PDB-8tj9: CRYSTAL STRUCTURE OF THE A/Michigan/15/2014(H3N2) INFLUENZA VIRUS...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8tj9

タイトル

CRYSTAL STRUCTURE OF THE A/Michigan/15/2014(H3N2) INFLUENZA VIRUS HEMAGGLUTININ WITH HUMAN RECEPTOR ANALOG 6'-SLNLN

要素

(Hemagglutinin ...

ヘマグルチニン) x 2

キーワード

VIRAL PROTEIN (ウイルスタンパク質) /

INFLUENZA (インフルエンザ) /

HEMAGGLUTININ (ヘマグルチニン) /

RECEPTOR (受容体)

機能・相同性

機能・相同性情報

viral budding from plasma membrane / clathrin-dependent endocytosis of virus by host cell / host cell surface receptor binding / apical plasma membrane / fusion of virus membrane with host plasma membrane / fusion of virus membrane with host endosome membrane /

エンベロープ (ウイルス) / virion attachment to host cell / host cell plasma membrane / virion membrane
類似検索 - 分子機能

生物種

Influenza A virus (A型インフルエンザウイルス)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.9 Å

データ登録者

Wu, N.C. / Zhu, X. / Wilson, I.A.

資金援助

米国, 2件

引用

ジャーナル: Cell Host Microbe / 年: 2024
タイトル: Evolution of human H3N2 influenza virus receptor specificity has substantially expanded the receptor-binding domain site.
著者: Thompson, A.J. / Wu, N.C. / Canales, A. / Kikuchi, C. / Zhu, X. / de Toro, B.F. / Canada, F.J. / Worth, C. / Wang, S. / McBride, R. / Peng, W. / Nycholat, C.M. / Jimenez-Barbero, J. / Wilson, I.A. / Paulson, J.C.

履歴

登録	2023年7月20日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2024年2月14日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年2月28日	Group: Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8tj9.cif.gz	231.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8tj9.ent.gz	182.7 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8tj9.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/tj/8tj9 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/tj/8tj9	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	8tj4C 8tj6C 8tj7C 8tj8C 8tjaC 8tjbC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

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「今月の分子」の関連する項目	#76 - 2006年4月赤血球凝集素 (Hemagglutinin) 類似性 (6) #170 - 2014年2月広域中和抗体 (Broadly Neutralizing Antibodies) 類似性 (5) #259 - 2021年7月人工設計タンパク質と市民科学 (Designed Proteins and Citizen Science) 類似性 (5) #62 - 2005年2月主要組織適合性複合体 (Major Histocompatibility Complex) 類似性 (5) #63 - 2005年3月 T細胞受容体 (T-Cell Receptor) 類似性 (5) #200 - 2016年8月正二十面体型ウイルスの準対称性 (Quasisymmetry in Icosahedral Viruses) 類似性 (1)

PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#76 - 2006年4月
赤血球凝集素 (Hemagglutinin)
類似性 (6)
#170 - 2014年2月
広域中和抗体 (Broadly Neutralizing Antibodies)
類似性 (5)
#259 - 2021年7月
人工設計タンパク質と市民科学 (Designed Proteins and Citizen Science)
類似性 (5)
#62 - 2005年2月
主要組織適合性複合体 (Major Histocompatibility Complex)
類似性 (5)
#63 - 2005年3月
T細胞受容体 (T-Cell Receptor)
類似性 (5)
#200 - 2016年8月
正二十面体型ウイルスの準対称性 (Quasisymmetry in Icosahedral Viruses)
類似性 (1)

登録構造単位

A: Hemagglutinin HA1 chain

B: Hemagglutinin HA2 chain

ヘテロ分子

60.6 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Hemagglutinin HA1 chain

