PDB-8qev: Crystal structure of ornithine transcarbamylase from Arabidopsis ...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8qev

タイトル

Crystal structure of ornithine transcarbamylase from Arabidopsis thaliana (AtOTC) in complex with carbamoyl phosphate

要素

Ornithine transcarbamylase, chloroplastic

オルニチントランスカルバミラーゼ

キーワード

TRANSFERASE (転移酵素) / transcarbamylase / carbamoyl transferase /

urea cycle (尿素回路) / arginine biosynthesis

機能・相同性

機能・相同性情報

オルニチントランスカルバミラーゼ /

ornithine carbamoyltransferase activity / arginine biosynthetic process /

葉緑体 /

amino acid binding /

葉緑体
類似検索 - 分子機能

生物種

Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.55 Å

データ登録者

Nielipinski, M. / Pietrzyk-Brzezinska, A. / Sekula, B.

資金援助

ポーランド, 1件

引用

ジャーナル: Front Plant Sci / 年: 2023
タイトル: Structural analysis and molecular substrate recognition properties of Arabidopsis thaliana ornithine transcarbamylase, the molecular target of phaseolotoxin produced by Pseudomonas syringae .
著者: Nielipinski, M. / Pietrzyk-Brzezinska, A.J. / Wlodawer, A. / Sekula, B.

履歴

登録	2023年9月1日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2023年12月6日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年1月17日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.name

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8qev.cif.gz	384 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8qev.ent.gz	313.4 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8qev.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qe/8qev ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qe/8qev	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	8qeuC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#215 - 2017年11月アスパラギン酸カルバモイル転移酵素 (Aspartate Transcarbamoylase) 類似性 (6)

登録構造単位

A: Ornithine transcarbamylase, chloroplastic

B: Ornithine transcarbamylase, chloroplastic

C: Ornithine transcarbamylase, chloroplastic

ヘテロ分子

110 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	89.247, 154.601, 191.768
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	20
Space group name H-M	C222₁

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	B-406- SO4
2	1	B-710- HOH

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タンパク質 , 1種, 3分子 ABC

#1: タンパク質	Ornithine transcarbamylase, chloroplastic / オルニチントランスカルバミラーゼ / OTCase / Ornithine carbamoyltransferase / chloroplastic 分子量: 35750.836 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ) 遺伝子: OTC, At1g75330, F1B16.13 発現宿主: Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (大腸菌) 参照: UniProt: O50039, オルニチントランスカルバミラーゼ

#1: タンパク質

Ornithine transcarbamylase, chloroplastic /

オルニチントランスカルバミラーゼ / OTCase / Ornithine carbamoyltransferase / chloroplastic

分子量: 35750.836 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現)

Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
遺伝子: OTC, At1g75330, F1B16.13
発現宿主:

Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (大腸菌)
参照: UniProt: O50039,

オルニチントランスカルバミラーゼ

-
非ポリマー , 7種, 1223分子

#2: 化合物	ChemComp-CP / PHOSPHORIC ACID MONO(FORMAMIDE)ESTER / カルバモイルりん酸 / カルバモイルリン酸分子量: 141.020 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: CH₄NO₅P / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル / エチレングリコール分子量: 62.068 Da / 分子数: 13 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#4: 化合物	ChemComp-PGE / TRIETHYLENE GLYCOL / トリエチレングリコ-ル / ポリエチレングリコール分子量: 150.173 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₆H₁₄O₄
#5: 化合物	ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル / ジエチレングリコール分子量: 106.120 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₄H₁₀O₃
#6: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン / 硫酸塩分子量: 96.063 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#7: 化合物	ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン分子量: 22.990 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#8: 水	ChemComp-HOH / water / 水分子量: 18.015 Da / 分子数: 1190 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

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実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶	マシュー密度: 3.29 Å³/Da / 溶媒含有率: 62.57 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法詳細: PEG 3350 26%, Lithium sulfate 0.3M, HEPES 0.1M pH 6.0, 20mM carbamoyl phosphate, cryoprotection was obtained by 25% PEG400

