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Yorodumi- PDB-8std: S127A variant of LarB, a carboxylase/hydrolase involved in synthe... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 8std | |||||||||
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Title | S127A variant of LarB, a carboxylase/hydrolase involved in synthesis of the cofactor for lactate racemase, in complex with authentic substrate NaAD and soaked with CS2 | |||||||||
Components | Pyridinium-3,5-biscarboxylic acid mononucleotide synthase | |||||||||
Keywords | LYASE / Carboxylase / Hydrolase / LYASE (CARBON-CARBON) | |||||||||
Function / homology | Function and homology information pyridinium-3,5-biscarboxylic acid mononucleotide synthase / 'de novo' IMP biosynthetic process / transferase activity / hydrolase activity / plasma membrane Similarity search - Function | |||||||||
Biological species | Lactiplantibacillus plantarum WCFS1 (bacteria) | |||||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 2.65 Å | |||||||||
Authors | Chatterjee, S. / Rankin, J.A. / Hu, J. / Hausinger, R.P. | |||||||||
Funding support | United States, 2items
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Citation | Journal: Biochemistry / Year: 2023 Title: Structure of the LarB-Substrate Complex and Identification of a Reaction Intermediate during Nickel-Pincer Nucleotide Cofactor Biosynthesis. Authors: Chatterjee, S. / Nevarez, J.L. / Rankin, J.A. / Hu, J. / Hausinger, R.P. | |||||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 8std.cif.gz | 459 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb8std.ent.gz | 380.3 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 8std.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/st/8std ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/st/8std | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Related structure data | 8soqC C: citing same article (ref.) |
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Similar structure data | Similarity search - Function & homologyF&H Search |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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Unit cell |
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-Components
#1: Protein | Mass: 26494.227 Da / Num. of mol.: 6 / Mutation: S127A Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Lactiplantibacillus plantarum WCFS1 (bacteria) Strain: ATCC BAA-793 / NCIMB 8826 / WCFS1 / Gene: larB, lp_0105 / Production host: Escherichia coli BL21(DE3) (bacteria) References: UniProt: F9UST0, pyridinium-3,5-biscarboxylic acid mononucleotide synthase #2: Chemical | ChemComp-MG / #3: Chemical | ChemComp-DND / Has ligand of interest | Y | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.38 Å3/Da / Density % sol: 48.24 % |
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Crystal grow | Temperature: 277 K / Method: vapor diffusion, sitting drop Details: 100 mM magnesium formate, 20% w/v PEG 3350, 2 mM nitrilotriacetic acid neutralized to a pH of ~7.5 with sodium hydroxide, and 0.7 mM zinc sulfate, 10 mM EDTA, 10 mM Nicotinic acid adenine ...Details: 100 mM magnesium formate, 20% w/v PEG 3350, 2 mM nitrilotriacetic acid neutralized to a pH of ~7.5 with sodium hydroxide, and 0.7 mM zinc sulfate, 10 mM EDTA, 10 mM Nicotinic acid adenine dinucleotide sodium salt, soaked with ~10-15% Carbon disulfide for 20 minutes during freezing |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: APS / Beamline: 21-ID-D / Wavelength: 1.5498 Å |
Detector | Type: DECTRIS EIGER X 9M / Detector: PIXEL / Date: Nov 3, 2022 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 1.5498 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 2.65→84.03 Å / Num. obs: 44856 / % possible obs: 100 % / Redundancy: 6.7 % / CC1/2: 0.983 / Net I/σ(I): 6.5 |
Reflection shell | Resolution: 2.65→2.75 Å / Mean I/σ(I) obs: 1.1 / Num. unique obs: 4607 / CC1/2: 0.38 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 2.65→78.96 Å / SU ML: 0.44 / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / Phase error: 29.58 / Stereochemistry target values: ML
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.65→78.96 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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