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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8sgn | ||||||
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タイトル | Crystal structure of Epstein-Barr virus glycoprotein 350 (gp350) in complex with Cy651H02, a monoclonal antibody isolated from macaques immunized with a gp350 nanoparticle vaccine | ||||||
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機能・相同性 | ![]() | ||||||
生物種 | ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Joyce, M.G. / Jensen, J.L. / Chen, W.H. / Kanekiyo, M. | ||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Crystal structure of Epstein-Barr virus glycoprotein 350 (gp350) in complex with Cy651H02, a monoclonal antibody isolated from macaques immunized with a gp350 nanoparticle vaccine 著者: Joyce, M.G. / Jensen, J.L. / Chen, W.H. / Kanekiyo, M. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 350.9 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 284.2 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性 ![]() |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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要素
-タンパク質 , 1種, 1分子 G
#3: タンパク質 | 分子量: 46895.230 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() 株: B95-8 / 遺伝子: BLLF1 / 細胞株 (発現宿主): Expi293 / 発現宿主: ![]() ![]() |
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-抗体 , 2種, 2分子 LH
#1: 抗体 | 分子量: 22490.738 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() 細胞株 (発現宿主): Expi293 / 発現宿主: ![]() ![]() |
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#2: 抗体 | 分子量: 23765.705 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() 細胞株 (発現宿主): Expi293 / 発現宿主: ![]() ![]() |
-糖 , 2種, 10分子 ![](data/chem/img/NAG.gif)
#4: 多糖 | alpha-L-fucopyranose-(1-6)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose![]() |
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#7: 糖 | ChemComp-NAG / ![]() |
-非ポリマー , 3種, 321分子 ![](data/chem/img/EDO.gif)
![](data/chem/img/TRS.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
![](data/chem/img/TRS.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
#5: 化合物 | ChemComp-EDO / ![]() #6: 化合物 | ChemComp-TRS / ![]() #8: 水 | ChemComp-HOH / | ![]() |
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-詳細
研究の焦点であるリガンドがあるか | N |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.48 Å3/Da / 溶媒含有率: 64.65 % |
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結晶化![]() | 温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 1.72M ammonium sulfate, 0.1M Tris pH 8.0 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年2月25日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長![]() |
反射 | 解像度: 2.2→50 Å / Num. obs: 55717 / % possible obs: 88 % / 冗長度: 2.5 % / Rmerge(I) obs: 0.15 / Net I/σ(I): 6.45 |
反射 シェル | 解像度: 2.2→2.28 Å / 冗長度: 1.4 % / Rmerge(I) obs: 0.368 / Mean I/σ(I) obs: 1.41 / Num. unique obs: 1165 / % possible all: 45.7 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法![]() ![]()
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.2→32.92 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ |
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