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- PDB-8q2m: 18mer DNA mimic Foldamer with an Aliphatic linker in complex with... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8q2m
タイトル18mer DNA mimic Foldamer with an Aliphatic linker in complex with Sac7d V26A/M29A protein
要素
  • DNA mimic Foldamer
  • DNA-binding protein 7b
キーワードDNA BINDING PROTEIN (DNA結合タンパク質) / Foldamer (フォルダマー) / DNA mimic / histone (ヒストン)
機能・相同性DNA-binding 7kDa protein / 7kD DNA-binding domain / Chromo-like domain superfamily / RNA endonuclease activity / DNA binding / 細胞質 / DNA-binding protein 7d
機能・相同性情報
生物種Sulfolobus acidocaldarius (好気性・好酸性)
synthetic construct (人工物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.21 Å
データ登録者Deepak, D. / Corvaglia, V. / Wu, J. / Huc, I.
資金援助European Union, 1件
組織認可番号国
European Research Council (ERC)European Union
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: 18mer DNA mimic foldamer with Alphatic linker in complex with Sac7d wild protein.
著者: Deepak, D. / Corvaglia, V. / Wu, J. / Huc, I.
履歴
登録2023年8月2日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02023年8月23日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 2.02023年11月15日Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Data collection / Derived calculations
カテゴリ: atom_site / chem_comp_atom ...atom_site / chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_validate_main_chain_plane / pdbx_validate_peptide_omega / pdbx_validate_rmsd_angle / pdbx_validate_symm_contact / struct_conn
Item: _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id ..._atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id / _chem_comp_atom.atom_id / _chem_comp_bond.atom_id_1 / _chem_comp_bond.atom_id_2 / _pdbx_validate_rmsd_angle.angle_deviation / _pdbx_validate_rmsd_angle.angle_standard_deviation / _pdbx_validate_rmsd_angle.angle_target_value / _pdbx_validate_rmsd_angle.angle_value / _pdbx_validate_rmsd_angle.auth_atom_id_1 / _pdbx_validate_rmsd_angle.auth_atom_id_2 / _pdbx_validate_rmsd_angle.auth_atom_id_3 / _pdbx_validate_rmsd_angle.auth_comp_id_2 / _pdbx_validate_rmsd_angle.auth_seq_id_2 / _pdbx_validate_symm_contact.auth_atom_id_1 / _pdbx_validate_symm_contact.auth_atom_id_2 / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
AA: DNA-binding protein 7b
A: DNA mimic Foldamer
B: DNA mimic Foldamer


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)12,6123
ポリマ－12,6123
非ポリマー00
水0
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: surface plasmon resonance
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area280 Å2
ΔGint4 kcal/mol
Surface area6480 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)70.920, 70.920, 119.290
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number181
Space group name H-MP6422
Space group name HallP642(x,y,z+1/6)
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x-y,x,z+2/3
#3: y,-x+y,z+1/3
#4: -y,x-y,z+1/3
#5: -x+y,-x,z+2/3
#6: x-y,-y,-z
#7: -x,-x+y,-z+2/3
#8: -x,-y,z
#9: y,x,-z+1/3
#10: -y,-x,-z+1/3
#11: -x+y,y,-z
#12: x,x-y,-z+2/3
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-101-

GOA

21B-111-

GOA

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要素

#1: タンパク質 DNA-binding protein 7b / 7 kDa DNA-binding protein b / Sac7b


分子量: 7538.743 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Sulfolobus acidocaldarius (好気性・好酸性)
遺伝子: Saci_0064
発現宿主: Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (大腸菌)
参照: UniProt: P13123
#2: タンパク質・ペプチド DNA mimic Foldamer


分子量: 2536.719 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 5.74 Å3/Da / 溶媒含有率: 78.59 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6 / 詳細: 9 % PEG 400, 0.1 M MES pH 6.0

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: PETRA III, EMBL c/o DESY / ビームライン: P13 (MX1) / 波長: 0.9763 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2023年6月18日
放射モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9763 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.21→30.71 Å / Num. obs: 3226 / % possible obs: 99.54 % / 冗長度: 37.1 % / Biso Wilson estimate: 115.53 Å2 / CC1/2: 1 / CC star: 1 / Net I/σ(I): 23.56
反射 シェル解像度: 3.21→3.32 Å / 冗長度: 39.9 % / Mean I/σ(I) obs: 3.51 / Num. unique obs: 310 / CC1/2: 0.952 / CC star: 0.988 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.20.1_4487精密化
PHENIX1.20.1_4487精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 3.21→30.71 Å / SU ML: 0.3663 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.37 / 位相誤差: 41.8877
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.3345 322 10 %
Rwork0.3249 2898 -
obs0.326 3220 99.78 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 129.42 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.21→30.71 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数474 0 346 0 820
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0256853
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d4.1231197
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.280488
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0254120
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.7308181
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
3.21-4.040.40721540.35991389X-RAY DIFFRACTION99.61
4.05-30.710.31771680.31721509X-RAY DIFFRACTION99.94
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.0999663758486-0.342995455806-0.328985014113.482723196150.443949279351.25795000739-0.6948963988680.363913521985-0.4609900875290.8330167597460.5796554657161.70858262627-0.183266635758-0.496528959117-0.09329582425531.054378630.198241683723-0.2276039544841.37508881254-0.2066446730020.433831009138-9.02481071718-18.08737985164.84833842633
20.708827228729-0.663436723525-0.8936413050653.04191284804-0.2536427629881.596492665960.158027542216-0.289438478514-0.0135413918344-0.480887405160.200524788588-1.0670192961.02945022046-0.9987874028710.2592409030270.5209741728550.0672441135293-0.08084633038521.52885300551-0.06278357835030.785957119723-7.35411988024-17.20175752386.43711309531
31.899412756450.561697086030.2191229730940.2969518030440.2109797299490.18750790308-0.08168873053960.1427385489631.4969246619-0.2265281964120.771611573021.74618367076-0.466815449863-1.04312171163-0.01925380529431.070198912640.02681198715680.04842901756071.159885391350.9782938481531.67238399669-9.44526313087-4.735310077234.44172705742
精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Auth asym-ID: AA / Label asym-ID: B

IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth seq-IDLabel seq-ID
11chain 'AA' and (resid 1 through 36 )1 - 361 - 36
22chain 'AA' and (resid 37 through 51 )37 - 5137 - 51
33chain 'AA' and (resid 52 through 63 )52 - 6352 - 63

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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