[日本語] English
万見
- PDB-8tqk: Human parainfluenza virus type 3 prefusion F trimer in complex wi... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8tqk
タイトルHuman parainfluenza virus type 3 prefusion F trimer in complex with rPIV3-18 Fab
要素
  • Fusion glycoprotein F0
  • Heavy chain Fab rPIV3-18
  • Light chain Fab rPIV3-28
キーワードVIRAL PROTEIN (ウイルスタンパク質) / IMMUNE SYSTEM (免疫系) / viral neutralization
機能・相同性Precursor fusion glycoprotein F0, Paramyxoviridae / Fusion glycoprotein F0 / fusion of virus membrane with host plasma membrane / エンベロープ (ウイルス) / host cell plasma membrane / virion membrane / 細胞膜 / Fusion glycoprotein F0
機能・相同性情報
生物種Homo sapiens (ヒト)
Human respirovirus 3 (パラインフルエンザウイルス)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.2 Å
データ登録者Otrelo-Cardoso, A.R. / Jardetzky, T.S.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)R01 AI13752 米国
引用ジャーナル: To be published
タイトル: Functional and structural characteristics of human monoclonal antibodies that potently neutralize human parainfluenza virus type 3
著者: Suryadevara, N. / Otrelo-Cardoso, A.R. / Kose, N. / Hu, Y.X. / Binshtein, E. / Wolters, R. / Drew-Bear, J. / Handal, L.S. / Carnahan, R.H. / Moscona, A. / Jardetzky, T.S. / Crowe Jr, J.E.
履歴
登録2023年8月7日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02024年4月24日Provider: repository / タイプ: Initial release

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
D: Heavy chain Fab rPIV3-18
E: Light chain Fab rPIV3-28
F: Heavy chain Fab rPIV3-18
G: Light chain Fab rPIV3-28
H: Heavy chain Fab rPIV3-18
L: Light chain Fab rPIV3-28
A: Fusion glycoprotein F0
B: Fusion glycoprotein F0
C: Fusion glycoprotein F0


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)314,9749
ポリマ－314,9749
非ポリマー00
水0
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: 電子顕微鏡法, not applicable
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551

-
要素

#1: 抗体 Heavy chain Fab rPIV3-18


分子量: 23959.973 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト)
発現宿主: Cricetulus griseus (モンゴルキヌゲネズミ)
#2: 抗体 Light chain Fab rPIV3-28


分子量: 23671.273 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト)
発現宿主: Cricetulus griseus (モンゴルキヌゲネズミ)
#3: タンパク質 Fusion glycoprotein F0


分子量: 57360.102 Da / 分子数: 3 / Mutation: Q162C, L168C, I213C, G230C, A463V, I474Y / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Human respirovirus 3 (パラインフルエンザウイルス)
遺伝子: F, KMQ_34898gpF / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: A0A059QA82

-
実験情報

-
実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

-
試料調製

構成要素
ID名称タイプEntity IDParent-ID由来
1HPIV3 prefusion F trimer in complex with rPIV3-18 FabCOMPLEXall0MULTIPLE SOURCES
2Fusion glycoprotein F0COMPLEX#31RECOMBINANT
3rPIV3-18 light chainCOMPLEX#21RECOMBINANT
4rPIV3-18 heavy chainCOMPLEX#11RECOMBINANT
分子量実験値: NO
由来(天然)
IDEntity assembly-ID生物種Ncbi tax-ID
21Human respirovirus 3 (パラインフルエンザウイルス)11216
32Human respirovirus 3 (パラインフルエンザウイルス)11216
43Homo sapiens (ヒト)9606
54Homo sapiens (ヒト)9606
由来(組換発現)
IDEntity assembly-ID生物種Ncbi tax-ID株細胞プラスミド
21Homo sapiens (ヒト)9606293 6eHEKPTT5
32Homo sapiens (ヒト)9606293 6eHEKPTT5
43Cricetulus griseus (モンゴルキヌゲネズミ)10029CHO
54Cricetulus griseus (モンゴルキヌゲネズミ)10029CHO
緩衝液pH: 7.4
試料濃度: 1.15 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
急速凍結凍結剤: ETHANE

-
電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: TFS KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / 最大 デフォーカス（公称値）: 3000 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1000 nm
試料ホルダ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
撮影電子線照射量: 50 e/Å2
フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)

-
解析

ソフトウェア名称: PHENIX / バージョン: 1.20.1_4487: / 分類: 精密化
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
3次元再構成解像度: 3.2 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 278016 / 対称性のタイプ: POINT
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
ELECTRON MICROSCOPYf_bond_d0.00314955
ELECTRON MICROSCOPYf_angle_d0.62120266
ELECTRON MICROSCOPYf_dihedral_angle_d4.7742037
ELECTRON MICROSCOPYf_chiral_restr0.0422388
ELECTRON MICROSCOPYf_plane_restr0.0052560

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る