PDB-8szs: Cat DHX9 bound to GDP

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8szs

タイトル

Cat DHX9 bound to GDP

要素

RNA helicase

ヘリカーゼ

キーワード

HYDROLASE (加水分解酵素) / DExH-box / RHA

機能・相同性

機能・相同性情報

3'-5' DNA/RNA helicase activity / DNA-templated transcription termination /

double-stranded RNA binding /

RNA helicase activity /

hydrolase activity /

ヘリカーゼ /

ATP binding /

細胞核
類似検索 - 分子機能

生物種

Felis catus (イエネコ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.38 Å

データ登録者

Lee, Y.-T. / Sickmier, E.A. / Boriack-Sjodin, P.A.

資金援助

1件

引用

ジャーナル: Slas Discov / 年: 2023
タイトル: Development of assays to support identification and characterization of modulators of DExH-box helicase DHX9.
著者: Gotur, D. / Case, A. / Liu, J. / Sickmier, E.A. / Holt, N. / Knockenhauer, K.E. / Yao, S. / Lee, Y.T. / Copeland, R.A. / Buker, S.M. / Boriack-Sjodin, P.A.

履歴

登録	2023年5月30日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2023年9月6日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年12月27日	Group: Database references / カテゴリ: citation Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.title

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8szs.cif.gz	208.7 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8szs.ent.gz	152.3 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8szs.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/sz/8szs ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/sz/8szs	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#105 - 2008年9月リボヌクレアーゼA (Ribonuclease A) 類似性 (4)

登録構造単位

A: RNA helicase

ヘテロ分子

117 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	86.110, 86.110, 347.240
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	96
Space group name H-M	P4₃2₁2

-
タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質	RNA helicase / ヘリカーゼ分子量: 114605.445 Da / 分子数: 1 / 断片: residues 151-1151 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Felis catus (イエネコ) / 遺伝子: DHX9 発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ) 参照: UniProt: A0A337SGK2

-
非ポリマー , 5種, 322分子

#2: 化合物	ChemComp-GDP / GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE / GDP / グアノシン二リン酸タイプ: RNA linking / 分子量: 443.201 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₀H₁₅N₅O₁₁P₂ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: GDP, エネルギー貯蔵分子*YM
#3: 化合物	ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン / 硫酸塩分子量: 96.063 Da / 分子数: 9 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#5: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル / エチレングリコール分子量: 62.068 Da / 分子数: 17 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#6: 水	ChemComp-HOH / water / 水分子量: 18.015 Da / 分子数: 294 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.81 Å³/Da / 溶媒含有率: 56.2 %
結晶化	温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.2 詳細: 0.15 M ammonium sulfate, 0.1 M Tris, pH 8.2, 15% w/v PEG4000; 5 mM GDP and 50 mM magnesium chloride in protein solution

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL45XU / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年4月22日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.38→48.03 Å / Num. obs: 53722 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 26.1 % / CC_1/2: 0.999 / R_merge(I) obs: 0.144 / R_pim(I) all: 0.029 / R_rim(I) all: 0.147 / Χ²: 0.99 / Net I/σ(I): 17.4 / Num. measured all: 1403168
反射シェル	解像度: 2.38→2.45 Å / % possible obs: 100 % / 冗長度: 24.2 % / R_merge(I) obs: 1.542 / Num. measured all: 110689 / Num. unique obs: 4579 / CC_1/2: 0.834 / R_pim(I) all: 0.317 / R_rim(I) all: 1.575 / Χ²: 0.88 / Net I/σ(I) obs: 2.4

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0405	精密化
Aimless		データスケーリング
XDS		データ削減
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.38→48.03 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.945 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.928 / SU B: 7.538 / SU ML: 0.176 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.303 / ESU R Free: 0.242 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2646	2726	5.075 %	RANDOM
R_work	0.2176	50991	-	-
all	0.22	-	-	-
obs	-	53717	99.97 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 51.881 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.496 Å²	-0 Å²	0 Å²
2-	-	0.496 Å²	-0 Å²
3-	-	-	-0.992 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.38→48.03 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	6787	0	142	294	7223

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.002	0.012	7092
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.016	6812
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	0.792	1.652	9603
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.269	1.564	15691
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.62	5	862
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	3.044	5	48
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_other_2_deg	0.012	5	1
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	11.949	10	1222
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_6_deg	12.277	10	320
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.039	0.2	1095
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.003	0.02	8132
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	1574
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.191	0.2	1431
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.178	0.2	6238
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.17	0.2	3441
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.072	0.2	3561
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.115	0.2	293
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.06	0.2	9
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.153	0.2	50
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.192	0.2	5
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.868	5.258	3430
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	1.867	5.258	3430
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	3.126	9.449	4283
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	3.126	9.449	4284
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.017	5.661	3662
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	2.017	5.661	3663
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	3.51	10.286	5315
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	3.51	10.286	5316
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	6.105	49.953	7818
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	6.093	49.986	7776

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.38-2.442	0.346	192	0.281	3690	X-RAY DIFFRACTION	99.9742
2.442-2.508	0.34	218	0.279	3541	X-RAY DIFFRACTION	100
2.508-2.581	0.329	144	0.27	3540	X-RAY DIFFRACTION	99.9457
2.581-2.66	0.348	161	0.269	3441	X-RAY DIFFRACTION	100
2.66-2.747	0.295	195	0.253	3286	X-RAY DIFFRACTION	100
2.747-2.843	0.296	183	0.241	3192	X-RAY DIFFRACTION	99.9704
2.843-2.95	0.286	152	0.236	3112	X-RAY DIFFRACTION	99.9694
2.95-3.07	0.283	142	0.238	3020	X-RAY DIFFRACTION	100
3.07-3.206	0.26	164	0.238	2865	X-RAY DIFFRACTION	100
3.206-3.362	0.288	143	0.242	2736	X-RAY DIFFRACTION	100
3.362-3.543	0.277	147	0.24	2624	X-RAY DIFFRACTION	100
3.543-3.756	0.295	134	0.23	2496	X-RAY DIFFRACTION	100
3.756-4.014	0.234	113	0.205	2369	X-RAY DIFFRACTION	100
4.014-4.333	0.262	123	0.185	2212	X-RAY DIFFRACTION	100
4.333-4.743	0.22	129	0.179	2015	X-RAY DIFFRACTION	100
4.743-5.296	0.254	105	0.18	1862	X-RAY DIFFRACTION	100
5.296-6.103	0.266	86	0.214	1681	X-RAY DIFFRACTION	100
6.103-7.445	0.28	89	0.197	1417	X-RAY DIFFRACTION	100
7.445-10.404	0.148	60	0.148	1162	X-RAY DIFFRACTION	100
10.404-48.03	0.27	46	0.251	730	X-RAY DIFFRACTION	100

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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