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万見
- PDB-8tgy: Crystal structure of Gdx-Clo from Small Multidrug Resistance fami... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8tgy
タイトルCrystal structure of Gdx-Clo from Small Multidrug Resistance family of transporters in complex with guanylurea
要素
  • L10 Monobody
  • Multidrug resistance protein, SMR family多剤耐性
キーワードTRANSPORT PROTEIN (運搬体タンパク質) / SMR / Gdx-Clo / antiporter (アンチポート) / gunaylurea
機能・相同性Small drug/metabolite transporter protein family / Small multidrug resistance protein / Small Multidrug Resistance protein / transmembrane transporter activity / 細胞膜 / N-(diaminomethylidene)urea / Multidrug resistance protein, SMR family
機能・相同性情報
生物種Clostridia bacterium (バクテリア)
Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.18 Å
データ登録者Lucero, R.M. / Stockbridge, R.B.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)R35- GM128768 米国
引用ジャーナル: Biorxiv / 年: 2023
タイトル: Transport of metformin metabolites by guanidinium exporters of the Small Multidrug Resistance family.
著者: Lucero, R.M. / Demirer, K. / Yeh, T.J. / Stockbridge, R.B.
履歴
登録2023年7月13日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02023年8月2日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年10月11日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Multidrug resistance protein, SMR family
E: Multidrug resistance protein, SMR family
G: Multidrug resistance protein, SMR family
B: Multidrug resistance protein, SMR family
C: L10 Monobody
D: L10 Monobody
F: L10 Monobody
H: L10 Monobody
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)87,53917
ポリマ－85,0958
非ポリマー2,4449
水48627
1
A: Multidrug resistance protein, SMR family
E: Multidrug resistance protein, SMR family
C: L10 Monobody
F: L10 Monobody
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)43,8209
ポリマ－42,5484
非ポリマー1,2735
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
G: Multidrug resistance protein, SMR family
B: Multidrug resistance protein, SMR family
D: L10 Monobody
H: L10 Monobody
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)43,7188
ポリマ－42,5484
非ポリマー1,1714
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)49.914, 74.371, 107.212
Angle α, β, γ (deg.)86.77, 90.01, 70.26
Int Tables number1
Space group name H-MP1

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要素

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タンパク質 / 抗体 / 糖 , 3種, 10分子 AEGBCDFH

#1: タンパク質
Multidrug resistance protein, SMR family / 多剤耐性


分子量: 11341.865 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Clostridia bacterium (バクテリア)
遺伝子: HMPREF1982_00479 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: U2EQ00
#2: 抗体
L10 Monobody


分子量: 9931.934 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
#5: 糖 ChemComp-DMU / DECYL-BETA-D-MALTOPYRANOSIDE / DECYLMALTOSIDE / デシルβ-マルトシド


タイプ: D-saccharide / 分子量: 482.562 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C22H42O11 / コメント: 可溶化剤*YM

-
非ポリマー , 3種, 34分子

#3: 化合物 ChemComp-9U1 / N-(diaminomethylidene)urea / グアニル尿素


分子量: 102.095 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6N4O / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物
ChemComp-LDA / LAURYL DIMETHYLAMINE-N-OXIDE / ドデシルジメチルアミンオキシド / Lauryldimethylamine oxide


分子量: 229.402 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C14H31NO / コメント: LDAO, 可溶化剤*YM
#6: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 27 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 4.39 Å3/Da / 溶媒含有率: 72.01 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7
詳細: 0.1 M HEPES pH 7.0, 0.1 M calcium acetate, 31% PEG600

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データ収集

回折平均測定温度: 80 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-D / 波長: 0.9 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2022年9月28日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.18→107 Å / Num. obs: 29224 / % possible obs: 81.1 % / 冗長度: 3.3 % / CC1/2: 0.993 / Rmerge(I) obs: 0.099 / Rpim(I) all: 0.069 / Rrim(I) all: 0.122 / Net I/σ(I): 18.1
反射 シェル解像度: 2.18→2.55 Å / Rmerge(I) obs: 0.6 / Mean I/σ(I) obs: 2.8 / Num. unique obs: 1577 / CC1/2: 0.739 / Rpim(I) all: 0.356 / Rrim(I) all: 0.698 / % possible all: 69.8

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.18.2_3874: ???)精密化
DIALSデータ削減
STARANISOデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.18→35.66 Å / SU ML: 0.32 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.96 / 位相誤差: 44.84 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.3086 1360 4.67 %
Rwork0.2801 --
obs0.2815 27820 81.1 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.18→35.66 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5873 0 158 27 6058
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0036185
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.598451
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d11.8782115
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0421030
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.004966
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.18-2.260.470260.3651105X-RAY DIFFRACTION1
2.26-2.350.2746150.388256X-RAY DIFFRACTION4
2.35-2.460.4352190.3477520X-RAY DIFFRACTION7
2.46-2.590.4104430.3572851X-RAY DIFFRACTION12
2.59-2.750.4143510.33831180X-RAY DIFFRACTION16
2.75-2.960.35911120.34482340X-RAY DIFFRACTION33
2.97-3.260.33122080.32164275X-RAY DIFFRACTION60
3.26-3.730.34582710.28786438X-RAY DIFFRACTION89
3.74-4.70.31943490.26216175X-RAY DIFFRACTION87
4.7-35.660.25362860.26215644X-RAY DIFFRACTION79

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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