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- PDB-8ri3: Crystal structure of transplatin/B-DNA adduct obtained upon 7 day... -
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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 8ri3 | ||||||||||||||||||||||||||||
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Title | Crystal structure of transplatin/B-DNA adduct obtained upon 7 days of soaking | ||||||||||||||||||||||||||||
![]() | DNA (5'-D(*![]() ![]() ![]() ![]() Function / homology | ![]() ![]() ![]() ![]() Biological species | synthetic construct (others) | Method | ![]() ![]() ![]() ![]() Tito, G. / Troisi, R. / Ferraro, G. / Sica, F. / Merlino, A. | Funding support | 1items |
![]() ![]() Title: On the mechanism of action of arsenoplatins: arsenoplatin-1 binding to a B-DNA dodecamer. Authors: Troisi, R. / Tito, G. / Ferraro, G. / Sica, F. / Massai, L. / Geri, A. / Cirri, D. / Messori, L. / Merlino, A. History |
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Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
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Downloads & links
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Download
PDBx/mmCIF format | ![]() | 30 KB | Display | ![]() |
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PDB format | ![]() | 17.4 KB | Display | ![]() |
PDBx/mmJSON format | ![]() | Tree view | ![]() | |
Others | ![]() |
-Validation report
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Related structure data | ![]() 8c62C ![]() 8c63C ![]() 8c64C ![]() 8ri5C C: citing same article ( |
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Similar structure data | Similarity search - Function & homology ![]() |
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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1 |
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Unit cell |
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Components
-DNA chain , 1 types, 2 molecules AB
#1: DNA chain | Mass: 3663.392 Da / Num. of mol.: 2 / Source method: obtained synthetically / Source: (synth.) synthetic construct (others) |
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-Non-polymers , 5 types, 117 molecules ![](data/chem/img/MG.gif)
![](data/chem/img/PT.gif)
![](data/chem/img/NH3.gif)
![](data/chem/img/CL.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
![](data/chem/img/PT.gif)
![](data/chem/img/NH3.gif)
![](data/chem/img/CL.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
#2: Chemical | ChemComp-MG / | ||||||
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#3: Chemical | #4: Chemical | ![]() #5: Chemical | ChemComp-CL / | ![]() #6: Water | ChemComp-HOH / | ![]() |
-Details
Has ligand of interest | Y |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.31 Å3/Da / Density % sol: 46.83 % |
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Crystal grow![]() | Temperature: 293 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / pH: 6.5 Details: 7-14% (v/v) 2-methyl-2,4-pentanediol (MPD), 20 mM MgCl2, 80 mM spermine tetrahydrochloride, and 60 mM sodium cacodylate pH 6.5 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() |
Detector | Type: DECTRIS PILATUS 6M / Detector: PIXEL / Date: Oct 4, 2023 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength![]() |
Reflection | Resolution: 1.4→34.404 Å / Num. obs: 13972 / % possible obs: 98.9 % / Redundancy: 9.7 % / CC1/2: 0.998 / Net I/σ(I): 13.2 |
Reflection shell | Resolution: 1.4→1.42 Å / Redundancy: 9.5 % / Mean I/σ(I) obs: 0.9 / Num. unique obs: 698 / CC1/2: 0.601 / % possible all: 100 |
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Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure![]() ![]() Details: Hydrogens have been added in their riding positions
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Solvent computation | Ion probe radii: 0.8 Å / Shrinkage radii: 0.8 Å / VDW probe radii: 1.2 Å / Solvent model: MASK BULK SOLVENT | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 15.483 Å2
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Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 1.4→34.404 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20
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