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- PDB-8t74: Crystal structure of KRAS4a (GMPPNP) in complex with RAF1 (RBD) -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8t74
タイトルCrystal structure of KRAS4a (GMPPNP) in complex with RAF1 (RBD)
要素
  • GTPase KRas
  • RAF proto-oncogene serine/threonine-protein kinase
キーワードONCOPROTEIN (がん遺伝子) / RAS / KRAS (KRAS) / RAF1 (RAF1) / CRAF
機能・相同性
機能・相同性情報


death-inducing signaling complex assembly / intermediate filament cytoskeleton organization / type B pancreatic cell proliferation / regulation of Rho protein signal transduction / SHOC2 M1731 mutant abolishes MRAS complex function / Gain-of-function MRAS complexes activate RAF signaling / Rap1 signalling / regulation of cell motility / insulin secretion involved in cellular response to glucose stimulus / forebrain astrocyte development ...death-inducing signaling complex assembly / intermediate filament cytoskeleton organization / type B pancreatic cell proliferation / regulation of Rho protein signal transduction / SHOC2 M1731 mutant abolishes MRAS complex function / Gain-of-function MRAS complexes activate RAF signaling / Rap1 signalling / regulation of cell motility / insulin secretion involved in cellular response to glucose stimulus / forebrain astrocyte development / Negative feedback regulation of MAPK pathway / regulation of synaptic transmission, GABAergic / negative regulation of epithelial cell differentiation / epithelial tube branching involved in lung morphogenesis / type I pneumocyte differentiation / IFNG signaling activates MAPKs / GP1b-IX-V activation signalling / ERBB2-ERBB3 signaling pathway / Rac protein signal transduction / regulation of cell differentiation / face development / skeletal muscle cell differentiation / 仮足 / positive regulation of Rac protein signal transduction / somatic stem cell population maintenance / Signaling by RAS GAP mutants / Signaling by RAS GTPase mutants / Activation of RAS in B cells / neurotrophin TRK receptor signaling pathway / thyroid gland development / RAS signaling downstream of NF1 loss-of-function variants / RUNX3 regulates p14-ARF / SOS-mediated signalling / Activated NTRK3 signals through RAS / Activated NTRK2 signals through RAS / extrinsic apoptotic signaling pathway via death domain receptors / MAP kinase kinase kinase activity / SHC1 events in ERBB4 signaling / Signalling to RAS / glial cell proliferation / SHC-related events triggered by IGF1R / Activated NTRK2 signals through FRS2 and FRS3 / negative regulation of protein-containing complex assembly / Estrogen-stimulated signaling through PRKCZ / SHC-mediated cascade:FGFR3 / MET activates RAS signaling / PTK6 Regulates RHO GTPases, RAS GTPase and MAP kinases / Schwann cell development / Signaling by PDGFRA transmembrane, juxtamembrane and kinase domain mutants / Signaling by PDGFRA extracellular domain mutants / SHC-mediated cascade:FGFR2 / type II interferon-mediated signaling pathway / SHC-mediated cascade:FGFR4 / Signaling by FGFR4 in disease / SHC-mediated cascade:FGFR1 / Erythropoietin activates RAS / homeostasis of number of cells within a tissue / protein-membrane adaptor activity / negative regulation of extrinsic apoptotic signaling pathway via death domain receptors / positive regulation of glial cell proliferation / FRS-mediated FGFR3 signaling / Signaling by CSF3 (G-CSF) / Signaling by FLT3 ITD and TKD mutants / FRS-mediated FGFR2 signaling / FRS-mediated FGFR4 signaling / Signaling by FGFR3 in disease / p38MAPK events / FRS-mediated FGFR1 signaling / Tie2 Signaling / Signaling by FGFR2 in disease / striated muscle cell differentiation / GRB2 events in EGFR signaling / SHC1 events in EGFR signaling / activation of adenylate cyclase activity / EGFR Transactivation by Gastrin / response to muscle stretch / 髄鞘 / Signaling by FLT3 fusion proteins / FLT3 Signaling / Ras activation upon Ca2+ influx through NMDA receptor / GRB2 events in ERBB2 signaling / Signaling by FGFR1 in disease / NCAM signaling for neurite out-growth / CD209 (DC-SIGN) signaling / SHC1 events in ERBB2 signaling / Downstream signal transduction / Constitutive Signaling by Overexpressed ERBB2 / Insulin receptor signalling cascade / 低分子量GTPアーゼ / insulin-like growth factor receptor signaling pathway / G protein activity / Signaling by phosphorylated juxtamembrane, extracellular and kinase domain KIT mutants / thymus development / VEGFR2 mediated cell proliferation / FCERI mediated MAPK activation / Signaling by ERBB2 TMD/JMD mutants / regulation of long-term neuronal synaptic plasticity / RAF activation / Signaling by high-kinase activity BRAF mutants / Constitutive Signaling by EGFRvIII
類似検索 - 分子機能
Raf-like Ras-binding domain / Raf-like Ras-binding / Ras-binding domain (RBD) profile. / Raf-like Ras-binding domain / Diacylglycerol/phorbol-ester binding / Phorbol esters/diacylglycerol binding domain (C1 domain) / Zinc finger phorbol-ester/DAG-type signature. / Zinc finger phorbol-ester/DAG-type profile. / Protein kinase C conserved region 1 (C1) domains (Cysteine-rich domains) / Protein kinase C-like, phorbol ester/diacylglycerol-binding domain ...Raf-like Ras-binding domain / Raf-like Ras-binding / Ras-binding domain (RBD) profile. / Raf-like Ras-binding domain / Diacylglycerol/phorbol-ester binding / Phorbol esters/diacylglycerol binding domain (C1 domain) / Zinc finger phorbol-ester/DAG-type signature. / Zinc finger phorbol-ester/DAG-type profile. / Protein kinase C conserved region 1 (C1) domains (Cysteine-rich domains) / Protein kinase C-like, phorbol ester/diacylglycerol-binding domain / C1-like domain superfamily / Small GTPase, Ras-type / small GTPase Ras family profile. / Ran (Ras-related nuclear proteins) /TC4 subfamily of small GTPases / Rho (Ras homology) subfamily of Ras-like small GTPases / Ras subfamily of RAS small GTPases / 低分子量GTPアーゼ / 低分子量GTPアーゼ / Rab subfamily of small GTPases / Small GTP-binding protein domain / Ubiquitin-like domain superfamily / Serine/threonine-protein kinase, active site / Serine/Threonine protein kinases active-site signature. / Protein kinase domain / Serine/Threonine protein kinases, catalytic domain / Protein kinase, ATP binding site / Protein kinases ATP-binding region signature. / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-GUANYLATE ESTER / GTPase KRas / RAF proto-oncogene serine/threonine-protein kinase
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.65 Å
データ登録者Whitley, M.J. / Simanshu, D.K.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Cancer Institute (NIH/NCI)HHSN261200800001E 米国
引用ジャーナル: Sci Adv / 年: 2024
タイトル: Comparative analysis of KRAS4a and KRAS4b splice variants reveals distinctive structural and functional properties.
著者: Whitley, M.J. / Tran, T.H. / Rigby, M. / Yi, M. / Dharmaiah, S. / Waybright, T.J. / Ramakrishnan, N. / Perkins, S. / Taylor, T. / Messing, S. / Esposito, D. / Nissley, D.V. / McCormick, F. / ...著者: Whitley, M.J. / Tran, T.H. / Rigby, M. / Yi, M. / Dharmaiah, S. / Waybright, T.J. / Ramakrishnan, N. / Perkins, S. / Taylor, T. / Messing, S. / Esposito, D. / Nissley, D.V. / McCormick, F. / Stephen, A.G. / Turbyville, T. / Cornilescu, G. / Simanshu, D.K.
履歴
登録2023年6月19日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02024年2月14日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年2月28日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: GTPase KRas
B: RAF proto-oncogene serine/threonine-protein kinase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)30,0794
ポリマ－29,5332
非ポリマー5472
水3,549197
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)53.371, 37.703, 70.876
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 101.670, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 GTPase KRas / K-Ras 2 / Ki-Ras / c-K-ras / c-Ki-ras


