PDB-8pyk: Human IGF1R with inhibitor 47

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8pyk

タイトル

Human IGF1R with inhibitor 47

要素

Insulin-like growth factor 1 receptor beta chain

キーワード

TRANSFERASE (転移酵素) /

Tyrosine (チロシン) /

Kinase (キナーゼ)

機能・相同性

機能・相同性情報

cardiac atrium development / negative regulation of cholangiocyte apoptotic process /

insulin-like growth factor receptor activity / positive regulation of steroid hormone biosynthetic process /

protein kinase complex / protein transporter activity / Signaling by Type 1 Insulin-like Growth Factor 1 Receptor (IGF1R) / IRS-related events triggered by IGF1R /

insulin-like growth factor binding / negative regulation of muscle cell apoptotic process ...cardiac atrium development / negative regulation of cholangiocyte apoptotic process /

insulin-like growth factor receptor activity / positive regulation of steroid hormone biosynthetic process /

protein kinase complex / protein transporter activity / Signaling by Type 1 Insulin-like Growth Factor 1 Receptor (IGF1R) / IRS-related events triggered by IGF1R /

insulin-like growth factor binding / negative regulation of muscle cell apoptotic process / cellular response to progesterone stimulus / positive regulation of DNA metabolic process / cellular response to zinc ion starvation / cellular response to aldosterone /

insulin receptor complex / cellular response to testosterone stimulus / negative regulation of hepatocyte apoptotic process /

insulin-like growth factor I binding /

insulin receptor activity /

transcytosis / alphav-beta3 integrin-IGF-1-IGF1R complex / response to alkaloid / positive regulation of protein-containing complex disassembly / cellular response to angiotensin / cellular response to insulin-like growth factor stimulus /

dendritic spine maintenance / response to L-glutamate /

insulin binding / establishment of cell polarity / negative regulation of MAPK cascade / positive regulation of axon regeneration / amyloid-beta clearance / positive regulation of cytokinesis / positive regulation of osteoblast proliferation / regulation of JNK cascade /

estrous cycle /

insulin receptor substrate binding / G-protein alpha-subunit binding / response to vitamin E / SHC-related events triggered by IGF1R /

phosphatidylinositol 3-kinase binding / peptidyl-tyrosine autophosphorylation / cellular response to transforming growth factor beta stimulus /

横行小管 / cellular response to dexamethasone stimulus / cerebellum development /

軸索誘導 / insulin-like growth factor receptor signaling pathway / response to nicotine / phosphatidylinositol 3-kinase/protein kinase B signal transduction / cellular response to estradiol stimulus /

カベオラ / cellular response to glucose stimulus / hippocampus development / positive regulation of smooth muscle cell proliferation /

insulin receptor binding /

受容体型チロシンキナーゼ / cellular response to mechanical stimulus / cellular response to amyloid-beta /

細胞老化 / insulin receptor signaling pathway / positive regulation of cold-induced thermogenesis /

protein tyrosine kinase activity / response to ethanol / Extra-nuclear estrogen signaling / positive regulation of MAPK cascade / protein autophosphorylation / positive regulation of phosphatidylinositol 3-kinase/protein kinase B signal transduction /

receptor complex / positive regulation of cell migration /

免疫応答 /

神経繊維 / intracellular membrane-bounded organelle / neuronal cell body / positive regulation of cell population proliferation / protein-containing complex binding / negative regulation of apoptotic process /

シグナル伝達 /

ATP binding /

生体膜 / identical protein binding /

細胞膜
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.23 Å

データ登録者

Dreyer, M.K. / Wang, J. / Elkins, J.M.

資金援助

スイス, 1件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Human IGF1R with inhibitor 47
著者: Dreyer, M.K. / Wang, J. / Elkins, J.M.

