[日本語] English
万見
- PDB-8tlu: E. coli MraY mutant-T23P -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8tlu
タイトルE. coli MraY mutant-T23P
要素Phospho-N-acetylmuramoyl-pentapeptide-transferase
キーワードMEMBRANE PROTEIN (膜タンパク質) / peptidoglycan (ペプチドグリカン) / phosphotransferase
機能・相同性
機能・相同性情報


phospho-N-acetylmuramoyl-pentapeptide-transferase / UDP-N-acetylmuramoyl-L-alanyl-D-glutamyl-meso-2,6-diaminopimelyl-D-alanyl-D-alanine:undecaprenyl-phosphate transferase activity / phospho-N-acetylmuramoyl-pentapeptide-transferase activity / cell wall macromolecule biosynthetic process / peptidoglycan biosynthetic process / cell wall organization / regulation of cell shape / 細胞周期 / 細胞分裂 / 生体膜 ...phospho-N-acetylmuramoyl-pentapeptide-transferase / UDP-N-acetylmuramoyl-L-alanyl-D-glutamyl-meso-2,6-diaminopimelyl-D-alanyl-D-alanine:undecaprenyl-phosphate transferase activity / phospho-N-acetylmuramoyl-pentapeptide-transferase activity / cell wall macromolecule biosynthetic process / peptidoglycan biosynthetic process / cell wall organization / regulation of cell shape / 細胞周期 / 細胞分裂 / 生体膜 / metal ion binding / 細胞膜
類似検索 - 分子機能
Phospho-N-acetylmuramoyl-pentapeptide transferase / Phospho-N-acetylmuramoyl-pentapeptide transferase, conserved site / Phospho-N-acetylmuramoyl-pentapeptide-transferase signature 1 / MraY family signature 1. / MraY family signature 2. / Glycosyl transferase, family 4 / Glycosyl transferase family 4
類似検索 - ドメイン・相同性
Phospho-N-acetylmuramoyl-pentapeptide-transferase
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli K-12 (大腸菌)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.8 Å
データ登録者Orta, A.K. / Li, Y.E. / Clemons, W.M.
資金援助 米国, 2件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)GM114611 米国
The G. Harold and Leila Y. Mathers Foundationto W.M.C. 米国
引用ジャーナル: Nat Microbiol / 年: 2024
タイトル: Synthesis of lipid-linked precursors of the bacterial cell wall is governed by a feedback control mechanism in Pseudomonas aeruginosa.
著者: Lindsey S Marmont / Anna K Orta / Becca W A Baileeves / David Sychantha / Ana Fernández-Galliano / Yancheng E Li / Neil G Greene / Robin A Corey / Phillip J Stansfeld / William M Clemons / ...著者: Lindsey S Marmont / Anna K Orta / Becca W A Baileeves / David Sychantha / Ana Fernández-Galliano / Yancheng E Li / Neil G Greene / Robin A Corey / Phillip J Stansfeld / William M Clemons / Thomas G Bernhardt /
要旨: Many bacterial surface glycans such as the peptidoglycan (PG) cell wall are built from monomeric units linked to a polyprenyl lipid carrier. How this limiting carrier is distributed among competing ...Many bacterial surface glycans such as the peptidoglycan (PG) cell wall are built from monomeric units linked to a polyprenyl lipid carrier. How this limiting carrier is distributed among competing pathways has remained unclear. Here we describe the isolation of hyperactive variants of Pseudomonas aeruginosa MraY, the enzyme that forms the first lipid-linked PG precursor. These variants result in the elevated production of the final PG precursor lipid II in cells and are hyperactive in vitro. The activated MraY variants have substitutions that map to a cavity on the extracellular side of the dimer interface, far from the active site. Our structural and molecular dynamics results suggest that this cavity is a binding site for externalized lipid II. Overall, our results support a model in which excess externalized lipid II allosterically inhibits MraY, providing a feedback mechanism that prevents the sequestration of lipid carrier in the PG biogenesis pathway.
履歴
登録2023年7月27日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02024年5月1日Provider: repository / タイプ: Initial release

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Phospho-N-acetylmuramoyl-pentapeptide-transferase
E: Phospho-N-acetylmuramoyl-pentapeptide-transferase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)79,8112
ポリマ－79,8112
非ポリマー00
水0
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: 電子顕微鏡法, not applicable
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551

-
要素

#1: タンパク質 Phospho-N-acetylmuramoyl-pentapeptide-transferase /


分子量: 39905.551 Da / 分子数: 2 / 変異: T23P / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli K-12 (大腸菌) / 遺伝子: mraY / 発現宿主: Escherichia coli K-12 (大腸菌) / 参照: UniProt: P0A6W3

-
実験情報

-
実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

-
試料調製

構成要素名称: E. coli MraY T23P dimer / タイプ: ORGANELLE OR CELLULAR COMPONENT / Entity ID: all / 由来: RECOMBINANT
分子量値: 0.039875 MDa / 実験値: NO
由来(天然)生物種: Escherichia coli K-12 (大腸菌)
由来(組換発現)生物種: Escherichia coli K-12 (大腸菌)
緩衝液pH: 7.5
試料濃度: 5 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES / 詳細: MraY was pulled down using the YES complex.
試料支持グリッドの材料: COPPER / グリッドのサイズ: 300 divisions/in. / グリッドのタイプ: Quantifoil R1.2/1.3
急速凍結装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 277.15 K

-
電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: OTHER
電子レンズモード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / 倍率（公称値）: 105000 X / 最大 デフォーカス（公称値）: 5000 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 500 nm
試料ホルダ凍結剤: NITROGEN
試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
撮影電子線照射量: 60 e/Å2 / フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 撮影したグリッド数: 1

-
解析

EMソフトウェア
ID名称バージョンカテゴリ
1cryoSPARCv3.2.0+210817粒子像選択
2DigitalMicrograph画像取得
3SerialEM画像取得
5cryoSPARCv3.2.0+210817CTF補正
8PHENIX1.20.1-4487モデルフィッティング
10PHENIX1.20.1-4487モデル精密化
11cryoSPARCv3.2.0+210817初期オイラー角割当
12cryoSPARCv3.2.0+210817最終オイラー角割当
13cryoSPARCv3.2.0+210817分類
14cryoSPARCv3.2.0+210817３次元再構成
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING ONLY
3次元再構成解像度: 3.8 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 287765 / クラス平均像の数: 1 / 対称性のタイプ: POINT
原子モデル構築プロトコル: RIGID BODY FIT / 空間: REAL
原子モデル構築PDB-ID: 8G01

8g01


PDB chain-ID: A / Accession code: 8G01 / Chain residue range: 1-360 / Pdb chain residue range: 1-360 / Source name: PDB / タイプ: experimental model
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
ELECTRON MICROSCOPYf_bond_d0.0035633
ELECTRON MICROSCOPYf_angle_d0.5257674
ELECTRON MICROSCOPYf_dihedral_angle_d3.806752
ELECTRON MICROSCOPYf_chiral_restr0.037894
ELECTRON MICROSCOPYf_plane_restr0.004921

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る