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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8t8d | |||||||||
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タイトル | Structure of Helicobacter pylori adhesin A, HpaA | |||||||||
要素 | Neuraminyllactose-binding hemagglutinin | |||||||||
キーワード | CELL ADHESION (細胞接着) / Helicobacter pylori (ヘリコバクター・ピロリ) / Adhesion (接着) / vaccine candidate | |||||||||
機能・相同性 | Neuraminyllactose-binding hemagglutinin / Neuraminyllactose-binding hemagglutinin superfamily / Neuraminyllactose-binding hemagglutinin precursor (NLBH) / cell outer membrane / Prokaryotic membrane lipoprotein lipid attachment site profile. / 酢酸塩 / Neuraminyllactose-binding hemagglutinin 機能・相同性情報 | |||||||||
生物種 | Helicobacter pylori (ピロリ菌) | |||||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.9 Å | |||||||||
データ登録者 | Martini, C. / Calmettes, C. | |||||||||
資金援助 | カナダ, 1件
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引用 | ジャーナル: Mbio / 年: 2024 タイトル: Unraveling the crystal structure of the HpaA adhesin: insights into cell adhesion function and epitope localization of a Helicobacter pylori vaccine candidate. 著者: Martini, C. / Araba, V. / Beniani, M. / Armoa Ortiz, P. / Simmons, M. / Chalbi, M. / Mellouk, A. / El Bakkouri, M. / Calmettes, C. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 8t8d.cif.gz | 305.2 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb8t8d.ent.gz | 表示 | PDB形式 | |
PDBx/mmJSON形式 | 8t8d.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/t8/8t8d ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/t8/8t8d | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
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-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 24286.734 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Helicobacter pylori (ピロリ菌) / 株: 26695 / 遺伝子: hpaA, HP_0797 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: P55969 #2: 化合物 | ChemComp-ACT / #3: 化合物 | ChemComp-GOL / | #4: 水 | ChemComp-HOH / | 研究の焦点であるリガンドがあるか | N | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.35 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.58 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 4.5 詳細: 0.1 M sodium acetate pH 4.5, 23% PEG 3350 (w/v) and 6% glycerol (w/v) |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: CLSI / ビームライン: 08ID-1 / 波長: 0.95375 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
検出器 | タイプ: DECTRIS EIGER X 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年9月27日 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射波長 | 波長: 0.95375 Å / 相対比: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 | 解像度: 2.9→48.13 Å / Num. obs: 20236 / % possible obs: 99.6 % / 冗長度: 6.9 % / CC1/2: 0.99 / Rmerge(I) obs: 0.2 / Net I/σ(I): 12.5 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 シェル |
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-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.9→48.13 Å / SU ML: 0.57 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 35.32 / 立体化学のターゲット値: ML
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.9→48.13 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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