[English] 日本語
![](img/lk-miru.gif)
- PDB-8sae: Crystal Structure of Cystathionine beta lyase from Klebsiella aer... -
+
Open data
-
Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 8sae | |||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Title | Crystal Structure of Cystathionine beta lyase from Klebsiella aerogenes, PLP and Hepes bound (C2 form) | |||||||||
![]() | Cystathionine beta-lyase![]() | |||||||||
![]() | ![]() ![]() | |||||||||
Function / homology | ![]() L-cysteine catabolic process to pyruvate / ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() Similarity search - Function | |||||||||
Biological species | ![]() ![]() | |||||||||
Method | ![]() ![]() ![]() | |||||||||
![]() | Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease (SSGCID) | |||||||||
Funding support | ![]()
| |||||||||
![]() | ![]() Title: Crystal Structure of Cystathionine beta lyase from Klebsiella aerogenes, PLP and Hepes bound (C2 form) Authors: Liu, L. / Lovell, S. / Battaile, K.P. / Cooper, A. | |||||||||
History |
|
-
Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
---|
-
Downloads & links
-
Download
PDBx/mmCIF format | ![]() | 330 KB | Display | ![]() |
---|---|---|---|---|
PDB format | ![]() | 272.6 KB | Display | ![]() |
PDBx/mmJSON format | ![]() | Tree view | ![]() | |
Others | ![]() |
-Validation report
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
---|
-Related structure data
Similar structure data | Similarity search - Function & homology ![]() |
---|
-
Links
-
Assembly
Deposited unit | ![]()
| ||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 | ![]()
| ||||||||||||
Unit cell |
| ||||||||||||
Components on special symmetry positions |
|
-
Components
-Protein , 1 types, 2 molecules AB
#1: Protein | ![]() Mass: 44102.242 Da / Num. of mol.: 2 / Mutation: V244I, L360P Source method: isolated from a genetically manipulated source Details: Covalent linkage between LYS 210 NZ atom and PLP C4A Source: (gene. exp.) ![]() ![]() Gene: EAE_03480 / Plasmid: KlaeA.00906.a.1 / Production host: ![]() ![]() ![]() ![]() |
---|
-Non-polymers , 5 types, 564 molecules ![](data/chem/img/PO4.gif)
![](data/chem/img/PLP.gif)
![](data/chem/img/EPE.gif)
![](data/chem/img/MPD.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
![](data/chem/img/PLP.gif)
![](data/chem/img/EPE.gif)
![](data/chem/img/MPD.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
#2: Chemical | ChemComp-PO4 / ![]() #3: Chemical | ![]() #4: Chemical | ![]() #5: Chemical | ChemComp-MPD / ( ![]() #6: Water | ChemComp-HOH / | ![]() |
---|
-Details
Has ligand of interest | Y |
---|
-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
---|
-
Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.58 Å3/Da / Density % sol: 52.29 % |
---|---|
Crystal grow![]() | Temperature: 291 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 7.5 Details: Berkeley F8: 55% MPD, 100 mM HEPES, pH 7.5. KlaeA.00906.a.B1.PW39169 at 41.1 mg/mL. Plate: 13119, well F8 drop 3, Puck: PSL-0911, Cryo: Direct |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N |
---|---|
Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() |
Detector | Type: DECTRIS EIGER2 XE 9M / Detector: PIXEL / Date: Feb 14, 2022 |
Radiation | Monochromator: Double Crystal Si 111 / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength![]() |
Reflection | Resolution: 1.5→79.81 Å / Num. obs: 140067 / % possible obs: 98.5 % / Redundancy: 7 % / CC1/2: 1 / Rmerge(I) obs: 0.069 / Rpim(I) all: 0.028 / Rrim(I) all: 0.074 / Χ2: 1 / Net I/σ(I): 14.6 / Num. measured all: 987158 |
Reflection shell | Resolution: 1.5→1.54 Å / % possible obs: 97 % / Redundancy: 7.2 % / Rmerge(I) obs: 1.447 / Num. measured all: 73152 / Num. unique obs: 10181 / CC1/2: 0.668 / Rpim(I) all: 0.576 / Rrim(I) all: 1.559 / Χ2: 1.02 / Net I/σ(I) obs: 1.5 |
-
Processing
Software |
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Refinement | Method to determine structure![]() ![]()
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.1 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 1.5→79.81 Å
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refine LS restraints |
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
LS refinement shell |
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement TLS group |
|