B: Hemagglutinin HA2 chain

ヘテロ分子

A: Hemagglutinin HA1 chain

B: Hemagglutinin HA2 chain

ヘテロ分子

A: Hemagglutinin HA1 chain

B: Hemagglutinin HA2 chain

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
182 kDa, 6 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	100.591, 100.591, 394.890
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number	155
Space group name H-M	H32

-
Hemagglutinin ... , 2種, 2分子 AB

#1: タンパク質	Hemagglutinin HA1 chain 分子量: 35923.555 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Influenza A virus (A型インフルエンザウイルス) 株: A/Michigan/15/2014(H3N2) / 遺伝子: HA / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: A0A0Y0S9M3
#2: タンパク質	Hemagglutinin HA2 chain 分子量: 19996.225 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Influenza A virus (A型インフルエンザウイルス) 株: A/Michigan/15/2014(H3N2) / 遺伝子: HA / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: A0A0Y0S9M3

-
糖 , 3種, 7分子

#3: 多糖

beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta- ...

タイプ: oligosaccharide

オリゴ糖 / 分子量: 586.542 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現

記述子	タイプ	プログラム
DManpb1-4DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-ROH	Glycam Condensed Sequence	GMML 1.0
WURCS=2.0/2,3,2/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1b_1-5]/1-1-2/a4-b1_b4-c1	WURCS	PDB2Glycan 1.1.0
[][D-1-deoxy-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Manp]{}}}	LINUCS	PDB-CARE

#4: 多糖

N-acetyl-alpha-neuraminic acid-(2-6)-beta-D-galactopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D- ...

タイプ: oligosaccharide

オリゴ糖 / 分子量: 1039.937 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成

記述子	タイプ	プログラム
DNeup5Aca2-6DGalpb1-4DGlcpNAcb1-3DGalpb1-4DGlcpNAcb1-ROH	Glycam Condensed Sequence	GMML 1.0
WURCS=2.0/3,5,4/[a2122h-1b_1-5_2NCC/3=O][a2112h-1b_1-5][Aad21122h-2a_2-6_5NCC/3=O]/1-2-1-2-3/a4-b1_b3-c1_c4-d1_d6-e2	WURCS	PDB2Glycan 1.1.0
[][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Galp]{[(3+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Galp]{[(6+2)][a-D-Neup5Ac]{}}}}}	LINUCS	PDB-CARE

#5: 糖

ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン /

N-アセチルグルコサミン

タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C₈H₁₅NO₆ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION

識別子	タイプ	プログラム
DGlcpNAcb	CONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOL	GMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamine	COMMON NAME	GMML 1.0
b-D-GlcpNAc	IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOL	PDB-CARE 1.0
GlcNAc	SNFG CARBOHYDRATE SYMBOL	GMML 1.0

-
非ポリマー , 6種, 478分子

#6: 化合物	ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル / ジエチレングリコール分子量: 106.120 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₄H₁₀O₃
#7: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン / 硫酸塩分子量: 96.063 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#8: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル / エチレングリコール分子量: 62.068 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#9: 化合物	ChemComp-PG4 / TETRAETHYLENE GLYCOL / テトラエチレングリコ-ル / ポリエチレングリコール分子量: 194.226 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₈H₁₈O₅ / コメント: 沈殿剤*YM
#10: 化合物	ChemComp-PGE / TRIETHYLENE GLYCOL / トリエチレングリコ-ル / ポリエチレングリコール分子量: 150.173 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₆H₁₄O₄
#11: 水	ChemComp-HOH / water / 水分子量: 18.015 Da / 分子数: 466 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.44 Å³/Da / 溶媒含有率: 64.22 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法詳細: 40% PEG-400, 0.2 M Lithium sulfate, and 0.1M Tris pH 8.5

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL12-2 / 波長: 0.97946 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年4月6日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97946 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.9→42.53 Å / Num. obs: 61131 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 18.8 % / CC_1/2: 0.999 / R_pim(I) all: 0.02 / R_sym value: 0.09 / Net I/σ(I): 42.3
反射シェル	解像度: 1.9→1.96 Å / Mean I/σ(I) obs: 3 / Num. unique obs: 5474 / CC_1/2: 0.925 / R_pim(I) all: 0.23 / R_sym value: 0.99