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: BESSY / ビームライン: 14.1 / 波長: 0.9184 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2023年2月22日
放射	モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9184 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.55→50 Å / Num. obs: 194853 / % possible obs: 99.2 % / 冗長度: 5.51 % / CC_1/2: 0.982 / R_merge(I) obs: 0.172 / Net I/σ(I): 5.25
反射シェル	解像度: 1.55→1.64 Å / R_merge(I) obs: 0.957 / Mean I/σ(I) obs: 1.16 / Num. unique obs: 30724 / CC_1/2: 0.563 / % possible all: 97.5

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0415	精密化
XDS		データ削減
XDS		データスケーリング
PHASER		位相決定
PHENIX		モデル構築

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.55→44.67 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.963 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.948 / SU B: 4.045 / SU ML: 0.07 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.067 / ESU R Free: 0.073 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.21942	1872	1 %	RANDOM
R_work	0.1844	-	-	-
obs	0.18473	187213	98.97 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 20.606 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.08 Å²	-0 Å²	0 Å²
2-	-	0.2 Å²	-0 Å²
3-	-	-	-0.28 Å²

精密化ステップ

サイクル: 1 / 解像度: 1.55→44.67 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	7073	0	63	1190	8326

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.011	0.012	7368
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.016	7098
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.774	1.654	9941
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.601	1.578	16362
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.452	5	925
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	10.192	5	42
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	14.862	10	1278
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.099	0.2	1104
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.012	0.02	8483
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	1633
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.683	0.244	3607
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	0.683	0.244	3605
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.108	0.43	4505
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	1.109	0.43	4505
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.483	0.483	3761
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	1.483	0.484	3762
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	2.071	0.749	5418
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined	8.258	7.28	8688
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other	8.258	7.28	8688
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 1.55→1.59 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.284	138	-
R_work	0.285	13288	-
obs	-	-	95.29 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.2483	0.2182	-0.7924	1.0855	0.2047	0.6276	-0.0156	-0.0762	0.0433	0.1384	0.1097	-0.1443	0.0631	0.0798	-0.0941	0.094	0.0311	-0.0433	0.1174	-0.0071	0.4255	-21.335	-25.719	34.912
2	0.4667	0.002	-0.1317	0.6134	0.2125	0.7392	0.0214	-0.014	-0.0171	0.0476	-0.0416	-0.0353	-0.0053	-0.0434	0.0202	0.1047	0.0063	0.0045	0.0978	-0.0072	0.3838	-36.014	-21.813	31.802
3	0.2971	-0.0929	-0.3649	1.0019	0.2932	0.4856	0.0512	0.0288	0.0514	-0.1493	-0.0118	-0.0297	-0.0756	-0.0507	-0.0395	0.1233	0.0027	0.0105	0.0947	0.0047	0.4101	-36.226	-11.808	20.585
4	0.3563	-0.3261	-0.0974	1.2054	0.1877	0.1235	0.0266	0.0046	0.0003	-0.0221	0.0262	-0.0953	-0.0111	0.0411	-0.0527	0.0994	0.0186	0.0071	0.1064	-0.0084	0.4165	-23.008	-22.499	23.163
5	5.0536	1.7486	1.4368	1.0742	0.2011	0.5993	-0.3334	0.2249	-0.7682	-0.1651	0.4512	-0.4705	-0.0793	-0.177	-0.1178	0.1154	-0.0386	0.1167	0.3158	-0.1396	0.6169	-13.422	-34.777	15.425
