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Yorodumi- PDB-8su4: F198S epi-Isozizaene Synthase: complex with 3 Mg2+, inorganic pyr... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 8su4 | ||||||
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Title | F198S epi-Isozizaene Synthase: complex with 3 Mg2+, inorganic pyrophosphate, and benzyl triethyl ammonium cation | ||||||
Components | Epi-isozizaene synthase | ||||||
Keywords | LYASE / Terpene / Terpenoid / Isoprenoid / Terpene cyclase / Terpene synthase | ||||||
Function / homology | Function and homology information epi-isozizaene synthase / epi-isozizaene synthase activity / terpene synthase activity / metal ion binding Similarity search - Function | ||||||
Biological species | Streptomyces coelicolor A3 | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 1.43 Å | ||||||
Authors | Eaton, S.A. / Christianson, D.W. | ||||||
Funding support | United States, 1items
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Citation | Journal: Biochemistry / Year: 2023 Title: Reprogramming the Cyclization Cascade of epi -Isozizaene Synthase to Generate Alternative Terpene Products. Authors: Eaton, S.A. / Christianson, D.W. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 8su4.cif.gz | 191.6 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb8su4.ent.gz | 123.4 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 8su4.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/su/8su4 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/su/8su4 | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Related structure data | 8su0C 8su1C 8su2C 8su3C 8su5C C: citing same article (ref.) |
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Similar structure data | Similarity search - Function & homologyF&H Search |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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Unit cell |
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-Components
-Protein , 1 types, 1 molecules A
#1: Protein | Mass: 43655.918 Da / Num. of mol.: 1 / Mutation: F198S Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Streptomyces coelicolor A3(2) (bacteria) Gene: cyc1, SCO5222, SC7E4.19 / Production host: Escherichia coli BL21(DE3) (bacteria) / References: UniProt: Q9K499, epi-isozizaene synthase |
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-Non-polymers , 6 types, 214 molecules
#2: Chemical | ChemComp-SO4 / | ||||||||
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#3: Chemical | #4: Chemical | #5: Chemical | ChemComp-POP / | #6: Chemical | ChemComp-BTM / | #7: Water | ChemComp-HOH / | |
-Details
Has ligand of interest | Y |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.14 Å3/Da / Density % sol: 42.48 % |
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Crystal grow | Temperature: 294 K / Method: vapor diffusion, sitting drop Details: 100 mM Bis-Tris (pH 6.4), 200 mM (NH4)2SO4, 28% (w/v) PEG 3350 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: APS / Beamline: 24-ID-C / Wavelength: 0.979 Å |
Detector | Type: DECTRIS PILATUS 6M-F / Detector: PIXEL / Date: Jun 8, 2022 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.979 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 1.43→75.13 Å / Num. obs: 67562 / % possible obs: 98.9 % / Redundancy: 3.3 % / Biso Wilson estimate: 20 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.038 / Net I/σ(I): 15.7 |
Reflection shell | Resolution: 1.43→1.45 Å / Rmerge(I) obs: 0.806 / Mean I/σ(I) obs: 1.5 / Num. unique obs: 3292 / CC1/2: 0.719 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 1.43→75.13 Å / SU ML: 0.1616 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / Phase error: 25.3947 / Stereochemistry target values: CDL v1.2
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 30.89 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 1.43→75.13 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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