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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8tha | ||||||
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タイトル | 1TEL, non-compressed, double-helical crystal form | ||||||
要素 | Transcription factor ETV6,Activated CDC42 kinase 1 | ||||||
キーワード | TRANSCRIPTION (転写 (生物学)) / protein crystallization chaperone / polymer-forming / TELSAM / ETV6 | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 regulation of clathrin-dependent endocytosis / regulation of keratinocyte differentiation / Grb2-EGFR complex / Signaling by membrane-tethered fusions of PDGFRA or PDGFRB / GTPase inhibitor activity / mesenchymal cell apoptotic process / cytoophidium / vitellogenesis / WW domain binding / クラスリン ...regulation of clathrin-dependent endocytosis / regulation of keratinocyte differentiation / Grb2-EGFR complex / Signaling by membrane-tethered fusions of PDGFRA or PDGFRB / GTPase inhibitor activity / mesenchymal cell apoptotic process / cytoophidium / vitellogenesis / WW domain binding / クラスリン / hematopoietic stem cell proliferation / epidermal growth factor receptor binding / small GTPase-mediated signal transduction / negative regulation of epidermal growth factor receptor signaling pathway / クラスリン / Signaling by FLT3 fusion proteins / protein serine/threonine/tyrosine kinase activity / 神経発生 / RNA polymerase II transcription regulatory region sequence-specific DNA binding / 接着結合 / non-specific protein-tyrosine kinase / non-membrane spanning protein tyrosine kinase activity / cytoplasmic vesicle membrane / DNA-binding transcription repressor activity, RNA polymerase II-specific / エンドサイトーシス / positive regulation of peptidyl-tyrosine phosphorylation / DNA-binding transcription activator activity, RNA polymerase II-specific / protein tyrosine kinase activity / cell surface receptor signaling pathway / non-specific serine/threonine protein kinase / DNA-binding transcription factor activity, RNA polymerase II-specific / エンドソーム / RNA polymerase II cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / DNA-binding transcription factor activity / protein domain specific binding / リン酸化 / intracellular membrane-bounded organelle / protein serine kinase activity / protein serine/threonine kinase activity / ubiquitin protein ligase binding / クロマチン / 核小体 / regulation of transcription by RNA polymerase II / perinuclear region of cytoplasm / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / ATP binding / 生体膜 / identical protein binding / metal ion binding / 細胞核 / 細胞膜 / 細胞質基質 / 細胞質 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.68 Å | ||||||
データ登録者 | Smith, C.P. / Wilson, E.W. / Pedroza Romo, M.J. / Averett, J.C. / Moody, J.D. | ||||||
資金援助 | 米国, 1件
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引用 | ジャーナル: To Be Published タイトル: 1TEL, non-compressed, double-helical crystal form 著者: Smith, C.P. / Wilson, E.W. / Pedroza Romo, M.J. / Averett, J.C. / Moody, J.D. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 8tha.cif.gz | 55.6 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb8tha.ent.gz | 32.9 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 8tha.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/th/8tha ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/th/8tha | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
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-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 18886.555 Da / 分子数: 1 / 変異: V112E,R80S / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: ETV6, TNK2 / プラスミド: PET42_SUMO / 詳細 (発現宿主): Kanamycin resistant / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): B / 参照: UniProt: P41212, UniProt: Q07912 |
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#2: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 1.06 Å3/Da / 溶媒含有率: 43.4 % / 解説: Narrow rods |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7 / 詳細: 0.5 M Bis-Tris, 0.35 M Mg-Formate, 5 mg/mL protein / Temp details: Room Temperature |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL9-2 / 波長: 0.97946 Å |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年10月24日 詳細: Mirror: Rh coated flat bent M0, toroidal focusing post-monochromator M1 |
放射 | モノクロメーター: Si(111) and Si(220) double crystal プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.97946 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.68→29.95 Å / Num. obs: 8707 / % possible obs: 93.81 % / 冗長度: 17.1 % / Biso Wilson estimate: 22.64 Å2 / CC1/2: 1 / CC star: 1 / Rmerge(I) obs: 0.07972 / Rpim(I) all: 0.01954 / Rrim(I) all: 0.08215 / Net I/σ(I): 25.74 |
反射 シェル | 解像度: 1.68→1.74 Å / Rmerge(I) obs: 1.521 / Mean I/σ(I) obs: 2.01 / Num. unique obs: 613 / CC1/2: 0.694 / CC star: 0.905 / Rpim(I) all: 0.3905 / Rrim(I) all: 1.573 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.68→29.95 Å / SU ML: 0.2016 / 交差検証法: FREE R-VALUE / 位相誤差: 25.4049 立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 28.49 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.68→29.95 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Auth asym-ID: A / Label asym-ID: A
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