...) x 27
  • (Small ribosomal subunit protein ...) x 19
  • 16S Ribosomal RNA16SリボソームRNA
  • 23S Ribosomal RNA23SリボソームRNA
  • 5S Ribosomal RNA5SリボソームRNA
  • F-Stop mRNA
  • pe/E Hybrid State Phenylalanine tRNA
キーワードRIBOSOME (リボソーム) / cryo-EM (低温電子顕微鏡法) / recycling (リサイクル) / time-resolved
機能・相同性
機能・相同性情報


ribosomal small subunit assembly / small ribosomal subunit rRNA binding / large ribosomal subunit / 5S rRNA binding / large ribosomal subunit rRNA binding / small ribosomal subunit / cytosolic small ribosomal subunit / transferase activity / cytosolic large ribosomal subunit / cytoplasmic translation ...ribosomal small subunit assembly / small ribosomal subunit rRNA binding / large ribosomal subunit / 5S rRNA binding / large ribosomal subunit rRNA binding / small ribosomal subunit / cytosolic small ribosomal subunit / transferase activity / cytosolic large ribosomal subunit / cytoplasmic translation / tRNA binding / negative regulation of translation / rRNA binding / リボソーム / structural constituent of ribosome / ribonucleoprotein complex / 翻訳 (生物学) / mRNA binding / RNA binding / zinc ion binding / 細胞質基質 / 細胞質
類似検索 - 分子機能
Ribosomal protein L31 type B / Type-1 KH domain profile. / Ribosomal protein S14, type Z / Ribosomal protein L31 signature. / Ribosomal protein L31 / Ribosomal protein L31 superfamily / Ribosomal protein L31 / Ribosomal protein L21, conserved site / Ribosomal protein L21 signature. / Ribosomal protein L16 signature 1. ...Ribosomal protein L31 type B / Type-1 KH domain profile. / Ribosomal protein S14, type Z / Ribosomal protein L31 signature. / Ribosomal protein L31 / Ribosomal protein L31 superfamily / Ribosomal protein L31 / Ribosomal protein L21, conserved site / Ribosomal protein L21 signature. / Ribosomal protein L16 signature 1. / : / Ribosomal protein L6, conserved site / Ribosomal protein L6 signature 1. / Ribosomal protein L16, conserved site / Ribosomal protein L16 signature 2. / Ribosomal protein L17 signature. / Ribosomal protein L28/L24 superfamily / Ribosomal protein L36 signature. / Ribosomal protein L32p, bacterial type / Ribosomal protein L28 / Ribosomal protein L35, conserved site / Ribosomal protein L35 signature. / Ribosomal protein L33, conserved site / Ribosomal protein L33 signature. / Ribosomal protein L35, non-mitochondrial / Ribosomal protein S14/S29 / Ribosomal protein L5, bacterial-type / Ribosomal protein L6, bacterial-type / Ribosomal protein L18, bacterial-type / Ribosomal protein L19, conserved site / Ribosomal protein L19 signature. / Ribosomal protein L36 / Ribosomal protein L36 superfamily / Ribosomal protein L36 / Ribosomal protein S3, bacterial-type / Ribosomal protein S6, conserved site / Ribosomal protein S6 signature. / Ribosomal protein S19, bacterial-type / Ribosomal protein L20 signature. / Ribosomal protein S7, bacterial/organellar-type / Ribosomal protein S11, bacterial-type / Ribosomal protein L27, conserved site / Ribosomal protein S13, bacterial-type / Ribosomal protein L27 signature. / Ribosomal protein S20 / Ribosomal protein S20 superfamily / Ribosomal protein S20 / Ribosomal protein S9, bacterial/plastid / 30S ribosomal protein S17 / Ribosomal protein S5, bacterial-type / Ribosomal protein L14P, bacterial-type / Ribosomal protein L34, conserved site / Ribosomal protein L34 signature. / Ribosomal protein S6, plastid/chloroplast / Ribosomal protein L22, bacterial/chloroplast-type / Ribosomal protein L35 / Ribosomal protein L35 superfamily / Ribosomal protein L2, bacterial/organellar-type / Ribosomal protein L35 / Ribosomal L28 family / Ribosomal protein L33 / Ribosomal protein L33 / Ribosomal protein L28/L24 / Ribosomal protein L33 superfamily / Ribosomal protein L30, bacterial-type / : / Ribosomal protein L16 / Ribosomal protein L18 / Ribosomal L18 of archaea, bacteria, mitoch. and chloroplast / Ribosomal protein S18, conserved site / Ribosomal protein S18 signature. / L28p-like / Ribosomal protein L20 / Ribosomal protein S16 / Ribosomal protein S16 / Ribosomal protein S16 domain superfamily / Ribosomal protein S15, bacterial-type / Ribosomal protein L20 / Ribosomal protein L20, C-terminal / Ribosomal protein L21 / Ribosomal protein L27 / Ribosomal L27 protein / Ribosomal protein L19 / Ribosomal protein L19 superfamily / Ribosomal protein L19 / Ribosomal proteins 50S L24/mitochondrial 39S L24 / Ribosomal protein L17 / Ribosomal protein L17 superfamily / Ribosomal protein L17 / Ribosomal protein S6 / Ribosomal protein S6 / Ribosomal protein L21-like / L21-like superfamily / Ribosomal prokaryotic L21 protein / Ribosomal protein S6 superfamily / Ribosomal L32p protein family / Ribosomal protein S12, bacterial-type / Ribosomal protein L24 / Ribosomal protein L32p / Ribosomal protein L34
類似検索 - ドメイン・相同性
: / : / : / : / リボ核酸 / RNA (> 10) / RNA (> 100) / RNA (> 1000) / Large ribosomal subunit protein bL31B / Large ribosomal subunit protein uL23 ...: / : / : / : / リボ核酸 / RNA (> 10) / RNA (> 100) / RNA (> 1000) / Large ribosomal subunit protein bL31B / Large ribosomal subunit protein uL23 / Small ribosomal subunit protein uS19 / Large ribosomal subunit protein uL4 / Large ribosomal subunit protein uL30 / Small ribosomal subunit protein uS5 / Large ribosomal subunit protein uL16 / Small ribosomal subunit protein uS3 / Large ribosomal subunit protein bL17 / Large ribosomal subunit protein uL15 / Small ribosomal subunit protein uS8 / Small ribosomal subunit protein uS10 / Large ribosomal subunit protein uL2 / Large ribosomal subunit protein uL24 / Large ribosomal subunit protein bL21 / Large ribosomal subunit protein uL3 / Small ribosomal subunit protein uS17 / Small ribosomal subunit protein uS9 / Large ribosomal subunit protein uL29 / Large ribosomal subunit protein uL13 / Small ribosomal subunit protein uS14 / Large ribosomal subunit protein uL6 / Large ribosomal subunit protein bL36 / Large ribosomal subunit protein uL22 / Small ribosomal subunit protein uS11 / Large ribosomal subunit protein uL14 / Large ribosomal subunit protein uL18 / Small ribosomal subunit protein uS13 / Large ribosomal subunit protein uL5 / Large ribosomal subunit protein bL20 / Large ribosomal subunit protein bL35 / Large ribosomal subunit protein bL28 / Small ribosomal subunit protein bS18 / Large ribosomal subunit protein bL34 / Small ribosomal subunit protein uS15 / Small ribosomal subunit protein uS12 / Large ribosomal subunit protein bL27 / Small ribosomal subunit protein bS20 / Large ribosomal subunit protein bL32 / Small ribosomal subunit protein uS7 / Large ribosomal subunit protein bL33 / : / : / Small ribosomal subunit protein bS16 / Large ribosomal subunit protein bL19 / Small ribosomal subunit protein bS6
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
Listeria innocua (バクテリア)
Escherichia phage T4 (ファージ)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3 Å
データ登録者Seely, S.M. / Basu, R.S. / Gagnon, M.G.
資金援助 米国, 4件
組織認可番号国
Other governmentUniversity of Texas Medical Branch Galveston 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)GM136936 米国
Welch FoundationH-2032-20230405 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)GM008280 米国
引用ジャーナル: Nucleic Acids Res / 年: 2024
タイトル: Mechanistic insights into the alternative ribosome recycling by HflXr.
著者: Savannah M Seely / Ritwika S Basu / Matthieu G Gagnon /
