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Yorodumi- PDB-8snj: Crystal Structure of ArnB Transferase from Klebsiella aerogenes (... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 8snj | |||||||||
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Title | Crystal Structure of ArnB Transferase from Klebsiella aerogenes (Lattice Translocation Disorder, P1 form) | |||||||||
Components | UDP-4-amino-4-deoxy-L-arabinose--oxoglutarate aminotransferase | |||||||||
Keywords | TRANSFERASE / SSGCID / STRUCTURAL GENOMICS / SEATTLE STRUCTURAL GENOMICS CENTER FOR INFECTIOUS DISEASE / OXIDOREDUCTASE / ArnB Transferase | |||||||||
Function / homology | Function and homology information UDP-4-amino-4-deoxy-L-arabinose aminotransferase / UDP-4-amino-4-deoxy-L-arabinose aminotransferase / lipopolysaccharide biosynthetic process / lipid A biosynthetic process / response to antibiotic Similarity search - Function | |||||||||
Biological species | Klebsiella aerogenes KCTC 2190 (bacteria) | |||||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 1.75 Å | |||||||||
Authors | Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease (SSGCID) | |||||||||
Funding support | United States, 2items
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Citation | Journal: To be published Title: Crystal Structure of ArnB Transferase from Klebsiella aerogenes (Lattice Translocation Disorder, P1 form) Authors: Liu, L. / Lovell, S. / Battaile, K.P. / Cooper, A. | |||||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 8snj.cif.gz | 855.4 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb8snj.ent.gz | 715.7 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 8snj.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/sn/8snj ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/sn/8snj | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Similar structure data | Similarity search - Function & homologyF&H Search |
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-Links
-Assembly
Deposited unit |
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3 |
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Unit cell |
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-Components
#1: Protein | Mass: 42563.484 Da / Num. of mol.: 6 / Mutation: E3D Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Klebsiella aerogenes KCTC 2190 (bacteria) Strain: ATCC 13048 / DSM 30053 / CCUG 1429 / JCM 1235 / KCTC 2190 / NBRC 13534 / NCIMB 10102 / NCTC 10006 / CDC 819-56 Gene: arnB / Plasmid: KlaeA.17333.b.B1 / Production host: Escherichia coli BL21(DE3) (bacteria) / Strain (production host): BL21(DE3) / References: UniProt: A0A0H3FL22 #2: Chemical | ChemComp-PLP / #3: Chemical | ChemComp-TRS / #4: Chemical | ChemComp-MPD / ( | #5: Water | ChemComp-HOH / | Has ligand of interest | Y | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.4 Å3/Da / Density % sol: 48.71 % |
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Crystal grow | Temperature: 291 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 8.5 Details: Proplex H12: 15% Ethanol, 5% MPD, 0.1M Tris pH 8.5, 0.1 M NaCl, KlaeA.17333.b.B1.PW39179 at 27 mg/mL. Plate: 13222, well H12 drop 2. Puck: PSL-1009, Cryo: CRYO: 50% Crystallant + 50% MPD. ...Details: Proplex H12: 15% Ethanol, 5% MPD, 0.1M Tris pH 8.5, 0.1 M NaCl, KlaeA.17333.b.B1.PW39179 at 27 mg/mL. Plate: 13222, well H12 drop 2. Puck: PSL-1009, Cryo: CRYO: 50% Crystallant + 50% MPD. 2mM PLP added prior to crystallization. Partial occupanyc of PLP-Lys182 adduct and PLP-Tris adduct. The structure factors were corrected for lattice translocation disorder which caused initial high Rfactors (~25%) PH range: ' |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: NSLS-II / Beamline: 19-ID / Wavelength: 0.9795 Å |
Detector | Type: DECTRIS EIGER2 XE 9M / Detector: PIXEL / Date: Feb 14, 2022 |
Radiation | Monochromator: Double Crystal Si 111 / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.9795 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 1.75→152.23 Å / Num. obs: 231980 / % possible obs: 96.9 % / Redundancy: 3.6 % / CC1/2: 0.997 / Rmerge(I) obs: 0.114 / Rpim(I) all: 0.07 / Rrim(I) all: 0.134 / Χ2: 0.95 / Net I/σ(I): 5.3 / Num. measured all: 839200 |
Reflection shell | Resolution: 1.75→1.8 Å / % possible obs: 95.7 % / Redundancy: 3.7 % / Rmerge(I) obs: 0.764 / Num. measured all: 62709 / Num. unique obs: 16941 / CC1/2: 0.872 / Rpim(I) all: 0.46 / Rrim(I) all: 0.893 / Χ2: 0.94 / Net I/σ(I) obs: 1.5 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 1.75→66 Å / SU ML: 0.22 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.96 / Phase error: 30.26 / Stereochemistry target values: ML Details: Lattice-translocation disorder correction notes: Native Patterson shows four off-origin peaks. With strength relative to origin Patterson peak were observed. Due to strong tNCS associating ...Details: Lattice-translocation disorder correction notes: Native Patterson shows four off-origin peaks. With strength relative to origin Patterson peak were observed. Due to strong tNCS associating with space group symmetry, the correction could not cancel the off-origin Patterson peaks completely but lowered them. The correction was found to me mostly related to the second vector. At 1.75 A, after correction, the Final Rwork and Rfree went down to 0.2052 / 0.2293 (work / free). Without correction, the Rwork and Rfree, were paused at 0.2532 and 0.2849, respectively.
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.1 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 1.75→66 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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