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- PDB-8th6: Crystal Structure of the G3BP1 NTF2-like domain bound to USP10 peptide -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8th6
タイトルCrystal Structure of the G3BP1 NTF2-like domain bound to USP10 peptide
要素
  • Ras GTPase-activating protein-binding protein 1
  • Ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 10
キーワードHYDROLASE (加水分解酵素) / NTF2L USP10
機能・相同性
機能・相同性情報


negative regulation of stress granule assembly / DNA/RNA helicase activity / positive regulation of stress granule assembly / monoubiquitinated protein deubiquitination / intermediate filament cytoskeleton / molecular function inhibitor activity / protein deubiquitination / ribosomal small subunit binding / DNA damage response, signal transduction by p53 class mediator / positive regulation of type I interferon production ...negative regulation of stress granule assembly / DNA/RNA helicase activity / positive regulation of stress granule assembly / monoubiquitinated protein deubiquitination / intermediate filament cytoskeleton / molecular function inhibitor activity / protein deubiquitination / ribosomal small subunit binding / DNA damage response, signal transduction by p53 class mediator / positive regulation of type I interferon production / cellular response to interleukin-1 / DNA修復 / cytosolic ribosome / stress granule assembly / negative regulation of canonical NF-kappaB signal transduction / rescue of stalled ribosome / DNA helicase activity / regulation of autophagy / molecular condensate scaffold activity / Termination of translesion DNA synthesis / negative regulation of canonical Wnt signaling pathway / オートファジー / cytoplasmic stress granule / p53 binding / perikaryon / endonuclease activity / defense response to virus / ヘリカーゼ / ubiquitinyl hydrolase 1 / transmembrane transporter binding / Ras protein signal transduction / cysteine-type deubiquitinase activity / RNA helicase activity / エンドソーム / Ub-specific processing proteases / ヘリカーゼ / ribonucleoprotein complex / cysteine-type endopeptidase activity / focal adhesion / 自然免疫系 / mRNA binding / DNA damage response / SARS-CoV-2 activates/modulates innate and adaptive immune responses / ATP hydrolysis activity / protein-containing complex / タンパク質分解 / DNA binding / RNA binding / 核質 / ATP binding / 細胞核 / 細胞質基質 / 細胞質
類似検索 - 分子機能
Ataxin-2, C-terminal / Ataxin-2 C-terminal region / G3BP1, RNA recognition motif / Ras GTPase-activating protein-binding protein / Nuclear transport factor 2, eukaryote / Nuclear transport factor 2 domain profile. / Nuclear transport factor 2 domain / Nuclear transport factor 2 (NTF2) domain / Ubiquitin specific protease (USP) domain signature 2. / Ubiquitin specific protease (USP) domain signature 1. ...Ataxin-2, C-terminal / Ataxin-2 C-terminal region / G3BP1, RNA recognition motif / Ras GTPase-activating protein-binding protein / Nuclear transport factor 2, eukaryote / Nuclear transport factor 2 domain profile. / Nuclear transport factor 2 domain / Nuclear transport factor 2 (NTF2) domain / Ubiquitin specific protease (USP) domain signature 2. / Ubiquitin specific protease (USP) domain signature 1. / Ubiquitin specific protease, conserved site / Peptidase C19, ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase / Ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase / Ubiquitin specific protease domain / Ubiquitin specific protease (USP) domain profile. / NTF2-like domain superfamily / Papain-like cysteine peptidase superfamily / RNA認識モチーフ / RNA認識モチーフ / Eukaryotic RNA Recognition Motif (RRM) profile. / RNA recognition motif domain / RNA-binding domain superfamily / Nucleotide-binding alpha-beta plait domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Ras GTPase-activating protein-binding protein 1 / Ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 10
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.34 Å
データ登録者Hughes, M.P. / Taylor, J.P. / Yang, Z.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
Howard Hughes Medical Institute (HHMI)R35NS097974 米国
引用ジャーナル: Cell Rep / 年: 2024
タイトル: Interaction between host G3BP and viral nucleocapsid protein regulates SARS-CoV-2 replication and pathogenicity.
著者: Yang, Z. / Johnson, B.A. / Meliopoulos, V.A. / Ju, X. / Zhang, P. / Hughes, M.P. / Wu, J. / Koreski, K.P. / Clary, J.E. / Chang, T.C. / Wu, G. / Hixon, J. / Duffner, J. / Wong, K. / Lemieux, ...著者: Yang, Z. / Johnson, B.A. / Meliopoulos, V.A. / Ju, X. / Zhang, P. / Hughes, M.P. / Wu, J. / Koreski, K.P. / Clary, J.E. / Chang, T.C. / Wu, G. / Hixon, J. / Duffner, J. / Wong, K. / Lemieux, R. / Lokugamage, K.G. / Alvarado, R.E. / Crocquet-Valdes, P.A. / Walker, D.H. / Plante, K.S. / Plante, J.A. / Weaver, S.C. / Kim, H.J. / Meyers, R. / Schultz-Cherry, S. / Ding, Q. / Menachery, V.D. / Taylor, J.P.
履歴
登録2023年7月14日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02024年3月20日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年4月10日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ISSN ..._citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22024年5月8日Group: Structure summary / カテゴリ: audit_author