要旨: During stress conditions such as heat shock and antibiotic exposure, ribosomes stall on messenger RNAs, leading to inhibition of protein synthesis. To remobilize ribosomes, bacteria use rescue ...During stress conditions such as heat shock and antibiotic exposure, ribosomes stall on messenger RNAs, leading to inhibition of protein synthesis. To remobilize ribosomes, bacteria use rescue factors such as HflXr, a homolog of the conserved housekeeping GTPase HflX that catalyzes the dissociation of translationally inactive ribosomes into individual subunits. Here we use time-resolved cryo-electron microscopy to elucidate the mechanism of ribosome recycling by Listeria monocytogenes HflXr. Within the 70S ribosome, HflXr displaces helix H69 of the 50S subunit and induces long-range movements of the platform domain of the 30S subunit, disrupting inter-subunit bridges B2b, B2c, B4, B7a and B7b. Our findings unveil a unique ribosome recycling strategy by HflXr which is distinct from that mediated by RRF and EF-G. The resemblance between HflXr and housekeeping HflX suggests that the alternative ribosome recycling mechanism reported here is universal in the prokaryotic kingdom.
履歴
登録2023年10月31日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02024年2月28日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年3月13日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.22024年5月1日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
a: 16S Ribosomal RNA
b: Small ribosomal subunit protein uS2
c: Small ribosomal subunit protein uS3
d: Small ribosomal subunit protein uS4
e: Small ribosomal subunit protein uS5
f: Small ribosomal subunit protein bS6
g: Small ribosomal subunit protein uS7
h: Small ribosomal subunit protein uS8
i: Small ribosomal subunit protein uS9
j: Small ribosomal subunit protein uS10
k: Small ribosomal subunit protein uS11
l: Small ribosomal subunit protein uS12
m: Small ribosomal subunit protein uS13
n: Small ribosomal subunit protein uS14
o: Small ribosomal subunit protein uS15
p: Small ribosomal subunit protein bS16
q: Small ribosomal subunit protein uS17
r: Small ribosomal subunit protein bS18
s: Small ribosomal subunit protein uS19
t: Small ribosomal subunit protein bS20
x: pe/E Hybrid State Phenylalanine tRNA
w: F-Stop mRNA
A: 23S Ribosomal RNA
B: 5S Ribosomal RNA
C: Large ribosomal subunit protein uL2
D: Large ribosomal subunit protein uL3
E: Large ribosomal subunit protein uL4
F: Large ribosomal subunit protein uL5
G: Large ribosomal subunit protein uL6
L: Large ribosomal subunit protein uL13
M: Large ribosomal subunit protein uL14
N: Large ribosomal subunit protein uL15
O: Large ribosomal subunit protein uL16
P: Large ribosomal subunit protein bL17
Q: Large ribosomal subunit protein uL18
R: Large ribosomal subunit protein bL19
S: Large ribosomal subunit protein bL20
T: Large ribosomal subunit protein bL21
U: Large ribosomal subunit protein uL22
V: Large ribosomal subunit protein uL23
W: Large ribosomal subunit protein uL24
Y: Large ribosomal subunit protein bL27
Z: Large ribosomal subunit protein bL28
1: Large ribosomal subunit protein uL29
2: Large ribosomal subunit protein uL30
3: Large ribosomal subunit protein bL31B
4: Large ribosomal subunit protein bL32
5: Large ribosomal subunit protein bL33
6: Large ribosomal subunit protein bL34
7: Large ribosomal subunit protein bL35
8: Large ribosomal subunit protein bL36
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)2,156,362545
ポリマ－2,144,19151
非ポリマー12,171494
水5,819323
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: 電子顕微鏡法, not applicable
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551

