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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8srm | |||||||||
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タイトル | Structure of human ULK1 complex core (2:2:2 stoichiometry) of the ATG13(450-517) mutant | |||||||||
要素 |
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キーワード | IMMUNE SYSTEM (免疫系) / Autophagy (オートファジー) / Protein kinase (プロテインキナーゼ) / Complex | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 omegasome membrane / regulation of protein lipidation / neuron projection regeneration / glycophagy / ribophagy / negative regulation of collateral sprouting / Atg1/ULK1 kinase complex / response to mitochondrial depolarisation / positive regulation of autophagosome assembly / nucleophagy ...omegasome membrane / regulation of protein lipidation / neuron projection regeneration / glycophagy / ribophagy / negative regulation of collateral sprouting / Atg1/ULK1 kinase complex / response to mitochondrial depolarisation / positive regulation of autophagosome assembly / nucleophagy / protein localization to phagophore assembly site / phagophore assembly site membrane / piecemeal microautophagy of the nucleus / RAB GEFs exchange GTP for GDP on RABs / regulation of tumor necrosis factor-mediated signaling pathway / axon extension / phagophore assembly site / reticulophagy / TBC/RABGAPs / positive regulation of protein targeting to mitochondrion / オートファジー / Receptor Mediated Mitophagy / response to starvation / autophagosome membrane / cellular response to nutrient levels / マイトファジー / autophagosome assembly / positive regulation of cell size / オートファゴソーム / regulation of macroautophagy / negative regulation of protein-containing complex assembly / positive regulation of autophagy / protein-membrane adaptor activity / extrinsic apoptotic signaling pathway / protein serine/threonine kinase activator activity / liver development / negative regulation of extrinsic apoptotic signaling pathway / Regulation of TNFR1 signaling / オートファジー / positive regulation of JNK cascade / peptidyl-threonine phosphorylation / protein localization / recycling endosome / オートファジー / small GTPase binding / neuron projection development / GTPase binding / heart development / peptidyl-serine phosphorylation / 核膜 / mitochondrial outer membrane / protein autophosphorylation / リソソーム / molecular adaptor activity / non-specific serine/threonine protein kinase / positive regulation of protein phosphorylation / 細胞周期 / 神経繊維 / negative regulation of cell population proliferation / protein phosphorylation / protein serine kinase activity / protein serine/threonine kinase activity / protein-containing complex binding / endoplasmic reticulum membrane / protein kinase binding / シグナル伝達 / ミトコンドリア / ATP binding / identical protein binding / 細胞質基質 / 細胞質 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | |||||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4.46 Å | |||||||||
データ登録者 | Chen, M. / Hurley, J.H. | |||||||||
資金援助 | 米国, 2件
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引用 | ジャーナル: bioRxiv タイトル: Structure and activation of the human autophagy-initiating ULK1C:PI3KC3-C1 supercomplex 著者: Chen, M. / Ren, X. / Cook, A. / Hurley, J.H. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 8srm.cif.gz | 179.9 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb8srm.ent.gz | 119.5 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 8srm.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/sr/8srm ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/sr/8srm | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | 40735MC 8soiC 8sorC 8sqzC 8srqC C: 同じ文献を引用 (文献) M: このデータのモデリングに利用したマップデータ |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 73325.633 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: RB1CC1, KIAA0203, RBICC / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q8TDY2 #2: タンパク質 | 分子量: 24190.145 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: ULK1, KIAA0722 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) 参照: UniProt: O75385, non-specific serine/threonine protein kinase #3: タンパク質 | 分子量: 8150.997 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: ATG13, KIAA0652 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: O75143 |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-試料調製
構成要素 | 名称: Human autophagy initiation ULK1 complex core / タイプ: COMPLEX / Entity ID: all / 由来: RECOMBINANT | |||||||||||||||||||||||||
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分子量 | 値: 0.21 MDa / 実験値: YES | |||||||||||||||||||||||||
由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) | |||||||||||||||||||||||||
由来(組換発現) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) | |||||||||||||||||||||||||
緩衝液 | pH: 7.5 | |||||||||||||||||||||||||
緩衝液成分 |
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試料 | 濃度: 0.35 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES | |||||||||||||||||||||||||
試料支持 | 詳細: 25 mA / グリッドの材料: COPPER / グリッドのサイズ: 300 divisions/in. / グリッドのタイプ: Quantifoil R1.2/1.3 | |||||||||||||||||||||||||
急速凍結 | 装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 277 K |
-電子顕微鏡撮影
実験機器 | モデル: Talos Arctica / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TALOS ARCTICA |
電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 200 kV / 照射モード: FLOOD BEAM |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / 倍率(公称値): 36000 X / 最大 デフォーカス(公称値): 2000 nm / 最小 デフォーカス(公称値): 800 nm / Cs: 2.7 mm / C2レンズ絞り径: 50 µm |
試料ホルダ | 凍結剤: NITROGEN |
撮影 | 電子線照射量: 50 e/Å2 / フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 2286 |
-解析
EMソフトウェア |
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CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
粒子像の選択 | 選択した粒子像数: 968884 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 4.46 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 148675 / クラス平均像の数: 1 / 対称性のタイプ: POINT | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子モデル構築 | プロトコル: AB INITIO MODEL / 空間: REAL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子モデル構築 | Source name: AlphaFold / タイプ: in silico model | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
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