分子量: 20426.123 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: KRAS, KRAS2, RASK2 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P01116, 低分子量GTPアーゼ
#2: タンパク質 RAF proto-oncogene serine/threonine-protein kinase / Proto-oncogene c-RAF / cRaf / Raf-1


分子量: 9106.649 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: RAF1, RAF / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: P04049, non-specific serine/threonine protein kinase
#3: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#4: 化合物 ChemComp-GNP / PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-GUANYLATE ESTER / Gpp(NH)p / 5'-Guanylyl imidodiphosphate


分子量: 522.196 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H17N6O13P3
コメント: GppNHp, GMPPNP, エネルギー貯蔵分子類似体*YM
#5: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 197 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.48 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.44 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 0.15 M DL-malic acid (pH 7.0), 20% PEG 3350

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-E / 波長: 0.9791 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年4月23日
放射モノクロメーター: Si(220) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9791 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.65→46.52 Å / Num. obs: 31826 / % possible obs: 94.6 % / 冗長度: 3.3 % / Biso Wilson estimate: 25.2 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.043 / Rrim(I) all: 0.051 / Net I/σ(I): 15.4
反射 シェル
解像度 (Å)Rmerge(I) obsNum. unique obsCC1/2Rrim(I) allDiffraction-ID
1.65-1.750.56441280.7090.7251
1.75-1.870.39149660.8840.4691
1.87-2.020.21446560.9670.2531
2.02-2.210.12242920.9860.1461
2.21-2.470.07438570.9940.0881
2.47-2.850.05134560.9960.061
2.85-3.490.03228830.9980.0381
3.49-4.930.02522790.9990.031
4.93-46.520.0213100.9990.0241

