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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8sxl | ||||||||||||||||||||||||||||
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タイトル | RNA UU template binding to AMP monomer | ||||||||||||||||||||||||||||
要素 | RNA (5'-R(*キーワード | RNA (リボ核酸) / AMP | 機能・相同性 | アデニル酸 / リボ核酸 / RNA (> 10) | 機能・相同性情報 生物種 | synthetic construct (人工物) | 手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.9 Å | データ登録者 | Zhang, W. / Dantsu, Y. | 資金援助 | 1件 |
引用 | ジャーナル: Rsc Chem Biol / 年: 2023 | タイトル: Insight into the structures of unusual base pairs in RNA complexes containing a primer/template/adenosine ligand. 著者: Dantsu, Y. / Zhang, Y. / Zhang, W. 履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 8sxl.cif.gz | 30.7 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb8sxl.ent.gz | 19.6 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 8sxl.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/sx/8sxl ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/sx/8sxl | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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-要素
#1: RNA鎖 | 分子量: 4485.732 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物) #2: 化合物 | #3: 水 | ChemComp-HOH / | 研究の焦点であるリガンドがあるか | Y | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.36 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.8 % |
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結晶化 | 温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7 詳細: 10% v/v MPD, 0.040 M sodium cacodylate trihydrate, pH 7.0, 0.012 M spermine tetrahydrochloride, 0.020 M magnesium chloride hexahydrate |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 99 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-F / 波長: 0.9785 Å |
検出器 | タイプ: MAR CCD 130 mm / 検出器: CCD / 日付: 2021年3月14日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9785 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.9→50 Å / Num. obs: 7680 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 14.1 % / CC1/2: 0.981 / Rmerge(I) obs: 0.087 / Χ2: 0.525 / Net I/σ(I): 28.9 |
反射 シェル | 解像度: 1.9→1.97 Å / 冗長度: 9.1 % / Rmerge(I) obs: 0.501 / Mean I/σ(I) obs: 3.5 / Num. unique obs: 737 / CC1/2: 0.911 / CC star: 0.976 / Χ2: 0.848 / % possible all: 100 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: PDB entry 8SWG 解像度: 1.9→37.99 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.956 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.941 / SU B: 3.556 / SU ML: 0.1 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.165 / ESU R Free: 0.156 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 30.881 Å2
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精密化ステップ | サイクル: 1 / 解像度: 1.9→37.99 Å
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拘束条件 |
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