-
要素

-
RNA鎖 , 5種, 5分子 axwAB

#1: RNA鎖 16S Ribosomal RNA / 16SリボソームRNA


分子量: 501949.188 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Listeria innocua (バクテリア) / 株: ATCC33090 / 参照: GenBank: 2027972510
#21: RNA鎖 pe/E Hybrid State Phenylalanine tRNA


分子量: 24644.873 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: Deacylated phenylalanyl-tRNA / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 株: MRE600 / プラスミド: pBSTNAV-tRNAPhe / 発現宿主: Escherichia coli HB101 (大腸菌) / 参照: GenBank: 1850831943
#22: RNA鎖 F-Stop mRNA


分子量: 6792.157 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: Synthetic 21-nt F-Stop mRNA / 由来: (合成) Escherichia phage T4 (ファージ)
#23: RNA鎖 23S Ribosomal RNA / 23SリボソームRNA


分子量: 951061.750 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Listeria innocua (バクテリア) / 株: ATCC33090 / 参照: GenBank: 2288068686
#24: RNA鎖 5S Ribosomal RNA / 5SリボソームRNA


分子量: 37304.059 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Listeria innocua (バクテリア) / 株: ATCC33090 / 参照: GenBank: 1774324476

-
Small ribosomal subunit protein ... , 19種, 19分子 bcdefghijklmnopqrst

#2: タンパク質 Small ribosomal subunit protein uS2


分子量: 28359.734 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Listeria innocua (バクテリア) / 株: ATCC33090 / 参照: UniProt: A0A6B0JGP5
#3: タンパク質 Small ribosomal subunit protein uS3


分子量: 24587.158 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Listeria innocua (バクテリア) / 株: ATCC33090 / 参照: UniProt: A0A0U4VSU9
#4: タンパク質 Small ribosomal subunit protein uS4


分子量: 22716.852 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Listeria innocua (バクテリア) / 株: ATCC33090 / 参照: UniProt: A0A6B0JGH8
#5: タンパク質 Small ribosomal subunit protein uS5


分子量: 17516.182 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Listeria innocua (バクテリア) / 株: ATCC33090 / 参照: UniProt: A0A0U4VSJ3
#6: タンパク質 Small ribosomal subunit protein bS6


分子量: 11512.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Listeria innocua (バクテリア) / 株: ATCC33090 / 参照: UniProt: A0A7X0WKH5
#7: タンパク質 Small ribosomal subunit protein uS7


分子量: 17848.816 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Listeria innocua (バクテリア) / 株: ATCC33090 / 参照: UniProt: A0A660JPE1
#8: タンパク質 Small ribosomal subunit protein uS8


分子量: 14667.118 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Listeria innocua (バクテリア) / 株: ATCC33090 / 参照: UniProt: A0A0U5A6U3
#9: タンパク質 Small ribosomal subunit protein uS9


分子量: 14473.736 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Listeria innocua (バクテリア) / 株: ATCC33090 / 参照: UniProt: A0A0U5ADS9
#10: タンパク質 Small ribosomal subunit protein uS10


分子量: 11703.661 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Listeria innocua (バクテリア) / 株: ATCC33090 / 参照: UniProt: A0A0U5A730
#11: タンパク質 Small ribosomal subunit protein uS11


分子量: 13812.904 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Listeria innocua (バクテリア) / 株: ATCC33090 / 参照: UniProt: A0A0U5AP31
#12: タンパク質 Small ribosomal subunit protein uS12


分子量: 15216.778 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Listeria innocua (バクテリア) / 株: ATCC33090 / 参照: UniProt: A0A660JM56
#13: タンパク質 Small ribosomal subunit protein uS13


分子量: 13738.979 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Listeria innocua (バクテリア) / 株: ATCC33090 / 参照: UniProt: A0A0U5ARJ0
#14: タンパク質 Small ribosomal subunit protein uS14


分子量: 7164.716 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Listeria innocua (バクテリア) / 株: ATCC33090 / 参照: UniProt: A0A0U5AGZ1
#15: タンパク質 Small ribosomal subunit protein uS15


分子量: 10656.375 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Listeria innocua (バクテリア) / 株: ATCC33090 / 参照: UniProt: A0A660JLK4
#16: タンパク質 Small ribosomal subunit protein bS16


分子量: 10404.196 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Listeria innocua (バクテリア) / 株: ATCC33090 / 参照: UniProt: A0A6B0JQE1
#17: タンパク質 Small ribosomal subunit protein uS17


分子量: 10057.699 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Listeria innocua (バクテリア) / 株: ATCC33090 / 参照: UniProt: A0A0U5ADR4
#18: タンパク質 Small ribosomal subunit protein bS18


分子量: 9119.831 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Listeria innocua (バクテリア) / 株: ATCC33090 / 参照: UniProt: A0A660JK14
#19: タンパク質 Small ribosomal subunit protein uS19