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
PHASER位相決定
PHENIX1.20.1_4487精密化
PDB_EXTRACT3.28データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.65→46.52 Å / SU ML: 0.23 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 23.36 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1958 1511 4.75 %
Rwork0.1728 30302 -
obs0.1739 31813 94.65 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 148.55 Å2 / Biso mean: 42.6345 Å2 / Biso min: 15.82 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.65→46.52 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1907 0 46 197 2150
Biso mean--26.49 40.32 -
残基数----238
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0032007
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.7092717
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.052307
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.006346
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.238768
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 11

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
1.65-1.70.43341020.39062044214671
1.7-1.760.33491240.31042490261486
1.76-1.840.24451400.23762819295998
1.84-1.920.2541440.19632894303899
1.92-2.020.20181410.18282823296499
2.02-2.150.22121420.18272844298698
2.15-2.310.17391410.15672833297498
2.31-2.540.21421440.15792875301999
2.54-2.910.20051420.17242860300298
2.91-3.670.19691430.15762862300597
3.67-46.520.15981480.15882958310698
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.7795-0.74960.76733.7081-0.98932.6472-0.0141-0.1082-0.15110.09120.09550.2890.1627-0.1964-0.08840.1819-0.00350.03370.1882-0.0030.18799.93892.801310.9413
28.2291-5.15021.15255.7022-0.56735.7483-0.2233-0.72450.30590.15230.04920.5506-0.1459-0.9822-0.29470.12-0.0232-0.04470.4609-0.01870.4334-3.44124.91915.4651
31.5195-0.66-0.74775.081-0.04221.26380.0251-0.07810.04650.37090.04350.2811-0.1260.0028-0.08350.2286-0.00580.01690.2332-0.01630.203511.96657.250915.1041
44.62231.85542.63773.04571.33785.4944-0.1340.13320.31020.07660.08530.0771-0.33920.22680.05210.2086-0.00690.01040.19260.00340.222718.609816.21454.575
54.10820.392-0.73632.6141-0.30411.1646-0.07780.3213-0.122-0.21930.0558-0.1035-0.11560.0530.0360.20640.0003-0.00790.2306-0.00660.19917.09998.3817-3.0088
64.7837-2.07121.3472.8371-0.93932.14460.0941-0.0259-0.0346-0.0383-0.014-0.02050.15980.0778-0.09980.1581-0.0065-0.00320.16790.00070.14518.1806-1.66656.1258
77.5696-1.69630.83137.3902-3.48381.65910.2179-0.11661.36830.58090.1584-0.678-1.114-0.2595-0.20610.79460.13520.16330.4047-0.06110.55950.98416.368925.0845
84.1989-0.5568-0.79839.630.6014.3671-0.0399-0.5432-0.00870.73370.2239-0.34260.09930.0847-0.16510.40180.02310.06030.3457-0.00720.25065.41444.267424.4237
92.69861.89172.00569.090.1332.6391-0.58370.62650.78810.28330.44561.4191-0.4547-1.02790.07480.68890.270.17540.58590.13730.5968-4.773416.606221.3892
103.7324-2.7756-3.75547.74923.50394.0332-0.03510.3035-0.22260.3376-0.15961.27380.0706-1.23430.03020.4109-0.00330.09970.5818-0.02220.5151-5.86814.915920.2055
116.58250.50032.02187.69654.38353.4287-0.7683-0.5531-0.89150.1220.04240.57420.9915-1.12190.70690.9104-0.05110.34710.76810.07330.5729-5.40322.030129.8359
122.54050.19141.50644.88530.22354.82170.1563-0.8518-0.18250.8428-0.15721.0754-0.264-0.77240.32220.89890.14690.33720.8857-0.05520.6372-7.81019.54532.3884
138.44770.49260.1523.573-3.62273.7239-0.5438-0.89530.33380.7399-0.4628-0.46920.3463-0.16390.95430.82960.05440.00670.56280.0070.3624-0.49986.614830.8087
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1(chain A and resid 1:26)A1 - 26
2X-RAY DIFFRACTION2(chain A and resid 27:31)A27 - 31
3X-RAY DIFFRACTION3(chain A and resid 32:79)A32 - 79
4X-RAY DIFFRACTION4(chain A and resid 80:106)A80 - 106
5X-RAY DIFFRACTION5(chain A and resid 107:145)A107 - 145
6X-RAY DIFFRACTION6(chain A and resid 146:170)A146 - 170
7X-RAY DIFFRACTION7(chain B and resid 56:59)B56 - 59
8X-RAY DIFFRACTION8(chain B and resid 60:69)B60 - 69
9X-RAY DIFFRACTION9(chain B and resid 70:75)B70 - 75
10X-RAY DIFFRACTION10(chain B and resid 76:91)B76 - 91
11X-RAY DIFFRACTION11(chain B and resid 92:101)B92 - 101
12X-RAY DIFFRACTION12(chain B and resid 102:121)B102 - 121
13X-RAY DIFFRACTION13(chain B and resid 122:131)B122 - 131

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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