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万見
- PDB-8t1r: Crystal structure of human CPSF73 catalytic segment in complex wi... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8t1r
タイトルCrystal structure of human CPSF73 catalytic segment in complex with compound 2
要素Cleavage and polyadenylation specificity factor subunit 3
キーワードHYDROLASE/INHIBITOR / nuclease (ヌクレアーゼ) / complex / HYDROLASE (加水分解酵素) / HYDROLASE-INHIBITOR complex
機能・相同性
機能・相同性情報


co-transcriptional mRNA 3'-end processing, cleavage and polyadenylation pathway / mRNA 3'-end processing by stem-loop binding and cleavage / 5'-3' RNA exonuclease activity / Processing of Intronless Pre-mRNAs / mRNA cleavage and polyadenylation specificity factor complex / mRNA 3'-end processing / mRNA 3'-end processing / Transport of Mature mRNA Derived from an Intronless Transcript / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; 3'-リン酸モノエステル産生エンドリボヌクレアーゼ / RNA Polymerase II Transcription Termination ...co-transcriptional mRNA 3'-end processing, cleavage and polyadenylation pathway / mRNA 3'-end processing by stem-loop binding and cleavage / 5'-3' RNA exonuclease activity / Processing of Intronless Pre-mRNAs / mRNA cleavage and polyadenylation specificity factor complex / mRNA 3'-end processing / mRNA 3'-end processing / Transport of Mature mRNA Derived from an Intronless Transcript / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; 3'-リン酸モノエステル産生エンドリボヌクレアーゼ / RNA Polymerase II Transcription Termination / : / Processing of Capped Intron-Containing Pre-mRNA / positive regulation of G1/S transition of mitotic cell cycle / RNA endonuclease activity / ribonucleoprotein complex / RNA binding / 核質 / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Pre-mRNA 3'-end-processing endonuclease polyadenylation factor C-term / Pre-mRNA 3'-end-processing endonuclease polyadenylation factor C-term / CPSF73-100_C / Metallo-beta-lactamase superfamily domain / Beta-Casp domain / Beta-Casp domain / Beta-Casp domain / Zn-dependent metallo-hydrolase, RNA specificity domain / Zn-dependent metallo-hydrolase RNA specificity domain / Metallo-beta-lactamase superfamily ...Pre-mRNA 3'-end-processing endonuclease polyadenylation factor C-term / Pre-mRNA 3'-end-processing endonuclease polyadenylation factor C-term / CPSF73-100_C / Metallo-beta-lactamase superfamily domain / Beta-Casp domain / Beta-Casp domain / Beta-Casp domain / Zn-dependent metallo-hydrolase, RNA specificity domain / Zn-dependent metallo-hydrolase RNA specificity domain / Metallo-beta-lactamase superfamily / Metallo-beta-lactamase / Ribonuclease Z/Hydroxyacylglutathione hydrolase-like
類似検索 - ドメイン・相同性
: / Chem-XZC / Cleavage and polyadenylation specificity factor subunit 3
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.2 Å
データ登録者Huang, J. / Tong, L.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)R35GM118093 米国
引用ジャーナル: Cell Chem Biol / 年: 2024
タイトル: Anticancer benzoxaboroles block pre-mRNA processing by directly inhibiting CPSF3.
著者: Tao, Y. / Budhipramono, A. / Huang, J. / Fang, M. / Xie, S. / Kim, J. / Khivansara, V. / Dominski, Z. / Tong, L. / De Brabander, J.K. / Nijhawan, D.
履歴
登録2023年6月2日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02023年11月8日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年12月6日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22024年1月31日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.year

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Cleavage and polyadenylation specificity factor subunit 3
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)55,1577
ポリマ－54,4741
非ポリマー6836
水1,58588
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)58.803, 82.311, 102.784
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
Space group name HallP2ac2ab
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x+1/2,-y+1/2,-z
#3: -x,y+1/2,-z+1/2
#4: -x+1/2,-y,z+1/2

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要素

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タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 Cleavage and polyadenylation specificity factor subunit 3 / / Cleavage and polyadenylation specificity factor 73 kDa subunit / CPSF 73 kDa subunit / mRNA 3'-end- ...Cleavage and polyadenylation specificity factor 73 kDa subunit / CPSF 73 kDa subunit / mRNA 3'-end-processing endonuclease CPSF-73


分子量: 54474.266 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CPSF3, CPSF73 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
参照: UniProt: Q9UKF6, 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; 3'-リン酸モノエステル産生エンドリボヌクレアーゼ

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非ポリマー , 5種, 94分子

#2: 化合物 ChemComp-XZC / 3-[7,7-bis(oxidanyl)-8-oxa-7-boranuidabicyclo[4.3.0]nona-1,3,5-trien-5-yl]-~{N}-[3-(3-methoxyphenyl)phenyl]propanamide


分子量: 404.243 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C23H23BNO5 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物 ChemComp-FE / FE (III) ION / 鉄


分子量: 55.845 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe
#4: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン / 硫酸塩


分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#5: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド / 塩化物


分子量: 35.453 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#6: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 88 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.28 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.13 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 18-30% (w/v) PEG3350, 200-250 mM ammonium sulfate and 0.1 M Bis-Tris pH 6.3-6.7

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-E / 波長: 0.9792 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年4月16日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9792 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.2→64.25 Å / Num. obs: 25871 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 5.6 % / Biso Wilson estimate: 42.6 Å2 / CC1/2: 0.997 / Net I/σ(I): 10.2
反射 シェル解像度: 2.2→2.33 Å / 冗長度: 5.6 % / Mean I/σ(I) obs: 2 / Num. unique obs: 4087 / CC1/2: 0.627 / % possible all: 98.5

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.19.2_4158精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
PHASER位相決定
Cootモデル構築
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.2→64.25 Å / SU ML: 0.2753 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 25.1849
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2499 1293 5 %
Rwork0.196 24572 -
obs0.1986 25865 98.97 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 51.93 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.2→64.25 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3406 0 39 88 3533
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00213534
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.51814785
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0445522
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0031635
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d15.21921329
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.2-2.280.34731390.27412650X-RAY DIFFRACTION97.89
2.28-2.390.29491430.24352698X-RAY DIFFRACTION100
2.39-2.510.28581430.23652726X-RAY DIFFRACTION99.93
2.51-2.670.32061440.21942730X-RAY DIFFRACTION99.93
2.67-2.880.27911420.21862713X-RAY DIFFRACTION99.72
2.88-3.170.28521430.21052700X-RAY DIFFRACTION98.58
3.17-3.630.23441440.18312754X-RAY DIFFRACTION99.35
3.63-4.570.21871440.16452755X-RAY DIFFRACTION98.3
4.57-64.250.22361510.1892846X-RAY DIFFRACTION97.27

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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