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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8qkk | ||||||||||||
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タイトル | Cryo-EM structure of MmpL3 from Mycobacterium smegmatis reconstituted into peptidiscs | ||||||||||||
要素 | Trehalose monomycolate exporter MmpL3 | ||||||||||||
キーワード | MEMBRANE PROTEIN (膜タンパク質) / mycobacterium (マイコバクテリウム属) / trehalose monomycolate / TMM / peptidisc / MmpL3 | ||||||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 phosphatidylethanolamine transfer activity / phosphatidylglycerol binding / trehalose transmembrane transporter activity / trehalose transport / mycolate cell wall layer assembly / diacylglycerol binding / cell wall biogenesis / cell pole / cell tip / mycolic acid biosynthetic process ...phosphatidylethanolamine transfer activity / phosphatidylglycerol binding / trehalose transmembrane transporter activity / trehalose transport / mycolate cell wall layer assembly / diacylglycerol binding / cell wall biogenesis / cell pole / cell tip / mycolic acid biosynthetic process / cardiolipin binding / cell septum / phospholipid transport / phosphatidylethanolamine binding / phosphatidylinositol binding / regulation of membrane potential / cell wall organization / response to xenobiotic stimulus / response to antibiotic / 細胞膜 類似検索 - 分子機能 | ||||||||||||
生物種 | Mycolicibacterium smegmatis MC2 155 (バクテリア) | ||||||||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.23 Å | ||||||||||||
データ登録者 | Couston, J. / Guo, Z. / Wang, K. / Gourdon, P.E. / Blaise, M. | ||||||||||||
資金援助 | フランス, デンマーク, 3件
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引用 | ジャーナル: Curr Res Struct Biol / 年: 2023 タイトル: Cryo-EM structure of the trehalose monomycolate transporter, MmpL3, reconstituted into peptidiscs. 著者: Julie Couston / Zongxin Guo / Kaituo Wang / Pontus Gourdon / Mickaël Blaise / 要旨: Mycobacteria have an atypical thick and waxy cell wall. One of the major building blocks of such mycomembrane is trehalose monomycolate (TMM). TMM is a mycolic acid ester of trehalose that possesses ...Mycobacteria have an atypical thick and waxy cell wall. One of the major building blocks of such mycomembrane is trehalose monomycolate (TMM). TMM is a mycolic acid ester of trehalose that possesses long acyl chains with up to 90 carbon atoms. TMM represents an essential component of mycobacteria and is synthesized in the cytoplasm, and then flipped over the plasma membrane by a specific transporter known as MmpL3. Over the last decade, MmpL3 has emerged as an attractive drug target to combat mycobacterial infections. Recent three-dimensional structures of MmpL3 determined by X-ray crystallography and cryo-EM have increased our understanding of the TMM transport, and the mode of action of inhibiting compounds. These structures were obtained in the presence of detergent and/or in a lipidic environment. In this study, we demonstrate the possibility of obtaining a high-quality cryo-EM structure of MmpL3 without any presence of detergent through the reconstitution of the protein into peptidiscs. The structure was determined at an overall resolution of 3.2 Å and demonstrates that the overall structure of MmpL3 is preserved as compared to previous structures. Further, the study identified a new structural arrangement of the linker that fuses the two subdomains of the transmembrane domain, suggesting the feature may serve a role in the transport process. | ||||||||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 8qkk.cif.gz | 148.9 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb8qkk.ent.gz | 114.5 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 8qkk.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qk/8qkk ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qk/8qkk | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | 18464MC M: このデータのモデリングに利用したマップデータ C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 85465.344 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Mycolicibacterium smegmatis MC2 155 (バクテリア) 遺伝子: mmpL3 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): C43 / Variant (発現宿主): delta AcrB / 参照: UniProt: A0QP27 |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-試料調製
構成要素 | 名称: monomer structure of MmpL3 / タイプ: COMPLEX / Entity ID: all / 由来: RECOMBINANT |
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分子量 | 単位: MEGADALTONS / 実験値: NO |
由来(天然) | 生物種: Mycolicibacterium smegmatis MC2 155 (バクテリア) |
由来(組換発現) | 生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) |
緩衝液 | pH: 7.5 / 詳細: 20 mM Tris pH7.5. 150 mM NaCl |
試料 | 濃度: 3 mg/ml / 包埋: YES / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES |
試料支持 | グリッドの材料: COPPER / グリッドのサイズ: 300 divisions/in. / グリッドのタイプ: Quantifoil R1.2/1.3 |
EM embedding | Material: peptidiscs |
急速凍結 | 装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 277 K |
-電子顕微鏡撮影
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: OTHER |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / 最大 デフォーカス(公称値): 2500 nm / 最小 デフォーカス(公称値): 500 nm |
撮影 | 平均露光時間: 3.5 sec. / 電子線照射量: 45 e/Å2 フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON IV (4k x 4k) 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 10004 |
-解析
EMソフトウェア |
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画像処理 | 詳細: Falcon 4i | ||||||||||||||||||||
CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION | ||||||||||||||||||||
粒子像の選択 | 選択した粒子像数: 1909486 | ||||||||||||||||||||
対称性 | 点対称性: C1 (非対称) | ||||||||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 3.23 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 348157 / アルゴリズム: FOURIER SPACE / 対称性のタイプ: POINT | ||||||||||||||||||||
原子モデル構築 | プロトコル: RIGID BODY FIT | ||||||||||||||||||||
原子モデル構築 | PDB-ID: 7k7m PDB chain-ID: A / Accession code: 7k7m / Source name: PDB / タイプ: experimental model |