+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 8tfl | ||||||
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Title | Ricin in complex with Fab SylH3 | ||||||
Components |
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Keywords | TOXIN / Ricin toxin / monoclonal antibody | ||||||
Function / homology | Function and homology information rRNA N-glycosylase / rRNA N-glycosylase activity / AMP binding / defense response / toxin activity / carbohydrate binding / killing of cells of another organism / negative regulation of translation Similarity search - Function | ||||||
Biological species | Mus musculus (house mouse) Ricinus communis (castor bean) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 2.89 Å | ||||||
Authors | Rudolph, M.J. / Mantis, N. | ||||||
Funding support | United States, 1items
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Citation | Journal: Biochemistry / Year: 2023 Title: Structural Basis of Antibody-Mediated Inhibition of Ricin Toxin Attachment to Host Cells. Authors: Vance, D.J. / Rudolph, M.J. / Davis, S.A. / Mantis, N.J. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 8tfl.cif.gz | 394.4 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb8tfl.ent.gz | 321.7 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 8tfl.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/tf/8tfl ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/tf/8tfl | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Related structure data | 8tfhC 2aaiS 3fmgS 4m7kS S: Starting model for refinement C: citing same article (ref.) |
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Similar structure data | Similarity search - Function & homologyF&H Search |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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Unit cell |
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-Components
-Protein , 2 types, 2 molecules AB
#3: Protein | Mass: 29087.754 Da / Num. of mol.: 1 / Source method: isolated from a natural source / Source: (natural) Ricinus communis (castor bean) / References: UniProt: P02879, rRNA N-glycosylase |
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#4: Protein | Mass: 28918.502 Da / Num. of mol.: 1 / Source method: isolated from a natural source / Source: (natural) Ricinus communis (castor bean) / References: UniProt: P02879 |
-Antibody , 2 types, 2 molecules LH
#1: Antibody | Mass: 23327.926 Da / Num. of mol.: 1 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Mus musculus (house mouse) / Production host: Cricetulus griseus (Chinese hamster) |
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#2: Antibody | Mass: 23288.859 Da / Num. of mol.: 1 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Mus musculus (house mouse) / Production host: Cricetulus griseus (Chinese hamster) |
-Sugars , 2 types, 3 molecules
#5: Polysaccharide | Source method: isolated from a genetically manipulated source #7: Sugar | ChemComp-NDG / | |
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-Non-polymers , 2 types, 45 molecules
#6: Chemical | ChemComp-2PE / |
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#8: Water | ChemComp-HOH / |
-Details
Has ligand of interest | N |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 3.06 Å3/Da / Density % sol: 59.74 % |
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Crystal grow | Temperature: 295 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / Details: 1.5 M ammonium fluoride and 20% PEG 3,350 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Diffraction source | Source: ROTATING ANODE / Type: RIGAKU MICROMAX-007 HF / Wavelength: 1.54 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: RIGAKU SATURN 944 / Detector: CCD / Date: Feb 1, 2020 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 1.54 Å / Relative weight: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 2.89→50 Å / Num. obs: 27100 / % possible obs: 97 % / Redundancy: 8 % / CC1/2: 0.44 / Net I/σ(I): 8 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell | Diffraction-ID: 1
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-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: 2AAI, 4M7K, 3FMG Resolution: 2.89→43.62 Å / SU ML: 0.55 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / Phase error: 34.06 / Stereochemistry target values: ML
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.89→43.62 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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