履歴

登録	2023年7月25日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2023年9月20日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8pyk.cif.gz	127.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8pyk.ent.gz		表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8pyk.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/py/8pyk ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/py/8pyk	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#182 - 2015年2月インスリン受容体 (Insulin receptor) 類似性 (11) #126 - 2010年6月上皮成長因子 (Epidermal Growth Factor) 類似性 (8) #52 - 2004年4月成長ホルモン (Growth Hormone) 類似性 (4) #68 - 2005年8月神経栄養因子 (Neurotrophins) 類似性 (2) #148 - 2012年4月 Rasタンパク質 (Ras Protein) 類似性 (1) #184 - 2015年4月グルカゴン (Glucagon) 類似性 (3) #185 - 2015年5月タイチン (Titin) 類似性 (1) #195 - 2016年3月 RAFタンパク質キナーゼ (RAF Protein Kinases) 類似性 (1) #141 - 2011年9月 O-GlcNAc転移酵素 (O-GlcNAc Transferase) 類似性 (1)

PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#182 - 2015年2月
インスリン受容体 (Insulin receptor)
類似性 (11)
#126 - 2010年6月
上皮成長因子 (Epidermal Growth Factor)
類似性 (8)
#52 - 2004年4月
成長ホルモン (Growth Hormone)
類似性 (4)
#68 - 2005年8月
神経栄養因子 (Neurotrophins)
類似性 (2)
#148 - 2012年4月
Rasタンパク質 (Ras Protein)
類似性 (1)
#184 - 2015年4月
グルカゴン (Glucagon)
類似性 (3)
#185 - 2015年5月
タイチン (Titin)
類似性 (1)
#195 - 2016年3月
RAFタンパク質キナーゼ (RAF Protein Kinases)
類似性 (1)
#141 - 2011年9月
O-GlcNAc転移酵素 (O-GlcNAc Transferase)
類似性 (1)

登録構造単位

AAA: Insulin-like growth factor 1 receptor beta chain

ヘテロ分子

37.3 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	69.537, 69.537, 140.442
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	96
Space group name H-M	P4₃2₁2

#1: タンパク質	Insulin-like growth factor 1 receptor beta chain 分子量: 36715.988 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: IGF1R / プラスミド: pFB-CT10HF-LIC / Cell (発現宿主): Sf9 発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ) 参照: UniProt: P08069
#2: 化合物	ChemComp-IC2 / 5,5-dimethyl-1-(1H-pyrrolo[2,3-b]pyridin-3-ylmethyl)-3-[4-(trifluoromethylsulfanyl)phenyl]imidazolidine-2,4-dione 分子量: 434.435 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₀H₁₇F₃N₄O₂S / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物	ChemComp-NI / NICKEL (II) ION / ニッケル分子量: 58.693 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ni
#4: 水	ChemComp-HOH / water / 水分子量: 18.015 Da / 分子数: 57 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.31 Å³/Da / 溶媒含有率: 46.8 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法詳細: 0.1 M HEPES pH 7.5-8.5, 9-12 % PEG3350, 5 mM CoCl2, 5 mM CdCl2, 5 mM MgCl2, and 5 mM NiCl2

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X10SA / 波長: 0.999 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年5月14日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.999 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.23→17562 Å / Num. obs: 223284 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 12.7 % / R_merge(I) obs: 0.07 / Net I/σ(I): 24.5
反射シェル	解像度: 2.23→2.35 Å / R_merge(I) obs: 1.3 / Num. unique obs: 2485

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0267	精密化
XDS		データ削減
SCALA		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.23→21.134 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.95 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.898 / SU B: 10.963 / SU ML: 0.149 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.249 / ESU R Free: 0.213 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2526	872	4.992 %
R_work	0.198	16595	-
all	0.201	-	-
obs	-	17467	99.806 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 68.62 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.53 Å²	-0 Å²	-0 Å²
2-	-	0.53 Å²	-0 Å²
3-	-	-	-1.06 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.23→21.134 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2186	0	33	57	2276