分子量: 10498.116 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Listeria innocua (バクテリア) / 株: ATCC33090 / 参照: UniProt: A0A0U4VSH5
#20: タンパク質 Small ribosomal subunit protein bS20


分子量: 9189.573 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Listeria innocua (バクテリア) / 株: ATCC33090 / 参照: UniProt: A0A660JML5

+
Large ribosomal subunit protein ... , 27種, 27分子 CDEFGLMNOPQRSTUVWYZ12345678

#25: タンパク質 Large ribosomal subunit protein uL2


分子量: 30568.367 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Listeria innocua (バクテリア) / 株: ATCC33090 / 参照: UniProt: A0A0U5A742
#26: タンパク質 Large ribosomal subunit protein uL3


分子量: 22880.467 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Listeria innocua (バクテリア) / 株: ATCC33090 / 参照: UniProt: A0A0U5ADD0
#27: タンパク質 Large ribosomal subunit protein uL4


分子量: 22640.262 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Listeria innocua (バクテリア) / 株: ATCC33090 / 参照: UniProt: A0A0U4VSH7
#28: タンパク質 Large ribosomal subunit protein uL5


分子量: 20023.248 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Listeria innocua (バクテリア) / 株: ATCC33090 / 参照: UniProt: A0A0U5AWX6
#29: タンパク質 Large ribosomal subunit protein uL6


分子量: 19433.316 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Listeria innocua (バクテリア) / 株: ATCC33090 / 参照: UniProt: A0A0U5ALU0
#30: タンパク質 Large ribosomal subunit protein uL13


分子量: 16228.722 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Listeria innocua (バクテリア) / 株: ATCC33090 / 参照: UniProt: A0A0U5AGN0
#31: タンパク質 Large ribosomal subunit protein uL14


分子量: 13248.427 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Listeria innocua (バクテリア) / 株: ATCC33090 / 参照: UniProt: A0A0U5AP82
#32: タンパク質 Large ribosomal subunit protein uL15


分子量: 15827.128 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Listeria innocua (バクテリア) / 株: ATCC33090 / 参照: UniProt: A0A0U5A6S7
#33: タンパク質 Large ribosomal subunit protein uL16


分子量: 16171.043 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Listeria innocua (バクテリア) / 株: ATCC33090 / 参照: UniProt: A0A0U4VSU8
#34: タンパク質 Large ribosomal subunit protein bL17


分子量: 15237.766 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Listeria innocua (バクテリア) / 株: ATCC33090 / 参照: UniProt: A0A0U4VSW3
#35: タンパク質 Large ribosomal subunit protein uL18


分子量: 13107.909 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Listeria innocua (バクテリア) / 株: ATCC33090 / 参照: UniProt: A0A0U5AR65
#36: タンパク質 Large ribosomal subunit protein bL19


分子量: 13089.413 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Listeria innocua (バクテリア) / 株: ATCC33090 / 参照: UniProt: A0A6B0JQF2
#37: タンパク質 Large ribosomal subunit protein bL20


分子量: 13719.350 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Listeria innocua (バクテリア) / 株: ATCC33090 / 参照: UniProt: A0A660JH71
#38: タンパク質 Large ribosomal subunit protein bL21


分子量: 11220.003 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Listeria innocua (バクテリア) / 株: ATCC33090 / 参照: UniProt: A0A0U5AD18
#39: タンパク質 Large ribosomal subunit protein uL22


分子量: 12895.945 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Listeria innocua (バクテリア) / 株: ATCC33090 / 参照: UniProt: A0A0U5ANW2
#40: タンパク質 Large ribosomal subunit protein uL23


分子量: 10949.682 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Listeria innocua (バクテリア) / 株: ATCC33090 / 参照: UniProt: A0A0U4MTC5
#41: タンパク質 Large ribosomal subunit protein uL24


分子量: 11219.330 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Listeria innocua (バクテリア) / 株: ATCC33090 / 参照: UniProt: A0A0U5AD05
#42: タンパク質 Large ribosomal subunit protein bL27


分子量: 10571.930 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Listeria innocua (バクテリア) / 株: ATCC33090 / 参照: UniProt: A0A660JMC7
#43: タンパク質 Large ribosomal subunit protein bL28