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.19.2_4158	精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.9→42.53 Å / SU ML: 0.17 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 18.03 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1854	3135	5.13 %
R_work	0.1606	-	-
obs	0.1619	61121	99.91 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.9→42.53 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3870	0	306	466	4642

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.009	4246
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.995	5725
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	9.51	671
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.066	662
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.009	715

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.9-1.93	0.2532	151	0.2277	2609	X-RAY DIFFRACTION	100
1.93-1.96	0.1997	152	0.1893	2565	X-RAY DIFFRACTION	100
1.96-2	0.2182	137	0.1772	2623	X-RAY DIFFRACTION	100
2-2.03	0.2091	135	0.1718	2585	X-RAY DIFFRACTION	100
2.03-2.07	0.2262	146	0.1752	2610	X-RAY DIFFRACTION	100
2.07-2.11	0.1937	146	0.1729	2614	X-RAY DIFFRACTION	100
2.11-2.16	0.2125	153	0.1674	2587	X-RAY DIFFRACTION	100
2.16-2.21	0.2194	140	0.1627	2609	X-RAY DIFFRACTION	100
2.21-2.26	0.2237	136	0.1572	2608	X-RAY DIFFRACTION	100
2.26-2.33	0.2375	132	0.1691	2652	X-RAY DIFFRACTION	100
2.33-2.39	0.18	130	0.1575	2627	X-RAY DIFFRACTION	100
2.39-2.47	0.2308	130	0.1638	2624	X-RAY DIFFRACTION	100
2.47-2.56	0.1829	167	0.1696	2597	X-RAY DIFFRACTION	100
2.56-2.66	0.2097	128	0.1662	2656	X-RAY DIFFRACTION	100
2.66-2.78	0.1999	155	0.1774	2604	X-RAY DIFFRACTION	100
2.78-2.93	0.1886	153	0.1675	2637	X-RAY DIFFRACTION	100
2.93-3.11	0.1641	145	0.1579	2633	X-RAY DIFFRACTION	100
3.11-3.35	0.1957	164	0.1657	2649	X-RAY DIFFRACTION	100
3.35-3.69	0.1598	118	0.1495	2681	X-RAY DIFFRACTION	100
3.69-4.23	0.1488	125	0.137	2690	X-RAY DIFFRACTION	100
4.23-5.32	0.1597	149	0.1358	2711	X-RAY DIFFRACTION	100
5.32-42.53	0.1879	143	0.1792	2815	X-RAY DIFFRACTION	99

