PDB-8uou: Structure of atypical asparaginase from Rhodospirillum rubrum in ...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8uou

タイトル

Structure of atypical asparaginase from Rhodospirillum rubrum in complex with L-Asp

要素

Asparaginase

アスパラギナーゼ

キーワード

HYDROLASE (加水分解酵素) /

Asparaginase (アスパラギナーゼ) /

wild type (野生型) /

atypical (ユニークライフ) /

enzyme (酵素)

機能・相同性

機能・相同性情報

アスパラギナーゼ /

asparaginase activity /

生体膜
類似検索 - 分子機能

生物種

Rhodospirillum rubrum ATCC 11170 (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.35 Å

データ登録者

Lubkowski, J. / Wlodawer, A. / Zhang, D.

資金援助

1件

引用

ジャーナル: Protein Sci. / 年: 2024
タイトル: RrA, an enzyme from Rhodospirillum rubrum, is a prototype of a new family of short-chain L-asparaginases.
著者: Zhang, D. / Czapinska, H. / Bochtler, M. / Wlodawer, A. / Lubkowski, J.

履歴

登録	2023年10月20日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2024年4月3日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8uou.cif.gz	154 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8uou.ent.gz	120.4 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8uou.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/uo/8uou ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/uo/8uou	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	8uooC 8uorC 8uowC 8up3C 8up6C 8up7C 8up8C 8up9C 8upcC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#171 - 2014年3月神経伝達物質輸送体 (Neurotransmitter Transporters) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Asparaginase

B: Asparaginase

ヘテロ分子

40 kDa, 2 ポリマー
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1

A: Asparaginase

B: Asparaginase

ヘテロ分子

A: Asparaginase

B: Asparaginase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
79.9 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	71.460, 76.126, 55.362
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	18
Space group name H-M	P2₁2₁2

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-202- CL
2	1	B-202- CL
3	1	A-439- HOH
4	1	A-459- HOH
5	1	A-464- HOH
6	1	B-441- HOH

#1: タンパク質	Asparaginase / アスパラギナーゼ分子量: 19771.469 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Rhodospirillum rubrum ATCC 11170 (バクテリア) 遺伝子: Rru_A3730 / プラスミド: pET15b / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): RIPL / 参照: UniProt: Q2RMX1, アスパラギナーゼ
#2: 化合物	ChemComp-ASP / ASPARTIC ACID / アスパラギン酸 / アスパラギン酸タイプ: L-peptide linking / 分子量: 133.103 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₄H₇NO₄
#3: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド / 塩化物分子量: 35.453 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然 / 式: Cl
#4: 水	ChemComp-HOH / water / 水分子量: 18.015 Da / 分子数: 351 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 1.9 Å³/Da / 溶媒含有率: 35.4 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法詳細: 0.2 uL 19 mg/mL protein in 50 mM HEPES, 150 mM sodium chloride + 0.2 uL reservoir (0.2 M magnesium chloride, 0.1 M HEPES, pH 7.5, 30% v/v PEG400, 20 mM L-Asp) PH範囲: 7-7.5

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K / Ambient temp details: Stream of liquid nitrogen / Serial crystal experiment: N

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

APS

/ ビームライン: 22-ID / 波長: 1 Å

検出器

タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年1月14日

放射

モノクロメーター: M / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 1 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.35→40 Å / Num. obs: 65882 / % possible obs: 98.1 % / 冗長度: 10.9 % / CC_1/2: 0.994 / CC star: 0.998 / R_merge(I) obs: 0.073 / R_pim(I) all: 0.023 / R_rim(I) all: 0.076 / Χ²: 1.004 / Net I/σ(I): 15.4 / Num. measured all: 715962

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. unique obs	CC_1/2	CC star	R_pim(I) all	R_rim(I) all	Χ²	% possible all
1.35-1.37	4.7	0.846	2810	0.647	0.886	0.413	0.948	0.858	85.3
1.37-1.4	5.8	0.764	2990	0.802	0.943	0.335	0.839	0.842	90.6
1.4-1.43	7.3	0.744	3164	0.862	0.962	0.287	0.8	0.821	95.8
1.43-1.45	9.8	0.643	3311	0.92	0.979	0.213	0.679	0.826	99.3
1.45-1.49	11.9	0.541	3299	0.942	0.985	0.165	0.567	0.843	100
1.49-1.52	12.3	0.442	3343	0.962	0.99	0.132	0.462	0.88	100
1.52-1.56	12.4	0.353	3339	0.973	0.993	0.105	0.369	0.897	99.8
1.56-1.6	12.5	0.289	3313	0.982	0.995	0.086	0.302	0.917	99.8
1.6-1.65	12.3	0.236	3306	0.982	0.995	0.07	0.246	0.932	99.9
1.65-1.7	12.1	0.186	3328	0.99	0.997	0.056	0.194	0.97	99.7
1.7-1.76	10.9	0.154	3316	0.991	0.998	0.049	0.162	1.002	99.7
1.76-1.83	12.1	0.128	3358	0.994	0.999	0.038	0.134	1.04	100
1.83-1.92	12.5	0.103	3332	0.994	0.998	0.031	0.108	1.11	99.9
1.92-2.02	12.2	0.087	3350	0.995	0.999	0.026	0.091	1.2	99.7
2.02-2.14	12	0.074	3359	0.996	0.999	0.023	0.078	1.198	99.7
2.14-2.31	11.6	0.068	3369	0.996	0.999	0.021	0.071	1.252	99.2
2.31-2.54	10.2	0.061	3305	0.996	0.999	0.02	0.064	1.205	98.2
2.54-2.91	11.4	0.055	3365	0.997	0.999	0.017	0.058	1.147	98.5
2.91-3.66	11.1	0.05	3372	0.997	0.999	0.016	0.053	0.991	97.8
3.66-40	10.7	0.05	3553	0.995	0.999	0.016	0.052	0.858	98.1

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0258	精密化
HKL-3000		データスケーリング
HKL-2000		データ削減
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.35→37.97 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.979 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.966 / SU B: 1.613 / SU ML: 0.03 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.05 / ESU R Free: 0.052 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.17	1986	3.2 %	RANDOM
R_work	0.123	-	-	-
obs	0.125	60006	92.4 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 17.37 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.78 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	-0.75 Å²	0 Å²
3-	-	-	1.53 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.35→37.97 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2437	0	22	351	2810

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.017	0.013	2567
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.017	2538
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	2.116	1.644	3482
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.62	1.581	5852
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.409	5	344
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	22.77	20.161	124
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	12.899	15	432
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	16.575	15	24
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.126	0.2	344
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.012	0.02	2924
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	549
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	2.147	1.482	1349
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	2.146	1.483	1348
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	2.604	2.235	1684
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	2.604	2.234	1685
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	4.073	1.915	1218
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	4.076	1.916	1215
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	4.774	2.712	1791
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined	4.221	19.589	2836
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other	3.999	18.737	2742
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr	4.137	3	5105
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 1.35→1.38 Å

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.301	55	-
R_work	0.251	2067	-
obs	-	-	43.29 %

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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