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- PDB-8sj5: Walnut Tree Phytocystatin -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8sj5
タイトルWalnut Tree Phytocystatin
要素Cysteine proteinase inhibitorシステイン
キーワードPROTEIN BINDING (タンパク質) / Cystatin / Protease Inhibitor (プロテアーゼ阻害剤) / regulatory
機能・相同性Aspartic acid proteinase inhibitor / Cystatin / Proteinase inhibitor I25, cystatin, conserved site / Cysteine proteases inhibitors signature. / Cystatin-like domain / Cystatin domain / Cystatin superfamily / cysteine-type endopeptidase inhibitor activity / Cysteine proteinase inhibitor
機能・相同性情報
生物種Juglans regia (シナノグルミ)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 3.1 Å
データ登録者Valadares, N.F.
資金援助 ブラジル, 2件
組織認可番号国
Other government00193-00001131/2021-91 ブラジル
Other government193.001.668/2017 ブラジル
引用ジャーナル: Biochim Biophys Acta Proteins Proteom / 年: 2023
タイトル: Crystal structure and interconversion of monomers and domain-swapped dimers of the walnut tree phytocystatin.
著者: Simpson, G.A. / Rezende, I.F. / da Silva Peixoto, A. / de Oliveira Soares, I.B. / Barbosa, J.A.R.G. / de Freitas, S.M. / Valadares, N.F.
履歴
登録2023年4月17日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02023年12月20日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年12月27日Group: Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.journal_volume

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Cysteine proteinase inhibitor
C: Cysteine proteinase inhibitor
B: Cysteine proteinase inhibitor
D: Cysteine proteinase inhibitor


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)45,4514
ポリマ－45,4514
非ポリマー00
水0
1
A: Cysteine proteinase inhibitor
B: Cysteine proteinase inhibitor


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)22,7262
ポリマ－22,7262
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4110 Å2
ΔGint-32 kcal/mol
Surface area10400 Å2
手法PISA
2
C: Cysteine proteinase inhibitor
D: Cysteine proteinase inhibitor


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)22,7262
ポリマ－22,7262
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4090 Å2
ΔGint-34 kcal/mol
Surface area10280 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)106.767, 79.346, 63.914
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 108.110, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Space group name HallC2y
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -x,y,-z
#3: x+1/2,y+1/2,z
#4: -x+1/2,y+1/2,-z

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要素

#1: タンパク質
Cysteine proteinase inhibitor / システイン


分子量: 11362.795 Da / 分子数: 4 / 変異: D11N / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Juglans regia (シナノグルミ) / 遺伝子: LOC109000616 / プラスミド: pET-24a / 詳細 (発現宿主): between NdeI and XhoI / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A2I4FN75

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.83 Å3/Da / 溶媒含有率: 56.55 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.4
詳細: 38 % v/v PEG 300, 0.2 M Na2HPO4, 0.1 M citric acid and pH 4.4

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: BRUKER X8 PROTEUM / 波長: 1.54184 Å
検出器タイプ: Bruker PHOTON II / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年12月12日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.54184 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.1→46.74 Å / Num. obs: 9197 / % possible obs: 98.51 % / 冗長度: 2 % / Biso Wilson estimate: 58.47 Å2 / CC1/2: 0.996 / Net I/σ(I): 7.2
反射 シェル解像度: 3.104→3.215 Å / Num. unique obs: 904 / CC1/2: 0.723 / CC star: 0.916 / % possible all: 96.99

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
XDS20190806データ削減
PHENIX1.20.1_4487精密化
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 3.1→46.74 Å / SU ML: 0.4341 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 35.3961
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2986 460 5.03 %
Rwork0.2877 8685 -
obs0.2883 9145 98.57 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 54.57 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.1→46.74 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2645 0 0 0 2645
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00342697
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.72833636
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0466404
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0035455
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d6.3868336
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
3.1-3.550.33611520.30842865X-RAY DIFFRACTION98.47
3.55-4.480.27641530.29152903X-RAY DIFFRACTION99.09
4.48-46.740.29541550.27472917X-RAY DIFFRACTION98.15

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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