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Yorodumi- PDB-8sad: Crystal Structure of Cystathionine beta lyase from Klebsiella aer... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 8sad | |||||||||
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Title | Crystal Structure of Cystathionine beta lyase from Klebsiella aerogenes, PLP/Malonate complex (C2 form) | |||||||||
Components | Cystathionine beta-lyase | |||||||||
Keywords | LYASE / SSGCID / STRUCTURAL GENOMICS / SEATTLE STRUCTURAL GENOMICS CENTER FOR INFECTIOUS DISEASE | |||||||||
Function / homology | Function and homology information L-cysteine catabolic process to pyruvate / cystathionine beta-lyase / : / transsulfuration / pyridoxal phosphate binding / metal ion binding Similarity search - Function | |||||||||
Biological species | Klebsiella aerogenes KCTC 2190 (bacteria) | |||||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 1.4 Å | |||||||||
Authors | Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease (SSGCID) | |||||||||
Funding support | United States, 2items
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Citation | Journal: To be published Title: Crystal Structure of Cystathionine beta lyase from Klebsiella aerogenes, PLP/Malonate complex (C2 form) Authors: Liu, L. / Lovell, S. / Battaile, K.P. / Cooper, A. | |||||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 8sad.cif.gz | 334.5 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb8sad.ent.gz | 275 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 8sad.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/sa/8sad ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/sa/8sad | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Similar structure data | Similarity search - Function & homologyF&H Search |
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-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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Unit cell |
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Components on special symmetry positions |
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-Components
-Protein , 1 types, 2 molecules AB
#1: Protein | Mass: 44102.242 Da / Num. of mol.: 2 / Mutation: V244I, L360P Source method: isolated from a genetically manipulated source Details: Covalent linkage between LYS 210 NZ atom and PLP. PLP and malonate are bound to the sample site with refined occupancy. Source: (gene. exp.) Klebsiella aerogenes KCTC 2190 (bacteria) Gene: EAE_03480 / Plasmid: KlaeA.00906.a.1 / Production host: Escherichia coli BL21(DE3) (bacteria) / Strain (production host): BL21(DE3) / References: UniProt: A0A0H3FMF8, cystathionine beta-lyase |
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-Non-polymers , 7 types, 682 molecules
#2: Chemical | #3: Chemical | #4: Chemical | #5: Chemical | ChemComp-CL / #6: Chemical | ChemComp-MPD / ( #7: Chemical | ChemComp-PO4 / | #8: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Details
Has ligand of interest | Y |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.59 Å3/Da / Density % sol: 52.42 % |
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Crystal grow | Temperature: 291 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 6.5 Details: Berkeley G2: 45% MPD, 0.2 M Sodium Malonate, pH 7.0, 0.1 M Bis-Tris, pH 6.5. KlaeA.00906.a.B1.PW39169 at 41.1 mg/mL. Plate: 13119, well G2 drop 3, Puck: PSL-0907, Cryo: Direct |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: NSLS-II / Beamline: 19-ID / Wavelength: 0.9795 Å |
Detector | Type: DECTRIS EIGER2 XE 9M / Detector: PIXEL / Date: Feb 14, 2022 |
Radiation | Monochromator: Double Crystal Si 111 / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.9795 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 1.4→79.97 Å / Num. obs: 175389 / % possible obs: 100 % / Redundancy: 6.9 % / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.07 / Rpim(I) all: 0.029 / Rrim(I) all: 0.076 / Χ2: 1.02 / Net I/σ(I): 13.5 / Num. measured all: 1209616 |
Reflection shell | Resolution: 1.4→1.44 Å / % possible obs: 100 % / Redundancy: 6.8 % / Rmerge(I) obs: 1.309 / Num. measured all: 87753 / Num. unique obs: 12918 / CC1/2: 0.599 / Rpim(I) all: 0.54 / Rrim(I) all: 1.419 / Χ2: 1.05 / Net I/σ(I) obs: 1.5 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 1.4→42.03 Å / SU ML: 0.14 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / Phase error: 17.38 / Stereochemistry target values: ML
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.1 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 1.4→42.03 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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