6	2.6259	1.9182	1.1467	1.7331	0.6014	5.6168	-0.0619	0.1765	-0.1448	-0.1604	0.2289	-0.5772	-0.0815	0.3867	-0.167	0.0535	-0.0151	0.1907	0.1522	-0.129	0.7452	-7.549	-30.601	17.918
7	1.2507	0.8106	-0.0797	2.072	0.8516	0.5371	0.0567	0.1264	0.0493	-0.0851	0.0896	-0.3017	-0.0621	-0.0119	-0.1464	0.1577	0.0663	0.102	0.0536	-0.0404	0.5004	-19.757	-42.061	13.417
8	0.5295	0.4062	-0.5016	2.339	0.1005	0.6019	-0.088	0.0583	-0.1488	-0.2091	-0.0183	-0.0653	0.0283	-0.0831	0.1063	0.1432	0.0541	0.0085	0.0804	-0.0649	0.4553	-23.713	-44.433	11.627
9	0.7258	-0.0947	0.1036	2.0843	1.6258	1.3654	-0.0304	-0.0063	-0.1042	0.0175	-0.0333	0.0883	0.0312	0.0485	0.0636	0.118	0.0244	0.0165	0.1109	0.0035	0.3776	-30.137	-34.491	25.041
10	1.1037	0.3885	-0.2366	1.3728	-0.6652	0.325	0.1354	-0.1236	0.1772	0.1099	-0.0554	0.1564	-0.0523	0.0342	-0.08	0.1335	0.0005	0.0448	0.0561	-0.0753	0.4444	-48.541	7.693	34.901
11	0.6177	-0.1625	0.1903	0.5572	-0.3528	0.924	0.0033	-0.0587	0.0658	-0.0294	-0.0458	0.0183	0.0113	0.0575	0.0425	0.1058	0.0019	0.0123	0.0894	-0.0073	0.3938	-44.625	-6.926	31.776
12	0.5165	0.3106	-0.1263	0.5402	-0.1136	0.0831	-0.0008	0.0181	0.1014	-0.0315	0.0385	0.0703	0.0007	-0.0181	-0.0377	0.1245	0.0013	0.0015	0.0769	-0.0037	0.4331	-51.101	1.441	22.621
13	2.6659	0.2623	-0.5466	0.7287	1.095	2.4071	0.1185	0.3423	0.7136	-0.0299	0.1307	0.2005	-0.0291	0.0578	-0.2492	0.0957	0.0031	0.0198	0.0595	0.1176	0.6315	-48.377	20.756	16.721
14	1.5156	-0.1812	-0.097	0.5961	-0.7854	1.9203	0.0514	0.1997	0.1888	-0.1641	-0.0048	0.1121	0.2908	0.037	-0.0466	0.1736	-0.0364	0.0072	0.0509	0.028	0.4828	-36.623	15.07	8.252
15	6.1823	0.973	-2.8518	2.3365	1.6077	3.26	-0.2103	0.1841	0.2817	-0.0158	0.3099	0.0573	0.1523	0.2121	-0.0996	0.2347	0.1438	0.1008	0.1911	0.0971	0.4414	-28.278	17.641	11.323
16	1.3662	0.7163	-1.0247	1.0611	-0.5285	0.7863	-0.013	-0.0655	0.062	-0.036	0.0207	-0.0794	-0.0253	0.0321	-0.0077	0.1305	-0.0039	0.0066	0.0964	-0.0078	0.4048	-35.643	6.489	24.483
17	1.5435	-0.1815	0.4427	1.9826	0.9626	0.6525	-0.0162	-0.2362	-0.1927	0.0869	0.0516	0.0851	0.0376	-0.0595	-0.0354	0.1159	-0.022	0.0511	0.1309	0.0449	0.4	-64.003	-32.535	35.139
18	0.341	-0.1081	0.2441	0.655	-0.083	0.3853	-0.0493	-0.0181	-0.0305	0.0557	0.0212	0.0186	0.0012	0.0082	0.0281	0.1065	-0.0003	0.0084	0.0943	-0.0035	0.386	-53.224	-21.83	31.839
19	0.8764	0.0156	0.1867	0.2058	0.0732	0.1085	0.0023	0.0448	-0.0947	0.006	0.005	0.0226	0.0176	-0.0084	-0.0073	0.1078	-0.0101	0.0132	0.1038	-0.0109	0.4167	-57.303	-31.683	22.819
20	0.9683	-1.1142	-0.3296	2.3802	-0.9473	1.7184	0.0775	0.0505	-0.2549	-0.2012	-0.0329	0.3963	0.1267	-0.0608	-0.0447	0.0776	-0.0629	-0.0248	0.0741	-0.0435	0.5325	-75.43	-38.947	17.084
21	0.7428	0.8856	0.6576	2.0234	0.8235	0.6828	-0.1177	0.1673	-0.1403	-0.3619	0.1822	0.1242	-0.2191	0.1078	-0.0645	0.1832	0.0025	-0.0235	0.1752	-0.0362	0.4765	-76.85	-25.581	9.143
22	4.3338	-1.4497	-0.8528	2.6427	0.1978	1.4499	-0.1776	0.3013	0.0509	-0.0879	-0.0135	0.2437	-0.0951	-0.0244	0.1911	0.072	-0.0009	-0.0563	0.1573	-0.0034	0.454	-82.679	-20.148	11.474
23	1.0604	-0.2784	0.6203	0.6498	-0.4452	0.6261	-0.0375	0.0173	0.0408	0.0302	-0.0008	0.0781	0.0137	-0.0314	0.0383	0.1009	-0.0064	0.0083	0.1104	-0.0156	0.4054	-69.365	-20.784	24.651
24	2.3489	8.9646	3.6971	34.2174	14.1129	5.822	0.0137	0.0449	-0.1334	0.0292	0.1719	-0.4942	0.0045	0.0658	-0.1856	0.1834	0.059	-0.0196	0.2064	0.0247	0.3832	-31.921	-28.981	19.904
25	21.6639	3.3028	-7.7347	0.5056	-1.1803	2.7682	0.0803	-0.0064	0.4243	0.005	0.0199	0.0605	-0.0113	-0.004	-0.1002	0.2292	-0.0298	0.0162	0.1785	-0.0197	0.4396	-40.564	0.115	19.779
26	17.0329	-12.5795	10.4799	9.2905	-7.7398	6.448	0.0328	-0.0562	-0.1113	-0.0229	0.0395	0.08	0.0198	-0.0349	-0.0723	0.1684	-0.0992	0.1351	0.1513	-0.019	0.4735	-61.416	-21.916	19.947

