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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 8sfv | ||||||
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Title | High affinity nanobodies to GFP | ||||||
![]() |
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Function / homology | Green fluorescent protein, GFP / Green fluorescent protein-related / ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() | ||||||
Biological species | ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() | ||||||
Method | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Ketaren, N.E. / Rout, M.P. / Bonanno, J.B. / Almo, S.C. | ||||||
Funding support | ![]()
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![]() | ![]() Title: High affinity nanobodies to GFP Authors: Ketaren, N.E. / Rout, M.P. / Almo, S. | ||||||
History |
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Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
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Downloads & links
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Download
PDBx/mmCIF format | ![]() | 228.7 KB | Display | ![]() |
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PDB format | ![]() | 184.6 KB | Display | ![]() |
PDBx/mmJSON format | ![]() | Tree view | ![]() | |
Others | ![]() |
-Validation report
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Related structure data | |
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Similar structure data | Similarity search - Function & homology ![]() |
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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1 |
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Unit cell |
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Components on special symmetry positions |
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Components
-Protein , 2 types, 2 molecules AB
#1: Protein | ![]() Mass: 28794.396 Da / Num. of mol.: 1 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() |
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#2: Protein | Mass: 15547.265 Da / Num. of mol.: 1 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() |
-Non-polymers , 4 types, 189 molecules ![](data/chem/img/GOL.gif)
![](data/chem/img/SO4.gif)
![](data/chem/img/NA.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
![](data/chem/img/SO4.gif)
![](data/chem/img/NA.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
#3: Chemical | ![]() #4: Chemical | ChemComp-SO4 / ![]() #5: Chemical | ChemComp-NA / #6: Water | ChemComp-HOH / | ![]() |
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-Details
Has ligand of interest | N |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 3.38 Å3/Da / Density % sol: 63.62 % |
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Crystal grow![]() | Temperature: 294 K / Method: vapor diffusion, sitting drop Details: 0.2 M lithium sulphate, 0.1 M tris pH 7.0, 1 M potassium sodium tartrate |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: ADSC QUANTUM 315r / Detector: CCD / Date: Nov 17, 2012 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength![]() | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 1.83→50 Å / Num. obs: 107447 / % possible obs: 99.6 % / Redundancy: 7.5 % / Rmerge(I) obs: 0.08 / Χ2: 1.652 / Net I/σ(I): 9.8 / Num. measured all: 805788 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell |
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Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure![]() ![]()
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 1.83→41.25 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Origin x: -3.7565 Å / Origin y: -19.2387 Å / Origin z: -23.0215 Å
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Refinement TLS group | Selection details: all |