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.012	0.013	2271
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.002	0.015	2164
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.861	1.666	3066
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.287	1.585	4965
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	7.765	5	274
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	33.754	21.653	121
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	17.675	15	415
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	17.026	15	18
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.085	0.2	280
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.01	0.02	2521
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	519
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.216	0.2	471
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.189	0.2	2021
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.171	0.2	1054
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.082	0.2	1084
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.222	0.2	73
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined	0.072	0.2	2
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.12	0.2	18
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.247	0.2	36
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.318	0.2	10
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other	0.011	0.2	1
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined	0.635	0.2	2
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	2.179	3.204	1096
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	2.166	3.2	1095
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	3.499	4.793	1367
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	3.499	4.798	1368
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.626	3.518	1175
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	2.613	3.513	1170
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	4.123	5.151	1698
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	4.126	5.143	1690
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	7.615	36.771	2532
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	7.609	36.606	2521

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	R_factor all	Num. reflection all	Fsc free	Fsc work	% reflection obs (%)	WR_factor R_work
2.23-2.287	0.316	56	0.272	1189	0.274	1245	0.822	0.839	100	0.244
2.287-2.349	0.278	66	0.259	1153	0.26	1219	0.845	0.868	100	0.224
2.349-2.416	0.327	51	0.245	1138	0.249	1189	0.874	0.88	100	0.211
2.416-2.49	0.31	66	0.219	1083	0.225	1149	0.902	0.905	100	0.186
2.49-2.57	0.256	61	0.185	1064	0.189	1125	0.919	0.937	100	0.15
2.57-2.659	0.22	55	0.191	1031	0.192	1086	0.931	0.94	100	0.157
2.659-2.758	0.218	39	0.162	1013	0.164	1052	0.955	0.956	100	0.128
2.758-2.868	0.215	67	0.163	949	0.167	1016	0.944	0.956	100	0.129
2.868-2.993	0.178	62	0.16	920	0.162	982	0.953	0.96	100	0.132
2.993-3.136	0.201	40	0.167	895	0.168	935	0.956	0.958	100	0.136
3.136-3.302	0.211	37	0.169	869	0.171	906	0.948	0.957	100	0.139
3.302-3.497	0.222	48	0.164	801	0.167	849	0.948	0.963	100	0.14
3.497-3.731	0.197	46	0.169	760	0.17	806	0.956	0.964	100	0.149
3.731-4.02	0.234	42	0.167	712	0.17	754	0.935	0.967	100	0.155
4.02-4.387	0.193	31	0.182	673	0.182	704	0.964	0.966	100	0.174
4.387-4.879	0.247	26	0.184	625	0.187	653	0.944	0.963	99.6937	0.176
4.879-5.584	0.259	26	0.23	552	0.232	578	0.931	0.944	100	0.219
5.584-6.723	0.326	19	0.251	488	0.254	507	0.891	0.924	100	0.25
6.723-9.061	0.327	22	0.227	400	0.232	422	0.919	0.938	100	0.233
9.061-21.134	0.475	12	0.289	280	0.297	292	0.873	0.918	100	0.321

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	7.9978	1.0421	2.0058	6.0898	-0.3679	5.681	0.2353	0.6215	-0.6154	-0.9291	-0.0115	1.1204	0.4686	-1.2078	-0.2238	0.5486	-0.163	-0.0914	0.7131	0.0167	0.4247	-45.676	-8.866	-13.739
2	4.9919	-0.1956	-1.1083	5.344	-0.3432	4.6898	0.1785	0.0636	0.1703	0.1184	-0.1122	-0.1139	-0.1901	-0.2555	-0.0663	0.2388	-0.0001	-0.0095	0.077	0.0211	0.0125	-24.144	6.088	-18.712

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	AAA	A	986 - 1080	14 - 108
2	X-RAY DIFFRACTION	2	AAA	A	1081 - 1270	109 - 298

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-実験情報

-実験

-試料調製

-データ収集

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)