[English] 日本語
Yorodumi- PDB-8q5e: Crystal structure of PpSB1-LOV protein from Pseudomonas putida wi... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 8q5e | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
Title | Crystal structure of PpSB1-LOV protein from Pseudomonas putida with covalent FMN | ||||||
Components | Sensory box protein | ||||||
Keywords | SIGNALING PROTEIN / covalent flavinylation | ||||||
Function / homology | Function and homology information | ||||||
Biological species | Pseudomonas putida KT2440 (bacteria) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 2.4 Å | ||||||
Authors | Rozeboom, H.J. / Fraaije, M.W. | ||||||
Funding support | 1items
| ||||||
Citation | Journal: J.Am.Chem.Soc. / Year: 2023 Title: Fixing Flavins: Hijacking a Flavin Transferase for Equipping Flavoproteins with a Covalent Flavin Cofactor. Authors: Tong, Y. / Kaya, S.G. / Russo, S. / Rozeboom, H.J. / Wijma, H.J. / Fraaije, M.W. | ||||||
History |
|
-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
---|
-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 8q5e.cif.gz | 72.6 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
---|---|---|---|---|
PDB format | pdb8q5e.ent.gz | 51 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 8q5e.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/q5/8q5e ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/q5/8q5e | HTTPS FTP |
---|
-Related structure data
Related structure data | 8q5fC 8q5gC C: citing same article (ref.) |
---|---|
Similar structure data | Similarity search - Function & homologyF&H Search |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
| ||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 |
| ||||||||||||
Unit cell |
| ||||||||||||
Noncrystallographic symmetry (NCS) | NCS domain:
NCS domain segments: Component-ID: 1 / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: MET / Beg label comp-ID: MET / End auth comp-ID: ARG / End label comp-ID: ARG / Auth asym-ID: A / Label asym-ID: A / Auth seq-ID: 1 - 135 / Label seq-ID: 1 - 135
NCS ensembles : (Details: Local NCS retraints between domains: 1 2) |
-Components
#1: Protein | Mass: 16177.114 Da / Num. of mol.: 2 / Mutation: D60D R61A D62A Q63S L64G G65A R66T Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Pseudomonas putida KT2440 (bacteria) / Gene: PP_4629 / Production host: Escherichia coli BL21 (bacteria) / References: UniProt: Q88E39 #2: Chemical | #3: Chemical | ChemComp-NI / | Has ligand of interest | Y | |
---|
-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
---|
-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.4 Å3/Da / Density % sol: 49 % |
---|---|
Crystal grow | Temperature: 294 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 7 Details: 15% PEG3350, 10 mM MgCl 2 , 5 mM NiCl 2 and 100 mM HEPES buffer pH 7.0. |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N |
---|---|
Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: ESRF / Beamline: MASSIF-1 / Wavelength: 0.96546 Å |
Detector | Type: DECTRIS PILATUS3 2M / Detector: PIXEL / Date: Nov 3, 2022 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.96546 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 2.4→44.43 Å / Num. obs: 11764 / % possible obs: 94.7 % / Redundancy: 1.9 % / CC1/2: 0.968 / Rmerge(I) obs: 0.058 / Rpim(I) all: 0.052 / Rrim(I) all: 0.078 / Χ2: 0.95 / Net I/σ(I): 11.8 / Num. measured all: 22897 |
Reflection shell | Resolution: 2.4→2.49 Å / % possible obs: 97 % / Redundancy: 2 % / Rmerge(I) obs: 0.458 / Num. measured all: 2476 / Num. unique obs: 1262 / CC1/2: 0.722 / Rpim(I) all: 0.39 / Rrim(I) all: 0.604 / Χ2: 0.66 / Net I/σ(I) obs: 1.6 |
-Processing
Software |
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 2.4→38.511 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.939 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.905 / SU B: 11.435 / SU ML: 0.267 / Cross valid method: FREE R-VALUE / ESU R: 0.567 / ESU R Free: 0.328 Details: Hydrogens have been added in their riding positions
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Solvent computation | Ion probe radii: 0.8 Å / Shrinkage radii: 0.8 Å / VDW probe radii: 1.2 Å / Solvent model: MASK BULK SOLVENT | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 73.384 Å2
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.4→38.511 Å
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refine LS restraints |
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refine LS restraints NCS |
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20
|