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Yorodumi- PDB-8sic: Crystal structure of Epstein-Barr virus glycoprotein 350 (gp350) ... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 8sic | ||||||
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Title | Crystal structure of Epstein-Barr virus glycoprotein 350 (gp350) in complex with Cy137C02, a monoclonal antibody isolated from macaques immunized with a gp350 nanoparticle vaccine | ||||||
Components |
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Keywords | VIRAL PROTEIN/IMMUNE SYSTEM / viral protein / envelope glycoprotein / monoclonal antibody / antiviral / immune system / macaques / Epstein-Barr virus / VIRAL PROTEIN-IMMUNE SYSTEM complex | ||||||
Function / homology | Function and homology information | ||||||
Biological species | Macaca fascicularis (crab-eating macaque) Human herpesvirus 4 (Epstein-Barr virus) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 2.76 Å | ||||||
Authors | Joyce, M.G. / Jensen, J.L. / Chen, W.H. / Kanekiyo, M. | ||||||
Funding support | United States, 1items
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Citation | Journal: To Be Published Title: Crystal structure of Epstein-Barr virus glycoprotein 350 (gp350) in complex with Cy137C02, a monoclonal antibody isolated from macaques immunized with a gp350 nanoparticle vaccine Authors: Joyce, M.G. / Jensen, J.L. / Chen, W.H. / Kanekiyo, M. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 8sic.cif.gz | 671.2 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb8sic.ent.gz | 562.8 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 8sic.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/si/8sic ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/si/8sic | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Similar structure data | Similarity search - Function & homologyF&H Search |
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-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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2 |
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Unit cell |
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Components on special symmetry positions |
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-Components
-Antibody , 2 types, 4 molecules AHBL
#1: Antibody | Mass: 23805.807 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Macaca fascicularis (crab-eating macaque) Cell line (production host): Expi293 / Production host: Homo sapiens (human) #2: Antibody | Mass: 22806.154 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Macaca fascicularis (crab-eating macaque) Cell line (production host): Expi293 / Production host: Homo sapiens (human) |
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-Protein / Sugars , 2 types, 19 molecules EG
#3: Protein | Mass: 46895.230 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Human herpesvirus 4 (Epstein-Barr virus) Strain: strain B95-8 / Gene: BLLF1 / Cell line (production host): Expi293F / Production host: Homo sapiens (human) / References: UniProt: P03200 #4: Sugar | ChemComp-NAG / |
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-Non-polymers , 2 types, 118 molecules
#5: Chemical | #6: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Details
Has ligand of interest | N |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.66 Å3/Da / Density % sol: 53.82 % |
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Crystal grow | Temperature: 291 K / Method: vapor diffusion, hanging drop Details: 18% PEG 8000, 0.22 M sodium acetate, 0.1 M sodium cacodylate pH 6.5 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: APS / Beamline: 24-ID-E / Wavelength: 0.9792 Å |
Detector | Type: DECTRIS EIGER X 16M / Detector: PIXEL / Date: Nov 18, 2017 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.9792 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 2.76→71.43 Å / Num. obs: 51461 / % possible obs: 99.9 % / Redundancy: 8.3 % / Rmerge(I) obs: 0.106 / Net I/σ(I): 15.5 |
Reflection shell | Resolution: 2.76→2.91 Å / Rmerge(I) obs: 1.213 / Mean I/σ(I) obs: 2 / Num. unique obs: 2338 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: in-house structure of gp350 in a complex with a receptor fragment Resolution: 2.76→71.38 Å / SU ML: 0.53 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / Phase error: 32.69 / Stereochemistry target values: ML
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.1 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.76→71.38 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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