PDB-8szr: Dog DHX9 bound to ADP

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8szr

タイトル

Dog DHX9 bound to ADP

要素

RNA helicase

ヘリカーゼ

キーワード

HYDROLASE (加水分解酵素) / DExH-box / RHA

機能・相同性

機能・相同性情報

: / positive regulation of viral translation / 3'-5' DNA/RNA helicase activity / single-stranded 3'-5' DNA helicase activity / CRD-mediated mRNA stability complex / : / regulatory region RNA binding / positive regulation of miRNA-mediated gene silencing / : / positive regulation of RNA export from nucleus ...: / positive regulation of viral translation / 3'-5' DNA/RNA helicase activity / single-stranded 3'-5' DNA helicase activity / CRD-mediated mRNA stability complex / : / regulatory region RNA binding / positive regulation of miRNA-mediated gene silencing / : / positive regulation of RNA export from nucleus / DNA-templated viral transcription / positive regulation of viral transcription / RISC complex binding / triplex DNA binding / positive regulation of DNA topoisomerase (ATP-hydrolyzing) activity / negative regulation of nuclear-transcribed mRNA catabolic process, deadenylation-dependent decay / CRD-mediated mRNA stabilization / global gene silencing by mRNA cleavage / protein localization to cytoplasmic stress granule / nucleoside triphosphate diphosphatase activity / G-quadruplex DNA unwinding / nuclear stress granule / 3'-5' RNA helicase activity / perichromatin fibrils / RNA secondary structure unwinding / alternative mRNA splicing, via spliceosome / RISC-loading complex /

regulation of mRNA processing / RISC complex assembly / positive regulation of cytoplasmic translation / importin-alpha family protein binding / positive regulation of response to cytokine stimulus / siRNA binding / sequence-specific mRNA binding / RISC complex / cellular response to exogenous dsRNA / RNA polymerase II complex binding /

DNA replication origin binding / positive regulation of interferon-alpha production / RNA stem-loop binding / positive regulation of DNA repair / positive regulation of interferon-beta production / positive regulation of DNA replication / promoter-specific chromatin binding / DNA-templated transcription termination / chromatin DNA binding / cytoplasmic ribonucleoprotein granule / positive regulation of interleukin-6 production / positive regulation of tumor necrosis factor production /

double-stranded RNA binding / positive regulation of fibroblast proliferation /

マイクロフィラメント / cellular response to tumor necrosis factor / positive regulation of NF-kappaB transcription factor activity /

single-stranded DNA binding / RNA polymerase II-specific DNA-binding transcription factor binding /

transcription coactivator activity /

single-stranded RNA binding /

nuclear body /

ヘリカーゼ / RNA polymerase II cis-regulatory region sequence-specific DNA binding /

中心体 /

核小体 /

ATP hydrolysis activity / positive regulation of transcription by RNA polymerase II /

ATP binding /

細胞質基質
類似検索 - 分子機能

生物種

Canis lupus familiaris (イヌ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.97 Å

データ登録者

Lee, Y.-T. / Sickmier, E.A. / Grigoriu, S. / Boriack-Sjodin, P.A.

資金援助

1件

引用

ジャーナル: Acta Crystallogr D Struct Biol / 年: 2023
タイトル: Crystal structures of the DExH-box RNA helicase DHX9.
著者: Lee, Y.T. / Sickmier, E.A. / Grigoriu, S. / Castro, J. / Boriack-Sjodin, P.A.

履歴

登録	2023年5月30日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2023年8月2日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年11月1日	Group: Data collection / Database references カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / citation / citation_author Item: _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD ..._citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name
改定 1.2	2023年11月8日	Group: Database references / カテゴリ: citation Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8szr.cif.gz	196.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8szr.ent.gz	143.8 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8szr.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/sz/8szr ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/sz/8szr	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	8szpC 8szqC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#105 - 2008年9月リボヌクレアーゼA (Ribonuclease A) 類似性 (4)

登録構造単位

A: RNA helicase

ヘテロ分子

116 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	85.290, 85.290, 352.100
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	96
Space group name H-M	P4₃2₁2

#1: タンパク質	RNA helicase / ヘリカーゼ分子量: 114492.352 Da / 分子数: 1 / 断片: residues 151-1151 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Canis lupus familiaris (イヌ) / 遺伝子: DHX9 発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ) 参照: UniProt: A0A8C0M1F0
#2: 化合物	ChemComp-ADP / ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / ADP / アデノシン二リン酸分子量: 427.201 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₀H₁₅N₅O₁₀P₂ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: ADP, エネルギー貯蔵分子*YM
#3: 化合物	ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン / 硫酸塩分子量: 96.063 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#5: 水	ChemComp-HOH / water / 水分子量: 18.015 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.8 Å³/Da / 溶媒含有率: 56.01 %
結晶化	温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6 詳細: 200 mM Lithium sulfate, 100 mM MES pH 6, 20% (w/v) PEG 4000; 5 mM ADP and 50 mM magnesium chloride in protein solution