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	72 - 101
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	102 - 136
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	137 - 156
4	X-RAY DIFFRACTION	4	A	157 - 242
5	X-RAY DIFFRACTION	5	A	243 - 259
6	X-RAY DIFFRACTION	6	A	260 - 277
7	X-RAY DIFFRACTION	7	A	278 - 304
8	X-RAY DIFFRACTION	8	A	305 - 332
9	X-RAY DIFFRACTION	9	A	333 - 375
10	X-RAY DIFFRACTION	10	B	72 - 101
11	X-RAY DIFFRACTION	11	B	102 - 136
12	X-RAY DIFFRACTION	12	B	137 - 242
13	X-RAY DIFFRACTION	13	B	243 - 277
14	X-RAY DIFFRACTION	14	B	278 - 311
15	X-RAY DIFFRACTION	15	B	312 - 324
16	X-RAY DIFFRACTION	16	B	325 - 375
17	X-RAY DIFFRACTION	17	C	72 - 101
18	X-RAY DIFFRACTION	18	C	102 - 136
19	X-RAY DIFFRACTION	19	C	137 - 242
20	X-RAY DIFFRACTION	20	C	243 - 277
21	X-RAY DIFFRACTION	21	C	278 - 311
22	X-RAY DIFFRACTION	22	C	312 - 324
23	X-RAY DIFFRACTION	23	C	325 - 375
24	X-RAY DIFFRACTION	24	A	401
25	X-RAY DIFFRACTION	25	B	401
26	X-RAY DIFFRACTION	26	C	402

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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