PDB-8qua: GTP binding protein YsxC from Staphylococcus aureus

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8qua

タイトル

GTP binding protein YsxC from Staphylococcus aureus

要素

Probable GTP-binding protein EngB

キーワード

PROTEIN BINDING (タンパク質) / YsxC /

Ribosome (リボソーム) /

GTPase (GTPアーゼ)

機能・相同性

機能・相同性情報

division septum assembly / GTP binding /

metal ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Staphylococcus aureus subsp. aureus N315 (黄色ブドウ球菌)

手法

X線回折 /

分子置換 / 解像度: 2 Å

データ登録者

Biktimirov, A. / Islamov, D. / Lazarenko, V. / Fatkhullin, B. / Validov, S. / Yusupov, M. / Usachev, K.

資金援助

ロシア, 1件

引用

ジャーナル: Biochem.Biophys.Res.Commun. / 年: 2024
タイトル: Crystal structure of GTPase YsxC from Staphylococcus aureus.
著者: Biktimirov, A. / Islamov, D. / Fatkhullin, B. / Lazarenko, V. / Validov, S. / Yusupov, M. / Usachev, K.

履歴

登録	2023年10月15日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2024年2月7日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8qua.cif.gz	87.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8qua.ent.gz	64.8 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8qua.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qu/8qua ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qu/8qua	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#10 - 2000年10月リボソーム (Ribosome) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Probable GTP-binding protein EngB

ヘテロ分子

22.8 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration, SAXS

単位格子

Length a, b, c (Å)	55.942, 55.942, 107.112
Angle α, β, γ (deg.)	90, 90, 120
Int Tables number	154
Space group name H-M	P3₂21

#1: タンパク質	Probable GTP-binding protein EngB 分子量: 22712.959 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Staphylococcus aureus subsp. aureus N315 (黄色ブドウ球菌) 遺伝子: engB 発現宿主: Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (大腸菌) 参照: UniProt: A5ITJ8
#2: 化合物	ChemComp-ACE / ACETYL GROUP / アセトアルデヒド / アセチル基分子量: 44.053 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₄O
#3: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル / グリセリン分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#4: 水	ChemComp-HOH / water / 水分子量: 18.015 Da / 分子数: 32 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 1.94 Å³/Da / 溶媒含有率: 36.74 %
結晶化	温度: 295.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.2 / 詳細: 2.6M Potassium/sodium phosphate pH 7.6 / PH範囲: 6.8 - 7.4

-
データ収集

回折

平均測定温度: 80 K / Serial crystal experiment: N

放射光源

由来: SEALED TUBE / タイプ: RIGAKU PhotonJet-S / 波長: 1.54184 Å

検出器

タイプ: RIGAKU HyPix-6000HE / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年8月8日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 1.54184 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 2→20.05 Å / Num. obs: 13613 / % possible obs: 99.6 % / 冗長度: 7.7 % / CC_1/2: 0.998 / R_merge(I) obs: 0.087 / R_pim(I) all: 0.044 / R_rim(I) all: 0.098 / Net I/σ(I): 11.3

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. unique obs	CC_1/2	R_pim(I) all	R_rim(I) all
2-20.05	8.3	0.049	13613	0.999	0.021	0.054
2-2.05	5.7	0.746	969	0.597	0.491	0.899

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0419	精密化
REFMAC	5.8.0419	精密化
CrysalisPro		データ収集
Coot		モデル構築
PHASER		位相決定
CrysalisPro		データ削減
CrysalisPro		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2→20.046 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.918 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.886 / WR_factor R_free: 0.303 / WR_factor R_work: 0.245 / SU B: 5.75 / SU ML: 0.164 / Average fsc free: 0.9355 / Average fsc work: 0.9575 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.053 / ESU R Free: 0.047 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.3165	708	5.229 %
R_work	0.257	12831	-
all	0.26	-	-
obs	-	13539	99.245 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 37.306 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	2.787 Å²	-0 Å²	0 Å²
2-	-	2.787 Å²	0 Å²
3-	-	-	-5.574 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2→20.046 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1488	0	9	32	1529

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.01	0.012	1517
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.005	0.016	1477
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	2.058	1.833	2041
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.008	1.792	3411
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	9.176	5	178
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	7.999	5	6
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	14.535	10	295
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_6_deg	15.973	10	75
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.119	0.2	233
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.01	0.02	1719
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.004	0.02	327
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.164	0.2	258
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.127	0.2	1263
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.141	0.2	699
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.065	0.2	778
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.127	0.2	54
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.087	0.2	12
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.083	0.2	67
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.093	0.2	9
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	3.953	3.656	725
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	3.95	3.657	726
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	5.655	6.58	898
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	5.652	6.579	899
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	3.404	3.812	792
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	3.402	3.813	793
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	4.934	6.955	1143
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	4.932	6.955	1144
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	7.775	38.603	1620
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	7.773	38.601	1618

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	R_factor all	Num. reflection all	Fsc free	Fsc work	% reflection obs (%)	WR_factor R_work
2-2.051	0.381	35	0.331	923	0.333	968	0.938	0.949	98.9669	0.317
2.051-2.107	0.402	60	0.32	878	0.325	941	0.906	0.952	99.6812	0.303
2.107-2.167	0.3	48	0.271	888	0.273	937	0.954	0.967	99.8933	0.253
2.167-2.233	0.347	44	0.271	872	0.275	918	0.933	0.963	99.7821	0.249
2.233-2.305	0.329	61	0.279	793	0.282	871	0.951	0.964	98.0482	0.252
2.305-2.385	0.364	29	0.312	808	0.314	844	0.926	0.947	99.1706	0.281
2.385-2.474	0.438	46	0.31	773	0.317	824	0.897	0.945	99.3932	0.277
2.474-2.573	0.367	42	0.325	756	0.327	809	0.934	0.944	98.6403	0.282
2.573-2.686	0.392	30	0.263	740	0.268	773	0.915	0.956	99.6119	0.239
2.686-2.814	0.315	26	0.269	698	0.271	725	0.928	0.955	99.8621	0.252
2.814-2.963	0.295	38	0.237	666	0.24	705	0.948	0.964	99.8582	0.225
2.963-3.139	0.339	54	0.262	605	0.268	661	0.928	0.957	99.6974	0.253
3.139-3.35	0.315	22	0.244	603	0.247	629	0.931	0.959	99.3641	0.232
3.35-3.61	0.255	29	0.228	559	0.23	592	0.956	0.968	99.3243	0.224
3.61-3.941	0.253	31	0.23	514	0.231	554	0.961	0.966	98.3755	0.231
3.941-4.386	0.234	19	0.215	465	0.216	499	0.97	0.973	96.994	0.215
4.386-5.024	0.283	29	0.193	422	0.198	456	0.959	0.976	98.9035	0.199
5.024-6.059	0.31	28	0.253	366	0.257	396	0.95	0.961	99.4949	0.26
6.059-8.202	0.417	24	0.277	297	0.287	321	0.909	0.949	100	0.275
8.202-20.046	0.272	13	0.298	205	0.296	219	0.959	0.941	99.5434	0.308

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関連情報:EMDBヘッダ

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