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Australian Synchrotron / ビームライン: MX2 / 波長: 0.95364 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年4月17日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.95364 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.97→48.35 Å / Num. obs: 27977 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 26.3 % / CC_1/2: 1 / R_merge(I) obs: 0.066 / R_pim(I) all: 0.013 / R_rim(I) all: 0.067 / Χ²: 0.97 / Net I/σ(I): 33 / Num. measured all: 734995
反射シェル	解像度: 2.97→3.15 Å / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 25.7 % / R_merge(I) obs: 1.301 / Num. measured all: 113359 / Num. unique obs: 4412 / CC_1/2: 0.902 / R_pim(I) all: 0.259 / R_rim(I) all: 1.327 / Χ²: 0.88 / Net I/σ(I) obs: 3.2

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0405	精密化
Aimless		データスケーリング
XDS		データ削減
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.97→48.35 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.943 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.926 / SU B: 23.384 / SU ML: 0.417 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.453 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2958	1377	4.922 %	RANDOM
R_work	0.2434	26598	-	-
all	0.246	-	-	-
obs	-	27975	99.911 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 120.335 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	2.644 Å²	0 Å²	-0 Å²
2-	-	2.644 Å²	0 Å²
3-	-	-	-5.288 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.97→48.35 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	6785	0	58	5	6848

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.002	0.012	6992
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.016	6680
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	0.814	1.647	9493
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.286	1.563	15397
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.153	5	853
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	3.018	5	46
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_other_2_deg	0.005	5	1
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	13.639	10	1212
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_6_deg	10.678	10	317
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.04	0.2	1081
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr_other	0.008	0.2	1
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.003	0.02	8078
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	1559
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.196	0.2	1588
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.181	0.2	6697
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.171	0.2	3450
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.073	0.2	3583
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.127	0.2	143
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_other	0.005	0.2	1
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.151	0.2	8
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.16	0.2	48
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	5.323	11.969	3421
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	5.322	11.969	3421
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	8.683	21.527	4271
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	8.682	21.528	4272
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	4.603	12.442	3571
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	4.579	12.429	3544
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	7.794	22.79	5222
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	7.786	22.767	5187
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	12.294	111.978	7777
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	12.275	111.983	7775

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.97-3.047	0.477	95	0.368	1927	X-RAY DIFFRACTION	99.4589
3.047-3.13	0.402	96	0.351	1843	X-RAY DIFFRACTION	99.9485
3.13-3.22	0.382	95	0.347	1794	X-RAY DIFFRACTION	100
3.22-3.319	0.372	101	0.346	1769	X-RAY DIFFRACTION	100
3.319-3.427	0.37	78	0.306	1742	X-RAY DIFFRACTION	100
3.427-3.547	0.342	84	0.292	1680	X-RAY DIFFRACTION	100
3.547-3.68	0.35	80	0.294	1596	X-RAY DIFFRACTION	100
3.68-3.829	0.376	84	0.287	1541	X-RAY DIFFRACTION	100
3.829-3.999	0.344	77	0.262	1497	X-RAY DIFFRACTION	100
3.999-4.192	0.3	84	0.251	1416	X-RAY DIFFRACTION	100
4.192-4.417	0.308	74	0.237	1384	X-RAY DIFFRACTION	100
4.417-4.683	0.248	66	0.219	1304	X-RAY DIFFRACTION	100
4.683-5.003	0.291	65	0.215	1233	X-RAY DIFFRACTION	100
5.003-5.399	0.296	59	0.229	1148	X-RAY DIFFRACTION	100
5.399-5.907	0.341	61	0.264	1061	X-RAY DIFFRACTION	100
5.907-6.592	0.382	43	0.243	1002	X-RAY DIFFRACTION	100
6.592-7.588	0.265	48	0.208	869	X-RAY DIFFRACTION	100
7.588-9.237	0.187	41	0.157	761	X-RAY DIFFRACTION	100
9.237-12.831	0.182	28	0.162	621	X-RAY DIFFRACTION	99.8462
12.831-48.35	0.281	18	0.31	410	X-RAY DIFFRACTION	99.7669

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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