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- PDB-8sbf: Full-length structure of the LysR-type transcriptional regulator,... -
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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 8sbf | ||||||
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Title | Full-length structure of the LysR-type transcriptional regulator, ACIAD0746, from Acinetobacter baylyi | ||||||
![]() | Putative transcriptional regulator (LysR family) | ||||||
![]() | ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() | ||||||
Function / homology | LysR, substrate-binding / LysR substrate binding domain / LysR-type HTH domain profile. / Transcription regulator HTH, LysR / Bacterial regulatory helix-turn-helix protein, lysR family / Winged helix DNA-binding domain superfamily / DNA-binding transcription factor activity / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily / Putative transcriptional regulator (LysR family)![]() | ||||||
Biological species | ![]() ![]() | ||||||
Method | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Momany, C. / Nune, M. / Brondani, J.C. / Afful, D. / Neidle, E. / Galloway, N.R. | ||||||
Funding support | ![]()
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![]() | ![]() Title: FinR, a LysR-type transcriptional regulator involved in sulfur homeostasis with homologs in diverse microorganisms Authors: Momany, C. / Nune, M. / Brondani, J.C. / Afful, D. / Neidle, E. / Galloway, N.R. | ||||||
History |
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Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
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Downloads & links
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Download
PDBx/mmCIF format | ![]() | 833.3 KB | Display | ![]() |
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PDB format | ![]() | 584.8 KB | Display | ![]() |
PDBx/mmJSON format | ![]() | Tree view | ![]() | |
Others | ![]() |
-Validation report
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Related structure data | ![]() 8sbhC C: citing same article ( |
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Similar structure data | Similarity search - Function & homology ![]() |
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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1 |
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Unit cell |
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Components
#1: Protein | Mass: 33478.625 Da / Num. of mol.: 4 Source method: isolated from a genetically manipulated source Details: Polyhistidine purification tag added to C-terminus / Source: (gene. exp.) ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() #2: Chemical | #3: Chemical | ChemComp-MG / #4: Chemical | ![]() #5: Water | ChemComp-HOH / | ![]() Has ligand of interest | N | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.46 Å3/Da / Density % sol: 50.04 % |
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Crystal grow![]() | Temperature: 297 K / Method: microbatch / pH: 7.5 Details: ACIAD0746 was dialyzed against 20 mM TRIS, 500 mM NaCl, 10 mM mercaptolethanol, 10% glycerol, pH 8. 2 microL protein was mixed with 2 microL Hampton Research HR-CSI-23 (0.2 M MgCl2, 0.1 M ...Details: ACIAD0746 was dialyzed against 20 mM TRIS, 500 mM NaCl, 10 mM mercaptolethanol, 10% glycerol, pH 8. 2 microL protein was mixed with 2 microL Hampton Research HR-CSI-23 (0.2 M MgCl2, 0.1 M HEPES pH 7.5, 30% v/v PEG 400) |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: RAYONIX MX300-HS / Detector: CCD / Date: Jun 28, 2012 / Details: Insertion device | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Monochromator: SI(111) / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength![]() | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 2.29→100 Å / Num. obs: 57811 / % possible obs: 99.1 % / Redundancy: 6.6 % / Biso Wilson estimate: 46.3 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.047 / Χ2: 1.582 / Net I/av σ(I): 45.9 / Net I/σ(I): 19.1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell |
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Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure![]() ![]() Stereochemistry target values: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.1 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 69.37 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.29→26.45 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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