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- PDB-8u2r: Crystal Structure of Acetyl-coenzyme A synthetase from Leishmania... -
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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 8u2r | |||||||||
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Title | Crystal Structure of Acetyl-coenzyme A synthetase from Leishmania infantum (Ethyl AMP bound) | |||||||||
![]() | Acetyl-coenzyme A synthetase | |||||||||
![]() | ![]() ![]() | |||||||||
Function / homology | ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() Similarity search - Function | |||||||||
Biological species | ![]() ![]() | |||||||||
Method | ![]() ![]() ![]() | |||||||||
![]() | Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease / Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease (SSGCID) | |||||||||
Funding support | ![]()
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![]() | ![]() Title: Crystal Structure of Acetyl-coenzyme A synthetase from Leishmania infantum (Ethyl AMP bound) Authors: Woodward, E.L. / Lovell, S. / Liu, L. / Battaile, K.P. | |||||||||
History |
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Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
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Downloads & links
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Download
PDBx/mmCIF format | ![]() | 286.2 KB | Display | ![]() |
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PDB format | ![]() | 224.8 KB | Display | ![]() |
PDBx/mmJSON format | ![]() | Tree view | ![]() | |
Others | ![]() |
-Validation report
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Similar structure data | Similarity search - Function & homology ![]() |
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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1 |
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Unit cell |
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Components
#1: Protein | Mass: 79377.828 Da / Num. of mol.: 1 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() |
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#2: Chemical | ChemComp-PEG / ![]() |
#3: Chemical | ChemComp-WTA / |
#4: Water | ChemComp-HOH / ![]() |
Has ligand of interest | Y |
-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.08 Å3/Da / Density % sol: 40.83 % |
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Crystal grow![]() | Temperature: 291 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 7.5 Details: JCSG+ B4: 10% (w/v) PEG 8000, 8% (v/v) Ethylene glycol, 100 mM Hepes pH 7.5. LeinA.00629.b.B1.PW39174 at 20 mg/mL. Plate 13157 well B4 drop 3. Puck: PSL-1311, Cryo: 20% PEG 200 + 80% ...Details: JCSG+ B4: 10% (w/v) PEG 8000, 8% (v/v) Ethylene glycol, 100 mM Hepes pH 7.5. LeinA.00629.b.B1.PW39174 at 20 mg/mL. Plate 13157 well B4 drop 3. Puck: PSL-1311, Cryo: 20% PEG 200 + 80% crystallant. 2mM ethyl AMP added prior to crystallization. |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() |
Detector | Type: DECTRIS EIGER2 XE 9M / Detector: PIXEL / Date: Jun 8, 2023 |
Radiation | Monochromator: Double Crystal Si 111 / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength![]() |
Reflection | Resolution: 1.55→46.45 Å / Num. obs: 96781 / % possible obs: 100 % / Redundancy: 13.3 % / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.084 / Rpim(I) all: 0.024 / Rrim(I) all: 0.087 / Χ2: 1.03 / Net I/σ(I): 16 / Num. measured all: 1288859 |
Reflection shell | Resolution: 1.55→1.58 Å / % possible obs: 100 % / Redundancy: 13.6 % / Rmerge(I) obs: 1.642 / Num. measured all: 64236 / Num. unique obs: 4728 / CC1/2: 0.654 / Rpim(I) all: 0.46 / Rrim(I) all: 1.706 / Χ2: 1.06 / Net I/σ(I) obs: 1.8 |
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Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure![]() ![]()
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.1 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 1.55→23.84 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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