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Ras GTPase-activating protein-binding protein 1
B: Ras GTPase-activating protein-binding protein 1
C: Ras GTPase-activating protein-binding protein 1
D: Ras GTPase-activating protein-binding protein 1
E: Ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 10
F: Ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 10
G: Ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 10
H: Ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 10
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)75,58723
ポリマ－74,6568
非ポリマー93115
水1,22568
1
A: Ras GTPase-activating protein-binding protein 1
D: Ras GTPase-activating protein-binding protein 1
E: Ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 10
H: Ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 10
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)38,01115
ポリマ－37,3284
非ポリマー68311
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area7350 Å2
ΔGint-23 kcal/mol
Surface area14840 Å2
手法PISA
2
B: Ras GTPase-activating protein-binding protein 1
C: Ras GTPase-activating protein-binding protein 1
F: Ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 10
G: Ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 10
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)37,5768
ポリマ－37,3284
非ポリマー2484
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6480 Å2
ΔGint-34 kcal/mol
Surface area15210 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)58.390, 78.380, 73.410
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 108.63, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質
Ras GTPase-activating protein-binding protein 1 / G3BP-1 / ATP-dependent DNA helicase VIII / hDH VIII / GAP SH3 domain-binding protein 1


分子量: 15899.076 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: G3BP1, G3BP / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q13283, ヘリカーゼ, ヘリカーゼ
#2: タンパク質・ペプチド
Ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 10 / Deubiquitinating enzyme 10 / Ubiquitin thioesterase 10 / Ubiquitin-specific-processing protease 10


分子量: 2764.971 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: USP10, KIAA0190 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q14694, ubiquitinyl hydrolase 1
#3: 化合物
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル / エチレングリコール


分子量: 62.068 Da / 分子数: 15 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#4: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 68 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.13 Å3/Da / 溶媒含有率: 42.31 %
結晶化温度: 277.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5 / 詳細: 0.1 M HEPES pH 7.5, 25% PEG3350

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL18U1 / 波長: 0.97915 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年6月27日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97915 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.34→45.21 Å / Num. obs: 15966 / % possible obs: 63.1 % / 冗長度: 3.3 % / CC1/2: 0.918 / Net I/σ(I): 9.2
反射 シェル解像度: 2.34→2.42 Å / Num. unique obs: 177 / CC1/2: 0.848

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0349精密化
DIALSデータ削減
DIALSデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.34→45.2 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.918 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.839 / SU B: 11.879 / SU ML: 0.281 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.458 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.29535 817 4.9 %RANDOM
Rwork0.21277 ---
obs0.21698 15966 63.12 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 26.777 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0 Å20 Å2-0.05 Å2
2--0.05 Å20 Å2
3----0.01 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 2.34→45.2 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4862 0 60 68 4990
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0050.0125041
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.0164358
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.2151.6446785
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.4231.5510115
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.3265594
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg13.9311030
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg1710774
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0550.2704
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.025786
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.021106
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.9152.872403
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other1.9152.872403
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it3.2534.2882988
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other3.2524.2892989
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.592.9292638
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other1.592.9292639
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other2.6544.3453798
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined5.41639.3225287
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other5.439.3315286
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.34→2.401 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.179 2 -
Rwork0.31 97 -
obs--5.18 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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