分子量: 7010.383 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Listeria innocua (バクテリア) / 株: ATCC33090 / 参照: UniProt: A0A660JJV9
#44: タンパク質 Large ribosomal subunit protein uL29


分子量: 7414.548 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Listeria innocua (バクテリア) / 株: ATCC33090 / 参照: UniProt: A0A0U5AGL9
#45: タンパク質 Large ribosomal subunit protein uL30


分子量: 6504.753 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Listeria innocua (バクテリア) / 株: ATCC33090 / 参照: UniProt: A0A0U4VSJ1
#46: タンパク質 Large ribosomal subunit protein bL31B


分子量: 9274.360 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Listeria innocua (バクテリア) / 株: ATCC33090 / 参照: UniProt: A0A0U4MT39
#47: タンパク質 Large ribosomal subunit protein bL32


分子量: 6534.564 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Listeria innocua (バクテリア) / 株: ATCC33090 / 参照: UniProt: A0A660JNN0
#48: タンパク質・ペプチド Large ribosomal subunit protein bL33


分子量: 6021.034 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Listeria innocua (バクテリア) / 株: ATCC33090 / 参照: UniProt: A0A660JRA4
#49: タンパク質・ペプチド Large ribosomal subunit protein bL34


分子量: 5319.457 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Listeria innocua (バクテリア) / 株: ATCC33090 / 参照: UniProt: A0A660JKZ6
#50: タンパク質 Large ribosomal subunit protein bL35


分子量: 7746.438 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Listeria innocua (バクテリア) / 株: ATCC33090 / 参照: UniProt: A0A660JIB9
#51: タンパク質・ペプチド Large ribosomal subunit protein bL36


分子量: 4336.460 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Listeria innocua (バクテリア) / 株: ATCC33090 / 参照: UniProt: A0A0U5AM58

-
非ポリマー , 3種, 817分子

#52: 化合物...
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 490 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#53: 化合物
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#54: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 323 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: Listeria innocua 70S ribosome in complex with pe/E-tRNA
タイプ: RIBOSOME / Entity ID: #1-#51 / 由来: MULTIPLE SOURCES
分子量値: 2.5 MDa / 実験値: NO
由来(天然)生物種: Listeria innocua (バクテリア)
緩衝液pH: 7.6
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
試料支持グリッドの材料: GOLD / グリッドのサイズ: 200 divisions/in. / グリッドのタイプ: Quantifoil R2/1
急速凍結装置: LEICA EM GP / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 85 % / 凍結前の試料温度: 295 K

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: TFS KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / 倍率（公称値）: 96000 X / 最大 デフォーカス（公称値）: 2300 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1000 nm / Cs: 2.7 mm / C2レンズ絞り径: 100 µm / アライメント法: COMA FREE
試料ホルダ凍結剤: NITROGEN
試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
撮影電子線照射量: 40 e/Å2 / 検出モード: INTEGRATING
フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON III (4k x 4k)
撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 7572

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解析

EMソフトウェア
ID名称バージョンカテゴリ
1cryoSPARC4.1.2粒子像選択
2SerialEM画像取得
3cryoSPARC4.1.2maskingマスキング
4cryoSPARC4.1.2CTF補正
7UCSF Chimera1.14モデルフィッティング
8PHENIX1.19.2.4158モデル精密化
10cryoSPARC4.1.2初期オイラー角割当
11cryoSPARC4.1.2最終オイラー角割当
12cryoSPARC4.1.2分類
13cryoSPARC4.1.2３次元再構成
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
対称性点対称性: C1 (非対称)
3次元再構成解像度: 3 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 196886 / 対称性のタイプ: POINT
原子モデル構築プロトコル: RIGID BODY FIT / 空間: REAL
原子モデル構築PDB-ID: 7NHN

7nhn


Accession code: 7NHN / Source name: PDB / タイプ: experimental model
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
ELECTRON MICROSCOPYf_bond_d0.002152621
ELECTRON MICROSCOPYf_angle_d0.54229066
ELECTRON MICROSCOPYf_dihedral_angle_d14.15861323
ELECTRON MICROSCOPYf_chiral_restr0.03529412
ELECTRON MICROSCOPYf_plane_restr0.00411760

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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