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.9577	0.2448	-0.4224	1.2585	0.4264	1.9667	0.0026	0.1192	-0.187	0.0689	-0.1359	0.1647	0.5175	-0.4768	0.0968	0.2147	-0.0186	-0.0623	0.1668	-0.0076	0.2829	-58.0015	13.3794	19.1753
2	0.5442	0.2063	0.2532	0.2413	-0.6025	2.9044	0.0174	-0.033	-0.1074	-0.1494	0.0898	0.036	0.448	-0.1475	-0.1156	0.2682	-0.0318	-0.0647	0.1562	0.0048	0.2849	-54.9399	8.4155	38.1053
3	0.5787	-0.2842	0.1583	0.7332	0.069	2.5729	0.0333	-0.2558	-0.3204	0.2151	0.0618	0.0283	0.5538	0.214	-0.0937	0.3584	0.039	-0.0994	0.2772	0.0834	0.3218	-42.49	2.4526	71.0843
4	1.215	-0.0556	-0.0289	1.1115	0.0671	1.4856	-0.0546	-0.5744	-0.1252	0.5117	0.1519	-0.0861	0.2478	0.1026	-0.1223	0.5071	0.0894	-0.1066	0.5061	0.0848	0.2586	-40.8005	10.0583	90.0157
5	1.511	0.5348	0.7076	3.1171	-1.2577	1.1055	-0.0811	-0.578	0.0967	0.8088	0.1563	0.0341	-0.2426	-0.0583	-0.122	0.6412	0.0677	-0.057	0.5039	-0.0342	0.272	-39.2774	24.2516	93.704
6	1.5719	-0.2703	0.3248	1.2188	-0.0118	1.4048	-0.0437	-0.5981	-0.1361	0.4344	0.0843	0.0379	0.0403	-0.0512	-0.0627	0.4868	0.0286	-0.0637	0.4177	0.056	0.2278	-44.9306	16.0273	90.0047
7	0.6474	0.0269	0.5792	0.4301	0.2479	1.8252	0.0743	-0.1109	-0.045	0.2656	0.0791	-0.1248	0.1111	0.1745	-0.1594	0.3431	0.0283	-0.0996	0.3326	0.0728	0.2879	-40.2003	9.8291	76.0368
8	1.5709	0.0742	-0.2618	1.6186	-0.453	1.9278	0.1117	-0.1086	-0.2365	0.0256	0.0819	-0.1136	0.4315	0.0335	-0.1999	0.2649	0.028	-0.074	0.1925	0.0296	0.2923	-48.5287	7.3087	51.9221
9	0.9443	0.0589	0.1845	0.4449	-0.1439	4.038	0.0712	-0.0899	-0.091	0.003	0.0119	0.0253	0.5312	-0.3823	-0.0207	0.1678	-0.0395	-0.0258	0.1068	0.0194	0.2192	-54.1963	13.3854	38.4744
10	1.1507	-0.1609	-0.5421	0.5396	-0.097	1.4538	0.0257	0.1695	-0.0128	-0.1839	0.0447	-0.0753	0.417	-0.198	-0.0616	0.2863	-0.0177	-0.0517	0.131	-0.0298	0.2535	-53.5873	11.2291	10.2171
11	0.4056	0.1371	0.7597	1.4283	2.6232	8.9342	0.0556	0.0059	-0.0435	0.0426	0.0108	-0.082	0.5527	0.2918	-0.1108	0.2129	0.0416	-0.0513	0.1437	-0.0131	0.2598	-44.3865	11.9936	20.7288
12	0.4923	-0.5611	0.3294	1.6981	1.0613	2.1388	-0.0207	-0.159	-0.1749	0.2263	0.1046	0.0163	0.28	0.214	-0.0767	0.2697	-0.0193	-0.0549	0.2385	0.0573	0.2651	-48.7802	16.4676	60.5444
13	0.2653	-0.0102	-0.0985	0.2188	0.4395	2.6134	0.0489	0.0034	-0.0407	-0.0195	0.0276	0.0139	-0.0638	-0.0673	-0.0703	0.1563	0.0029	-0.0075	0.1073	0.0024	0.2322	-51.5968	22.7006	30.9259
14	1.5087	0.2002	-0.5605	2.0662	-0.0524	1.5171	-0.0189	0.2496	-0.1766	-0.2841	0.041	-0.0715	0.1604	0.0636	-0.0335	0.2722	0.0105	0.003	0.217	-0.0534	0.2226	-46.7087	15.871	-6.5975

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 9 through 33 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 34 through 49 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 50 through 89 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 90 through 195 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 196 through 214 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 215 through 247 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'A' and (resid 248 through 275 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'A' and (resid 276 through 300 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'A' and (resid 301 through 325 )
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'B' and (resid 1 through 30 )
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'B' and (resid 31 through 55 )
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'B' and (resid 56 through 75 )
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'B' and (resid 76 through 132 )
14	X-RAY DIFFRACTION	14	chain 'B' and (resid 133 through 173 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

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幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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