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- PDB-8pvp: Crystal structure of human Casein Kinase II subunit alpha (CK2a1)... -
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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 8pvp | ||||||
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Title | Crystal structure of human Casein Kinase II subunit alpha (CK2a1) in complex with allosteric compound FGJG18 | ||||||
![]() | CSNK2A1 protein![]() | ||||||
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Function / homology | ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() Similarity search - Function | ||||||
Biological species | ![]() ![]() | ||||||
Method | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Kraemer, A. / Greco, F. / Gerninghaus, J. / Knapp, S. / Structural Genomics Consortium (SGC) | ||||||
Funding support | 1items
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![]() | ![]() Title: Crystal structure of human Casein Kinase II subunit alpha (CK2a1) in complex with allosteric compound FGJG18 Authors: Kraemer, A. / Greco, F. / Gerninghaus, J. / Knapp, S. / Structural Genomics Consortium (SGC) | ||||||
History |
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Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
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Downloads & links
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Download
PDBx/mmCIF format | ![]() | 149.8 KB | Display | ![]() |
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PDB format | ![]() | 115.9 KB | Display | ![]() |
PDBx/mmJSON format | ![]() | Tree view | ![]() | |
Others | ![]() |
-Validation report
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Similar structure data | Similarity search - Function & homology ![]() |
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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Unit cell |
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Components
#1: Protein | ![]() Mass: 40327.977 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() #2: Chemical | #3: Chemical | ChemComp-SO4 / ![]() #4: Water | ChemComp-HOH / | ![]() Has ligand of interest | Y | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 3.15 Å3/Da / Density % sol: 60.9 % |
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Crystal grow![]() | Temperature: 293 K / Method: vapor diffusion Details: 0.2 M ammonia sulphate 0.1 M bis-tris pH 5.5 23-26% PEG 3350 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() |
Detector | Type: DECTRIS EIGER X 16M / Detector: PIXEL / Date: Oct 14, 2019 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength![]() |
Reflection | Resolution: 2.6→44.74 Å / Num. obs: 32045 / % possible obs: 99.3 % / Redundancy: 8.8 % / CC1/2: 0.998 / Net I/σ(I): 14.2 |
Reflection shell | Resolution: 2.6→2.72 Å / Num. unique obs: 3883 / CC1/2: 0.813 |
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Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure![]() ![]()
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Solvent computation | Ion probe radii: 0.8 Å / Shrinkage radii: 0.8 Å / VDW probe radii: 1.2 Å / Solvent model: MASK | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 50.288 Å2
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Refinement step | Cycle: 1 / Resolution: 2.6→44.74 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Resolution: 2.6→2.667 Å / Total num. of bins used: 20
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